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- EMDB-32365: SARS-CoV-2 Delta S-8D3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32365
タイトルSARS-CoV-2 Delta S-8D3
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-Cov2 Delta variant S-8D3
    • 複合体: SARS-Cov2 Delta variant S
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: 8D3 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Anti-H5N1 hemagglutinin monoclonal anitbody H5M9 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: The light chain of 8D3 fab
キーワードSARS-CoV-2 Delta variant spike protein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cong Y / Liu CX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB29040300 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for SARS-CoV-2 Delta variant recognition of ACE2 receptor and broadly neutralizing antibodies.
著者: Yifan Wang / Caixuan Liu / Chao Zhang / Yanxing Wang / Qin Hong / Shiqi Xu / Zuyang Li / Yong Yang / Zhong Huang / Yao Cong /
要旨: The SARS-CoV-2 Delta variant is currently the dominant circulating strain in the world. Uncovering the structural basis of the enhanced transmission and altered immune sensitivity of Delta is ...The SARS-CoV-2 Delta variant is currently the dominant circulating strain in the world. Uncovering the structural basis of the enhanced transmission and altered immune sensitivity of Delta is particularly important. Here we present cryo-EM structures revealing two conformational states of Delta spike and S/ACE2 complex in four states. Our cryo-EM analysis suggests that RBD destabilizations lead to population shift towards the more RBD-up and S1 destabilized fusion-prone state, beneficial for engagement with ACE2 and shedding of S1. Noteworthy, we find the Delta T478K substitution plays a vital role in stabilizing and reshaping the RBM loop, enhancing interaction with ACE2. Collectively, increased propensity for more RBD-up states and the affinity-enhancing T478K substitution together contribute to increased ACE2 binding, providing structural basis of rapid spread of Delta. Moreover, we identify a previously generated MAb 8D3 as a cross-variant broadly neutralizing antibody and reveal that 8D3 binding induces a large K478 side-chain orientation change, suggesting 8D3 may use an "induced-fit" mechanism to tolerate Delta T478K mutation. We also find that all five RBD-targeting MAbs tested remain effective on Delta, suggesting that Delta well preserves the neutralizing antigenic landscape in RBD. Our findings shed new lights on the pathogenicity and antibody neutralization of Delta.
履歴
登録2021年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7w9e
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32365.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32365.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 437.2 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 437.2 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 437.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.093 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.75 / ムービー #1: 0.9
最小 - 最大-1.2451152 - 3.1038704
平均 (標準偏差)0.005479833 (±0.074599914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 437.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0931.0931.093
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z437.200437.200437.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-1.2453.1040.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SARS-Cov2 Delta variant S-8D3

全体名称: SARS-Cov2 Delta variant S-8D3
要素
  • 複合体: SARS-Cov2 Delta variant S-8D3
    • 複合体: SARS-Cov2 Delta variant S
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: 8D3 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Anti-H5N1 hemagglutinin monoclonal anitbody H5M9 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: The light chain of 8D3 fab

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超分子 #1: SARS-Cov2 Delta variant S-8D3

超分子名称: SARS-Cov2 Delta variant S-8D3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #2: SARS-Cov2 Delta variant S

超分子名称: SARS-Cov2 Delta variant S / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: 8D3 Fab

超分子名称: 8D3 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 140.085031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLRT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFGV Y SSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLRT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFGV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYRYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSKPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ GVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSRG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ NVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLENLYFQGD YKDDDDKHHH HHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Anti-H5N1 hemagglutinin monoclonal anitbody H5M9 heavy chain

分子名称: Anti-H5N1 hemagglutinin monoclonal anitbody H5M9 heavy chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 49.108055 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKI SCKTSGYTFT EYTMYWVKQS HGKSLEWIGG INPNIGDTSY NQNFKGKATL TVDRSSSTAY MELRSLTSE DSAVYYCARD GYPYYYALDH WGQGTSVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGSLSS ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGASVKI SCKTSGYTFT EYTMYWVKQS HGKSLEWIGG INPNIGDTSY NQNFKGKATL TVDRSSSTAY MELRSLTSE DSAVYYCARD GYPYYYALDH WGQGTSVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVPSSTWPSE TVTCNVAHPA SSTKVDKKIV PRDCGCKPCI CTVPEVSSVF IF PPKPKDV LTITLTPKVT CVVVDISKDD PEVQFSWFVD DVEVHTAQTQ PREEQFNSTF RSVSELPIMH QDWLNGKEFK CRV NSAAFP APIEKTISKT KGRPKAPQVY TIPPPKEQMA KDKVSLTCMI TDFFPEDITV EWQWNGQPAE NYKNTQPIMD TDGS YFVYS KLNVQKSNWE AGNTFTCSVL HEGLHNHHTE KSLSHSPGK

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分子 #3: The light chain of 8D3 fab

分子名称: The light chain of 8D3 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.735051 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVMTQSQKF MSTSVGDRVS VTCKASQNVG TNVAWYQQKP GQSPKALIYS TSYRYSGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNVQS EDLAEYFCQ QYNSYPYTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIVMTQSQKF MSTSVGDRVS VTCKASQNVG TNVAWYQQKP GQSPKALIYS TSYRYSGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNVQS EDLAEYFCQ QYNSYPYTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HClTris-HCl
200.0 mMNaClsodium Chloride
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 246240
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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