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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Native alpha-2-macroglobulin monomer | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of complement activation, lectin pathway / interleukin-1 binding / brain-derived neurotrophic factor binding / interleukin-8 binding / response to prostaglandin E / embryonic liver development / acute inflammatory response to antigenic stimulus / luteinization / tumor necrosis factor binding / HDL assembly ...negative regulation of complement activation, lectin pathway / interleukin-1 binding / brain-derived neurotrophic factor binding / interleukin-8 binding / response to prostaglandin E / embryonic liver development / acute inflammatory response to antigenic stimulus / luteinization / tumor necrosis factor binding / HDL assembly / response to carbon dioxide / nerve growth factor binding / endopeptidase inhibitor activity / growth factor binding / response to glucocorticoid / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Degradation of the extracellular matrix / response to nutrient / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / stem cell differentiation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / calcium-dependent protein binding / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / blood microparticle / signaling receptor binding / enzyme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | |||||||||
![]() | Huang X / Wang Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures reveal the dynamic transformation of human alpha-2-macroglobulin working as a protease inhibitor. 著者: Xiaoxing Huang / Youwang Wang / Cong Yu / Hui Zhang / Qiang Ru / Xinxin Li / Kai Song / Min Zhou / Ping Zhu / ![]() 要旨: Human alpha-2-macroglobulin is a well-known inhibitor of a broad spectrum of proteases and plays important roles in immunity, inflammation, and infections. Here, we report the cryo-EM structures of ...Human alpha-2-macroglobulin is a well-known inhibitor of a broad spectrum of proteases and plays important roles in immunity, inflammation, and infections. Here, we report the cryo-EM structures of human alpha-2-macroglobulin in its native state, induced state transformed by its authentic substrate, human trypsin, and serial intermediate states between the native and fully induced states. These structures exhibit distinct conformations, which reveal the dynamic transformation of alpha-2-macro-globulin that acts as a protease inhibitor. The results shed light on the molecular mechanism of alpha-2-macroglobulin in entrapping substrates. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 95.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 92.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 413.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 413.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vonMC ![]() 7vooC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : native alpha-2-macroglobulin
全体 | 名称: native alpha-2-macroglobulin |
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要素 |
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-超分子 #1: native alpha-2-macroglobulin
超分子 | 名称: native alpha-2-macroglobulin / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Alpha-2-macroglobulin
分子 | 名称: Alpha-2-macroglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 160.108031 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GKPQYMVLVP SLLHTETTEK GCVLLSYLNE TVTVSASLES VRGNRSLFTD LEAENDVLHC VAFAVPKSSS NEEVMFLTVQ VKGPTQEFK KRTTVMVKNE DSLVFVQTDK SIYKPGQTVK FRVVSMDENF HPLNELIPLV YIQDPKGNRI AQWQSFQLEG G LKQFSFPL ...文字列: GKPQYMVLVP SLLHTETTEK GCVLLSYLNE TVTVSASLES VRGNRSLFTD LEAENDVLHC VAFAVPKSSS NEEVMFLTVQ VKGPTQEFK KRTTVMVKNE DSLVFVQTDK SIYKPGQTVK FRVVSMDENF HPLNELIPLV YIQDPKGNRI AQWQSFQLEG G LKQFSFPL SSEPFQGSYK VVVQKKSGGR TEHPFTVEEF VLPKFEVQVT VPKIITILEE EMNVSVCGLY TYGKPVPGHV TV SICRKYS DASDCHGEDS QAFCEKFSGQ LNSHGCFYQQ VKTKVFQLKR KEYEMKLHTE AQIQEEGTVV ELTGRQSSEI TRT ITKLSF VKVDSHFRQG IPFFGQVRLV DGKGVPIPNK VIFIRGNEAN YYSNATTDEH GLVQFSINTT NVMGTSLTVR VNYK DRSPC YGYQWVSEEH EEAHHTAYLV FSPSKSFVHL EPMSHELPCG HTQTVQAHYI LNGGTLLGLK KLSFYYLIMA KGGIV RTGT HGLLVKQEDM KGHFSISIPV KSDIAPVARL LIYAVLPTGD VIGDSAKYDV ENCLANKVDL SFSPSQSLPA SHAHLR VTA APQSVCALRA VDQSVLLMKP DAELSASSVY NLLPEKDLTG FPGPLNDQDN EDCINRHNVY INGITYTPVS STNEKDM YS FLEDMGLKAF TNSKIRKPKM CPQLQQYEMH GPEGLRVGFY ESDVMGRGHA RLVHVEEPHT ETVRKYFPET WIWDLVVV N SAGVAEVGVT VPDTITEWKA GAFCLSEDAG LGISSTASLR AFQPFFVELT MPYSVIRGEA FTLKATVLNY LPKCIRVSV QLEASPAFLA VPVEKEQAPH CICANGRQTV SWAVTPKSLG NVNFTVSAEA LESQELCGTE VPSVPEHGRK DTVIKPLLVE PEGLEKETT FNSLLCPSGG EVSEELSLKL PPNVVEESAR ASVSVLGDIL GSAMQNTQNL LQMPYGCGEQ NMVLFAPNIY V LDYLNETQ QLTPEIKSKA IGYLNTGYQR QLNYKHYDGS YSTFGERYGR NQGNTWLTAF VLKTFAQARA YIFIDEAHIT QA LIWLSQR QKDNGCFRSS GSLLNNAIKG GVEDEVTLSA YITIALLEIP LTVTHPVVRN ALFCLESAWK TAQEGDHGSH VYT KALLAY AFALAGNQDK RKEVLKSLNE EAVKKDNSVH WERPQKPKAP VGHFYEPQAP SAEVEMTSYV LLAYLTAQPA PTSE DLTSA TNIVKWITKQ QNAQGGFSST QDTVVALHAL SKYGAATFTR TGKAAQVTIQ SSGTFSSKFQ VDNNNRLLLQ QVSLP ELPG EYSMKVTGEG CVYLQTSLKY NILPEKEEFP FALGVQTLPQ TCDEPKAHTS FQISLSVSYT GSRSASNMAI VDVKMV SGF IPLKPTVKML ERSNHVSRTE VSSNHVLIYL DKVSNQTLSL FFTVLQDVPV RDLKPAIVKV YDYYETDEFA IAEYNAP CS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | tissue |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98600 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |