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- EMDB-32111: Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase reconstituted... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32111
タイトルCryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase reconstituted in the Nanodisc in E1P state.
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase reconstituted in the Nanodisc in E1P state.
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase IG
    • タンパク質・ペプチド: Cell cycle control protein 50A
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
  • リガンド: O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of phospholipid translocation / aminophospholipid flippase activity / aminophospholipid transport / phosphatidylserine flippase activity / protein localization to endosome / phospholipid-translocating ATPase complex / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / xenobiotic transmembrane transport ...positive regulation of phospholipid translocation / aminophospholipid flippase activity / aminophospholipid transport / phosphatidylserine flippase activity / protein localization to endosome / phospholipid-translocating ATPase complex / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / xenobiotic transmembrane transport / phosphatidylethanolamine flippase activity / P-type phospholipid transporter / phospholipid translocation / transport vesicle membrane / azurophil granule membrane / Ion transport by P-type ATPases / specific granule membrane / monoatomic ion transmembrane transport / recycling endosome / positive regulation of neuron projection development / recycling endosome membrane / late endosome membrane / early endosome membrane / apical plasma membrane / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid-transporting ATPase IG / Cell cycle control protein 50A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nakanishii H / Abe K
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06064 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02426 日本
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM of the ATP11C flippase reconstituted in Nanodiscs shows a distended phospholipid bilayer inner membrane around transmembrane helix 2.
著者: Hanayo Nakanishi / Kenichi Hayashida / Tomohiro Nishizawa / Atsunori Oshima / Kazuhiro Abe /
要旨: ATP11C is a member of the P4-ATPase flippase family that mediates translocation of phosphatidylserine (PtdSer) across the lipid bilayer. In order to characterize the structure and function of ATP11C ...ATP11C is a member of the P4-ATPase flippase family that mediates translocation of phosphatidylserine (PtdSer) across the lipid bilayer. In order to characterize the structure and function of ATP11C in a model natural lipid environment, we revisited and optimized a quick procedure for reconstituting ATP11C into Nanodiscs using methyl-β-cyclodextrin as a reagent for the detergent removal. ATP11C was efficiently reconstituted with the endogenous lipid, or the mixture of endogenous lipid and synthetic dioleoylphosphatidylcholine (DOPC)/dioleoylphosphatidylserine (DOPS), all of which retained the ATPase activity. We obtained 3.4 Å and 3.9 Å structures using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) of AlF- and BeF-stabilized ATP11C transport intermediates, respectively, in a bilayer containing DOPS. We show that the latter exhibited a distended inner membrane around ATP11C transmembrane helix 2, possibly reflecting the perturbation needed for phospholipid release to the lipid bilayer. Our structures of ATP11C in the lipid membrane indicate that the membrane boundary varies upon conformational changes of the enzyme and is no longer flat around the protein, a change that likely contributes to phospholipid translocation across the membrane leaflets.
履歴
登録2021年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月29日-
マップ公開2021年12月29日-
更新2022年2月16日-
現状2022年2月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7vsh
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32111.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0133 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.04934602 - 0.0949225
平均 (標準偏差)0.00037079133 (±0.0029516688)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.480212.480212.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0490.0950.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_32111_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_32111_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_32111_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase reconstituted...

全体名称: Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase reconstituted in the Nanodisc in E1P state.
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase reconstituted in the Nanodisc in E1P state.
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase IG
    • タンパク質・ペプチド: Cell cycle control protein 50A
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
  • リガンド: O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase reconstituted...

超分子名称: Cryo-EM structure of a human ATP11C-CDC50A flippase reconstituted in the Nanodisc in E1P state.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Mammalia (両生類)

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分子 #1: Phospholipid-transporting ATPase IG

