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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32032 | |||||||||
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タイトル | GluK3 D759G mutant receptor complex with UBP310 and spermine | |||||||||
マップデータ | GluK3D759G mutant in complex with UBP310 and spermine | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Presynaptic function of Kainate receptors / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate receptor signaling pathway / glutamate receptor activity / kainate selective glutamate receptor activity / glutamate-gated receptor activity ...Presynaptic function of Kainate receptors / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate receptor signaling pathway / glutamate receptor activity / kainate selective glutamate receptor activity / glutamate-gated receptor activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite cytoplasm / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / terminal bouton / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / perikaryon / axon / glutamatergic synapse / dendrite / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Assaiya A / Kumar J | |||||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: GluK3 D759G mutant receptor in complex with UBP310 and Spermine 著者: Assaiya A / Kumar J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32032.map.gz | 229.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32032-v30.xml emd-32032.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32032.png | 127.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32032 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32032 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32032_validation.pdf.gz | 416.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32032_full_validation.pdf.gz | 416.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32032_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32032_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32032 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32032 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vm2MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32032.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | GluK3D759G mutant in complex with UBP310 and spermine | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.052 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GluK3 D759G mutant receptor complex with UBP310 and spermine
全体 | 名称: GluK3 D759G mutant receptor complex with UBP310 and spermine |
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要素 |
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-超分子 #1: GluK3 D759G mutant receptor complex with UBP310 and spermine
超分子 | 名称: GluK3 D759G mutant receptor complex with UBP310 and spermine タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pEGBacMam |
分子量 | 理論値: 364 KDa |
-分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, kainate 3
分子 | 名称: Glutamate receptor ionotropic, kainate 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 91.247781 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPHVIRIGGI FEYADGPNAQ VMNAEEHAFR FSANIINRNR TLLPNTTLTY DIQRIHFHDS FEATKKACDQ LALGVVAIFG PSQGSTTNA VQSICNALEV PHIQLRWKHH PLDNKDTFYV NLYPDYASLS HAILDLVQSL KWRSATVVYD DSTGLIRLQE L IMAPSRYN ...文字列: MPHVIRIGGI FEYADGPNAQ VMNAEEHAFR FSANIINRNR TLLPNTTLTY DIQRIHFHDS FEATKKACDQ LALGVVAIFG PSQGSTTNA VQSICNALEV PHIQLRWKHH PLDNKDTFYV NLYPDYASLS HAILDLVQSL KWRSATVVYD DSTGLIRLQE L IMAPSRYN IRLKIRQLPI DSDDSRPLLK EMKRGREFRI IFDCSHTMAA QILKQAMAMG MMTEYYHFIF TTLDLYALDL EP YRYSGVN LTGFRILNVD NPHVSAIVEK WSMERLQAAP RAESGLLDGV MMTDAALLYD AVHIVSVTYQ RAPQMTVNSL QCH RHKAWR FGGRFMNFIK EAQWEGLTGR IVFNKTSGLR TDFDLDIISL KEDGLEKVGV WSPADGLNIT EVAKGRGPNV TDSL TNRSL IVTTLLEEPF VMFRKSDRTL YGNDRFEGYC IDLLKELAHI LGFSYEIRLV EDGKYGAQDD KGQWNGMVKE LIDHK ADLA VAPLTITHVR EKAIDFSKPF MTLGVSILYR KPNGTNPSVF SFLNPLSPDI WMYVLLAYLG VSVVLFVIAR FSPYEW YDA HPCNPGSEVV ENNFTLLNSF WFGMGSLMQQ GSELMPKALS TRIIGGIWWF FTLIIISSYT ANLAAFLTVE RMESPID SA DDLAKQTKIE YGAVKDGATM TFFKKSKIST FEKMWAFMSS KPSALVKNNE EGIQRTLTAD YALLMESTTI EYITQRNC N LTQIGGLIDS KGYGIGTPMG SPYRDKITIA ILQLQEEGKL HIMKEKWWRG SGCPEEENKE ASALGIQKIG GIFIVLAAG LVLSVLVAV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | 材質: GOLD / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 43.72 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7vm2: |