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万見
- EMDB-32065: The oligomerized complex of AG2 hemolysin mutant protomers -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32065
タイトルThe oligomerized complex of AG2 hemolysin mutant protomers
マップデータ
試料
  • 複合体: The oligomerized complex of hemolysin AG2 mutant protomers.
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.55 Å
データ登録者Ghanem N / Hashimoto T / Yokoyama T / Tanaka Y
資金援助 日本, 7件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05492 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19KK0178 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H03511 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H03040 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H02831 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H02519 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H00918 日本
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2022
タイトル: Chimeric mutants of staphylococcal hemolysin, which act as both one-component and two-component hemolysin, created by grafting the stem domain.
著者: Nouran Ghanem / Natsuki Kanagami / Takashi Matsui / Kein Takeda / Jun Kaneko / Yasuyuki Shiraishi / Christian A Choe / Tomomi Uchikubo-Kamo / Mikako Shirouzu / Tsubasa Hashimoto / Tomohisa ...著者: Nouran Ghanem / Natsuki Kanagami / Takashi Matsui / Kein Takeda / Jun Kaneko / Yasuyuki Shiraishi / Christian A Choe / Tomomi Uchikubo-Kamo / Mikako Shirouzu / Tsubasa Hashimoto / Tomohisa Ogawa / Tomoaki Matsuura / Po-Ssu Huang / Takeshi Yokoyama / Yoshikazu Tanaka /
要旨: Staphylococcus aureus expresses several hemolytic pore-forming toxins (PFTs), which are all commonly composed of three domains: cap, rim and stem. PFTs are expressed as soluble monomers and assemble ...Staphylococcus aureus expresses several hemolytic pore-forming toxins (PFTs), which are all commonly composed of three domains: cap, rim and stem. PFTs are expressed as soluble monomers and assemble to form a transmembrane β-barrel pore in the erythrocyte cell membrane. The stem domain undergoes dramatic conformational changes to form a pore. Staphylococcal PFTs are classified into two groups: one-component α-hemolysin (α-HL) and two-component γ-hemolysin (γ-HL). The α-HL forms a homo-heptamer, whereas γ-HL is an octamer composed of F-component (LukF) and S-component (Hlg2). Because PFTs are used as materials for nanopore-based sensors, knowledge of the functional properties of PFTs is used to develop new, engineered PFTs. However, it remains challenging to design PFTs with a β-barrel pore because their formation as transmembrane protein assemblies requires large conformational changes. In the present study, aiming to investigate the design principles of the β-barrel formed as a consequence of the conformational change, chimeric mutants composed of the cap/rim domains of α-HL and the stem of LukF or Hlg2 were prepared. Biochemical characterization and electron microscopy showed that one of them assembles as a heptameric one-component PFT, whereas another participates as both a heptameric one- and heptameric/octameric two-component PFT. All chimeric mutants intrinsically assemble into SDS-resistant oligomers. Based on these observations, the role of the stem domain of these PFTs is discussed. These findings provide clues for the engineering of staphylococcal PFT β-barrels for use in further promising applications.
履歴
登録2021年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2022年10月12日-
現状2022年10月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32065.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32065.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 160 pix.
= 208. Å		1.3 Å/pix.
x 160 pix.
= 208. Å		1.3 Å/pix.
x 160 pix.
= 208. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.028715247 - 0.08619451
平均 (標準偏差)0.0016061533 (±0.015061796)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The oligomerized complex of hemolysin AG2 mutant protomers.

全体名称: The oligomerized complex of hemolysin AG2 mutant protomers.
要素
  • 複合体: The oligomerized complex of hemolysin AG2 mutant protomers.

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超分子 #1: The oligomerized complex of hemolysin AG2 mutant protomers.

超分子名称: The oligomerized complex of hemolysin AG2 mutant protomers.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10175
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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