分子名称: Phospholipid-transporting ATPase IG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 124.403617 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: RFCAGEEKRV GTRTVFVGNH PVSETEAYIA QRFCDNRIVS SKYTLWNFLP KNLFEQFRRI ANFYFLIIFL VQVTVDTPTS PVTSGLPLF FVITVTAIKQ GYEDWLRHRA DNEVNKSTVY IIENAKRVRK ESEKIKVGDV VEVQADETFP CDLILLSSCT T DGTCYVTT ...文字列:
RFCAGEEKRV GTRTVFVGNH PVSETEAYIA QRFCDNRIVS SKYTLWNFLP KNLFEQFRRI ANFYFLIIFL VQVTVDTPTS PVTSGLPLF FVITVTAIKQ GYEDWLRHRA DNEVNKSTVY IIENAKRVRK ESEKIKVGDV VEVQADETFP CDLILLSSCT T DGTCYVTT ASLDGESNCK THYAVRDTIA LCTAESIDTL RAAIECEQPQ PDLYKFVGRI NIYSNSLEAV ARSLGPENLL LK GATLKNT EKIYGVAVYT GMETKMALNY QGKSQKRSAV EKSINAFLIV YLFILLTKAA VCTTLKYVWQ STPYNDEPWY NQK TQKERE TLKVLKMFTD FLSFMVLFNF IIPVSMYVTV EMQKFLGSFF ISWDKDFYDE EINEGALVNT SDLNEELGQV DYVF TDKTG TLTENSMEFI ECCIDGHKYK GVTQEVDGLS QTDGTLTYFD KVDKNREELF LRALCLCHTV EIKTNDAVDG ATESA ELTY ISSSPDEIAL VKGAKRYGFT FLGNRNGYMR VENQRKEIEE YELLHTLNFD AVRRRMSVIV KTQEGDILLF CKGADS AVF PRVQNHEIEL TKVHVERNAM DGYRTLCVAF KEIAPDDYER INRQLIEAKM ALQDREEKME KVFDDIETNM NLIGATA VE DKLQDQAAET IEALHAAGLK VWVLTGDKME TAKSTCYACR LFQTNTELLE LTTKTIEESE RKEDRLHELL IEYRKKLL H EFPKSTRSFK KAWTEHQEYG LIIDGSTLSL ILNSSQDSSS NNYKSIFLQI CMKCTAVLCC RMAPLQKAQI VRMVKNLKG SPITLSIGDG ANDVSMILES HVGIGIKGKE GRQAARNSDY SVPKFKHLKK LLLAHGHLYY VRIAHLVQYF FYKNLCFILP QFLYQFFCG FSQQPLYDAA YLTMYNICFT SLPILAYSLL EQHINIDTLT SDPRLYMKIS GNAMLQLGPF LYWTFLAAFE G TVFFFGTY FLFQTASLEE NGKVYGNWTF GTIVFTVLVF TVTLKLALDT RFWTWINHFV IWGSLAFYVF FSFFWGGIIW PF LKQQRMY FVFAQMLSSV STWLAIILLI FISLFPEILL IVLKNVR

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分子 #2: Cell cycle control protein 50A

分子名称: Cell cycle control protein 50A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.727527 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: MAMNYNAKDE VDGGPPCAPG GTAKTRRPDN TAFKQQRLPA WQPILTAGTV LPIFFIIGLI FIPIGIGIFV TSNNIREIEI DYTGTEPSS PCNKCLSPDV TPCFCTINFT LEKSFEGNVF MYYGLSNFYQ NHRRYVKSRD DSQLNGDSSA LLNPSKECEP Y RRNEDKPI ...文字列:
MAMNYNAKDE VDGGPPCAPG GTAKTRRPDN TAFKQQRLPA WQPILTAGTV LPIFFIIGLI FIPIGIGIFV TSNNIREIEI DYTGTEPSS PCNKCLSPDV TPCFCTINFT LEKSFEGNVF MYYGLSNFYQ NHRRYVKSRD DSQLNGDSSA LLNPSKECEP Y RRNEDKPI APCGAIANSM FNDTLELFLI GNDSYPIPIA LKKKGIAWWT DKNVKFRNPP GGDNLEERFK GTTKPVNWLK PV YMLDSDP DNNGFINEDF IVWMRTAALP TFRKLYRLIE RKSDLHPTLP AGRYSLNVTY NYPVHYFDGR KRMILSTISW MGG KNPFLG IAYIAVGSIS FLLGVVLLVI NHKYRNSSNT ADITI

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: TETRAFLUOROALUMINATE ION

分子名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ALF
分子量理論値: 102.975 Da
Chemical component information

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

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分子 #6: O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy...

分子名称: O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 17F
分子量理論値: 788.043 Da
Chemical component information

ChemComp-17F:
O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / ジオレオイルホスファチジルセリン / リン脂質*YM

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 78800
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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