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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32152 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human very long-chain fatty acid ABC transporter ABCD1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | very long-chain fatty / Peroxisome / ABC transporter / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC transporters in lipid homeostasis / Linoleic acid (LA) metabolism / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Class I peroxisomal membrane protein import / ABC-type fatty-acyl-CoA transporter activity / peroxisomal membrane transport / very long-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / very long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / positive regulation of unsaturated fatty acid biosynthetic process ...ABC transporters in lipid homeostasis / Linoleic acid (LA) metabolism / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Class I peroxisomal membrane protein import / ABC-type fatty-acyl-CoA transporter activity / peroxisomal membrane transport / very long-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / very long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / positive regulation of unsaturated fatty acid biosynthetic process / Linoleic acid (LA) metabolism / Defective ABCD1 causes ALD / alpha-linolenic acid metabolic process / long-chain fatty acid catabolic process / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / regulation of fatty acid beta-oxidation / very long-chain fatty acid metabolic process / sterol homeostasis / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / regulation of mitochondrial depolarization / ABC transporters in lipid homeostasis / fatty acyl-CoA hydrolase activity / myelin maintenance / regulation of cellular response to oxidative stress / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / linoleic acid metabolic process / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of oxidative phosphorylation / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / fatty acid elongation / peroxisomal membrane / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / fatty acid beta-oxidation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / fatty acid homeostasis / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection maintenance / mitochondrial membrane / ADP binding / peroxisome / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen ZP / Xu D | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of substrate recognition and translocation by human very long-chain fatty acid transporter ABCD1. 著者: Zhi-Peng Chen / Da Xu / Liang Wang / Yao-Xu Mao / Yang Li / Meng-Ting Cheng / Cong-Zhao Zhou / Wen-Tao Hou / Yuxing Chen / 要旨: Human ABC transporter ABCD1 transports very long-chain fatty acids from cytosol to peroxisome for β-oxidation, dysfunction of which usually causes the X-linked adrenoleukodystrophy (X-ALD). Here, we ...Human ABC transporter ABCD1 transports very long-chain fatty acids from cytosol to peroxisome for β-oxidation, dysfunction of which usually causes the X-linked adrenoleukodystrophy (X-ALD). Here, we report three cryogenic electron microscopy structures of ABCD1: the apo-form, substrate- and ATP-bound forms. Distinct from what was seen in the previously reported ABC transporters, the two symmetric molecules of behenoyl coenzyme A (C22:0-CoA) cooperatively bind to the transmembrane domains (TMDs). For each C22:0-CoA, the hydrophilic 3'-phospho-ADP moiety of CoA portion inserts into one TMD, with the succeeding pantothenate and cysteamine moiety crossing the inter-domain cavity, whereas the hydrophobic fatty acyl chain extends to the opposite TMD. Structural analysis combined with biochemical assays illustrates snapshots of ABCD1-mediated substrate transport cycle. It advances our understanding on the selective oxidation of fatty acids and molecular pathology of X-ALD. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32152.map.gz | 37.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32152-v30.xml emd-32152.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32152.png | 146.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32152.cif.gz | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32152 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32152 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32152_validation.pdf.gz | 600.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32152_full_validation.pdf.gz | 600 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32152_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32152_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32152 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32152 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32152.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human peroxisomal ABCD1
全体 | 名称: human peroxisomal ABCD1 |
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要素 |
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-超分子 #1: human peroxisomal ABCD1
超分子 | 名称: human peroxisomal ABCD1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 175.6 kDa/nm |
-分子 #1: Peroxisomal Membrane Protein related,ATP-binding cassette sub-fam...
分子 | 名称: Peroxisomal Membrane Protein related,ATP-binding cassette sub-family D member 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 87.931 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTSVQSKFL ETGIDPEKRK KALLVGAAGV AAVAVAHWVS LRKSQKSHH KMEKEDSVAS DGTPKKNKKA GMNRVFLQRL LWLLRLLFPR VLCRETGLLA LHSAALVSRT FLSVYVARLD G RLARCIVR ...文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTSVQSKFL ETGIDPEKRK KALLVGAAGV AAVAVAHWVS LRKSQKSHH KMEKEDSVAS DGTPKKNKKA GMNRVFLQRL LWLLRLLFPR VLCRETGLLA LHSAALVSRT FLSVYVARLD G RLARCIVR KDPRAFGWQL LQWLLIALPA TFVNSAIRYL EGQLALSFRS RLVAHAYRLY FSQQTYYRVS NMDGRLRNPD QS LTEDVVA FAASVAHLYS NLTKPLLDVA VTSYTLLRAA RSRGAGTAWP SAIAGLVVFL TANVLRAFSP KFGELVAEEA RRK GELRYM HSRVVANSEE IAFYGGHEVE LALLQRSYQD LASQINLILL ERLWYVMLEQ FLMKYVWSAS GLLMVAVPII TATG YSESD AEAVKKAALE KKEEELVSER TEAFTIARNL LTAAADAIER IMSSYKEVTE LAGYTARVHE MFQVFEDVQR CHFKR PREL EDAQAGSGTI GRSGVRVEGP LKIRGQVVDV EQGIICENIP IVTPSGEVVV ASLNIRVEEG MHLLITGPNG CGKSSL FRI LGGLWPTYGG VLYKPPPQRM FYIPQRPYMS VGSLRDQVIY PDSVEDMQRK GYSEQDLEAI LDVVHLHHIL QREGGWE AM CDWKDVLSGG EKQRIGMARM FYHRPKYALL DECTSAVSID VEGKIFQAAK DAGIALLSIT HRPSLWKYHT HLLQFDGE G GWKFEKLDSA ARLSLTEEKQ RLEQQLAGIP KMQRRLQELC QILGEAVAPA HVPAPSPQGP GGLQGAST UniProtKB: ABC transporter domain-containing protein, ATP-binding cassette sub-family D member 1 |
-分子 #2: [(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl...
分子 | 名称: [(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl] octadecanoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 82T |
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分子量 | 理論値: 481.603 Da |
Chemical component information | ChemComp-82T: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 8 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7vwc: |