[日本語] English
万見
- EMDB-32293: Cryo-EM structure of plant receptor like kinase NbBAK1 in RXEG1-B... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32293
タイトルCryo-EM structure of plant receptor like kinase NbBAK1 in RXEG1-BAK1-XEG1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: BAK1Bak
    • タンパク質・ペプチド: Brassinosteroid insensitive 1-associated receptor kinase 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
生物種Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Sun Y / Wang Y / Zhang XX / Chen ZD / Xia YQ / Sun YJ / Zhang MM / Xiao Y / Han ZF / Wang YC / Chai JJ
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) ドイツ
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Plant receptor-like protein activation by a microbial glycoside hydrolase.
著者: Yue Sun / Yan Wang / Xiaoxiao Zhang / Zhaodan Chen / Yeqiang Xia / Lei Wang / Yujing Sun / Mingmei Zhang / Yu Xiao / Zhifu Han / Yuanchao Wang / Jijie Chai /
要旨: Plants rely on cell-surface-localized pattern recognition receptors to detect pathogen- or host-derived danger signals and trigger an immune response. Receptor-like proteins (RLPs) with a leucine- ...Plants rely on cell-surface-localized pattern recognition receptors to detect pathogen- or host-derived danger signals and trigger an immune response. Receptor-like proteins (RLPs) with a leucine-rich repeat (LRR) ectodomain constitute a subgroup of pattern recognition receptors and play a critical role in plant immunity. Mechanisms underlying ligand recognition and activation of LRR-RLPs remain elusive. Here we report a crystal structure of the LRR-RLP RXEG1 from Nicotiana benthamiana that recognizes XEG1 xyloglucanase from the pathogen Phytophthora sojae. The structure reveals that specific XEG1 recognition is predominantly mediated by an amino-terminal and a carboxy-terminal loop-out region (RXEG1(ID)) of RXEG1. The two loops bind to the active-site groove of XEG1, inhibiting its enzymatic activity and suppressing Phytophthora infection of N. benthamiana. Binding of XEG1 promotes association of RXEG1(LRR) with the LRR-type co-receptor BAK1 through RXEG1(ID) and the last four conserved LRRs to trigger RXEG1-mediated immune responses. Comparison of the structures of apo-RXEG1(LRR), XEG1-RXEG1(LRR) and XEG1-BAK1-RXEG1(LRR) shows that binding of XEG1 induces conformational changes in the N-terminal region of RXEG1(ID) and enhances structural flexibility of the BAK1-associating regions of RXEG1(LRR). These changes allow fold switching of RXEG1(ID) for recruitment of BAK1(LRR). Our data reveal a conserved mechanism of ligand-induced heterodimerization of an LRR-RLP with BAK1 and suggest a dual function for the LRR-RLP in plant immunity.
履歴
登録2021年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2022年10月26日-
現状2022年10月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_32293.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32293.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.038746122 - 1.7915784
平均 (標準偏差)8.9012785e-05 (±0.011777954)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 254.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_32293_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_32293_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : BAK1

全体名称: BAK1Bak
要素
  • 複合体: BAK1Bak
    • タンパク質・ペプチド: Brassinosteroid insensitive 1-associated receptor kinase 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: BAK1

超分子名称: BAK1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
分子 #1: Brassinosteroid insensitive 1-associated receptor kinase 1

分子名称: Brassinosteroid insensitive 1-associated receptor kinase 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
分子量理論値: 24.514012 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDQWILGILG FVSTFLCLIG LLLVPVSANI EGDALNALKT NLADPNNVLQ SWDPTLVNPC TWFHVTCNSE NSVTRVDLGN ANLSGQLVP QLGQLPNLQY LELYSNNISG RIPFELGNLT NLVSLDLYLN RLNGPIPDTL GKLQKLRFLR LNNNSLNGRI P MLLTTVIS ...文字列:
MDQWILGILG FVSTFLCLIG LLLVPVSANI EGDALNALKT NLADPNNVLQ SWDPTLVNPC TWFHVTCNSE NSVTRVDLGN ANLSGQLVP QLGQLPNLQY LELYSNNISG RIPFELGNLT NLVSLDLYLN RLNGPIPDTL GKLQKLRFLR LNNNSLNGRI P MLLTTVIS LQVLDLSNNN LTGPVPVNGS FSLFTPISFA NNPLDIPPAA PPPPISPMPP SSSGVGNSAT

-
分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36117

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る