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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3232 | |||||||||
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タイトル | The architecture of the S. pombe CCR4-NOT complex | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of the CCR4-NOT complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | CCR4-NOT / cryo-electron microscopy / RNA decay / deadenylation / single-particle 3D reconstruction | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Ukleja M / Cuellar J / Siwaszek A / Kasprzak JM / Czarnocki-Cieciura M / Bujnicki J / Dziembowski A / Valpuesta JM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: The architecture of the Schizosaccharomyces pombe CCR4-NOT complex. 著者: Marta Ukleja / Jorge Cuellar / Aleksandra Siwaszek / Joanna M Kasprzak / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Janusz M Bujnicki / Andrzej Dziembowski / Jose M Valpuesta / 要旨: CCR4-NOT is a large protein complex present both in cytoplasm and the nucleus of eukaryotic cells. Although it is involved in a variety of distinct processes related to expression of genetic ...CCR4-NOT is a large protein complex present both in cytoplasm and the nucleus of eukaryotic cells. Although it is involved in a variety of distinct processes related to expression of genetic information such as poly(A) tail shortening, transcription regulation, nuclear export and protein degradation, there is only fragmentary information available on some of its nine subunits. Here we show a comprehensive structural characterization of the native CCR4-NOT complex from Schizosaccharomyces pombe. Our cryo-EM 3D reconstruction of the complex, combined with techniques such as immunomicroscopy, RNA-nanogold labelling, docking of the available high-resolution structures and models of different subunits and domains, allow us to propose its full molecular architecture. We locate all functionally defined domains endowed with deadenylating and ubiquitinating activities, the nucleus-specific RNA-interacting subunit Mmi1, as well as surfaces responsible for protein-protein interactions. This information provides insight into cooperation of the different CCR4-NOT complex functions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3232.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3232-v30.xml emd-3232.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3232_ccr4notCryoEM500x500.jpg | 65.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3232 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3232 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3232_validation.pdf.gz | 182.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3232_full_validation.pdf.gz | 181.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3232_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3232 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3232 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3232.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of the CCR4-NOT complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : S. pombe CCR4-NOT complex
全体 | 名称: S. pombe CCR4-NOT complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: S. pombe CCR4-NOT complex
超分子 | 名称: S. pombe CCR4-NOT complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 700 MDa |
-分子 #1: CCR4-NOT complex
分子 | 名称: CCR4-NOT complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: CCR4-NOT complex purified from the endogenous expression of S. pombe cells. The complex is composed of Not1, Not2, Not3, Not4, Caf1, Caf40, Ccr4, Mmi1 subunits コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 別称: Fission yeast / 細胞中の位置: nucleus/cytoplasm |
分子量 | 理論値: 700 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 10 mM HEPES, 500 mM NaCl, ~3% glycerol |
グリッド | 詳細: Quantifoil R 1.2/ R1.3 300 mesh grids; ref. Q09684 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: LEICA EM CPC 手法: Aliquots (5 ul) of purified concentrated CCR4-NOT were incubated (2-5 min) with the grid, blotted and plunged into a liquid ethane chamber. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2014年5月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.2 µm / 実像数: 600 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | single-particle 3D reconstruction was performed using XMIPP 2.4 and EMAN1, CTFFIND3 for the CTF determination |
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CTF補正 | 詳細: CTFIND3, all micrograph |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: XMIPP, 2.4, EMAN1 / 使用した粒子像数: 20500 |
最終 2次元分類 | クラス数: 200 |