[日本語] English
万見
- EMDB-32026: Structure of SUR2B in complex with Mg-ATP/ADP and levcromakalim -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32026
タイトルStructure of SUR2B in complex with Mg-ATP/ADP and levcromakalim
マップデータSharpened map of SUR2B in complex with Mg-nucleotides and levcromakalim.
試料
  • 複合体: ATP-binding cassette sub-family C member 9, isoform B
    • タンパク質・ペプチド: Isoform SUR2B of ATP-binding cassette sub-family C member 9
  • リガンド: (3S,4R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)-3,4-dihydrochromene-6-carbonitrile
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードSUR2B / ABC transporter / levcromakalim / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular process in circulatory system / substrate-dependent cell migration, cell contraction / oxygen metabolic process / reactive oxygen species biosynthetic process / response to decreased oxygen levels / ATP sensitive Potassium channels / response to peptide / ABC-family proteins mediated transport / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity ...vascular process in circulatory system / substrate-dependent cell migration, cell contraction / oxygen metabolic process / reactive oxygen species biosynthetic process / response to decreased oxygen levels / ATP sensitive Potassium channels / response to peptide / ABC-family proteins mediated transport / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / response to hydrogen sulfide / response to potassium ion / cardiac conduction / circulatory system development / response to oxygen levels / cellular response to potassium ion / coronary vasculature development / cellular response to chemical stress / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / cardiac muscle cell contraction / regulation of potassium ion transmembrane transport / inorganic cation transmembrane transport / blood circulation / syntaxin binding / cellular respiration / response to stress / heterocyclic compound binding / cellular response to ATP / Ion homeostasis / response to ATP / action potential / blood vessel development / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic cation transmembrane transport / fatty acid oxidation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / potassium channel activity / ABC-type transporter activity / potassium channel regulator activity / heart morphogenesis / ATP metabolic process / skeletal muscle tissue development / T-tubule / potassium ion transmembrane transport / negative regulation of blood pressure / sarcomere / cellular response to calcium ion / blood vessel diameter maintenance / acrosomal vesicle / regulation of membrane potential / response to activity / mitochondrion organization / potassium ion transport / response to hydrogen peroxide / transmembrane transport / sarcolemma / regulation of blood pressure / response to estrogen / vasodilation / MAPK cascade / cellular response to xenobiotic stimulus / heart development / gene expression / fibroblast proliferation / defense response to virus / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-binding cassette subfamily C member 9 / : / Sulphonylurea receptor / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...ATP-binding cassette subfamily C member 9 / : / Sulphonylurea receptor / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family C member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chen L / Ding D
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91957201 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870833 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31821091 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural identification of vasodilator binding sites on the SUR2 subunit.
著者: Dian Ding / Jing-Xiang Wu / Xinli Duan / Songling Ma / Lipeng Lai / Lei Chen /
要旨: ATP-sensitive potassium channels (K), composed of Kir6 and SUR subunits, convert the metabolic status of the cell into electrical signals. Pharmacological activation of SUR2- containing K channels by ...ATP-sensitive potassium channels (K), composed of Kir6 and SUR subunits, convert the metabolic status of the cell into electrical signals. Pharmacological activation of SUR2- containing K channels by class of small molecule drugs known as K openers leads to hyperpolarization of excitable cells and to vasodilation. Thus, K openers could be used to treat cardiovascular diseases. However, where these vasodilators bind to K and how they activate the channel remains elusive. Here, we present cryo-EM structures of SUR2A and SUR2B subunits in complex with Mg-nucleotides and P1075 or levcromakalim, two chemically distinct K openers that are specific to SUR2. Both P1075 and levcromakalim bind to a common site in the transmembrane domain (TMD) of the SUR2 subunit, which is between TMD1 and TMD2 and is embraced by TM10, TM11, TM12, TM14, and TM17. These K openers synergize with Mg-nucleotides to stabilize SUR2 in the NBD-dimerized occluded state to activate the channel.
履歴
登録2021年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_32026.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of SUR2B in complex with Mg-nucleotides and levcromakalim.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 262.8 Å		1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 262.8 Å		1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 262.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.314 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.11
最小 - 最大-4.049755 - 7.8703904
平均 (標準偏差)0.007936534 (±0.17730126)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 262.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half-A map of SUR2B in complex with Mg-nucleotides and levcromakalim.

ファイルemd_32026_half_map_1.map
注釈Half-A map of SUR2B in complex with Mg-nucleotides and levcromakalim.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-B map of SUR2B in complex with Mg-nucleotides and levcromakalim.

ファイルemd_32026_half_map_2.map
注釈Half-B map of SUR2B in complex with Mg-nucleotides and levcromakalim.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : ATP-binding cassette sub-family C member 9, isoform B

全体名称: ATP-binding cassette sub-family C member 9, isoform B
要素
  • 複合体: ATP-binding cassette sub-family C member 9, isoform B
    • タンパク質・ペプチド: Isoform SUR2B of ATP-binding cassette sub-family C member 9
  • リガンド: (3S,4R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)-3,4-dihydrochromene-6-carbonitrile
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

-
超分子 #1: ATP-binding cassette sub-family C member 9, isoform B

超分子名称: ATP-binding cassette sub-family C member 9, isoform B
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 174 kDa/nm

-
分子 #1: Isoform SUR2B of ATP-binding cassette sub-family C member 9

分子名称: Isoform SUR2B of ATP-binding cassette sub-family C member 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 174.488562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSLSFCGNNI SSYNIYHGVL QNPCFVDALN LVPHVFLLFI TFPILFIGWG SQSSKVQIHH NTWLHFPGHN LRWILTFALL FVHVCEIAE GIVSDSQRAS RHLHLFMPAV MGFVATTTSI VYYHNIETSN FPKLLLALFL YWVMAFITKT IKLVKYWQLG W GMSDLRFC ...文字列:
MSLSFCGNNI SSYNIYHGVL QNPCFVDALN LVPHVFLLFI TFPILFIGWG SQSSKVQIHH NTWLHFPGHN LRWILTFALL FVHVCEIAE GIVSDSQRAS RHLHLFMPAV MGFVATTTSI VYYHNIETSN FPKLLLALFL YWVMAFITKT IKLVKYWQLG W GMSDLRFC ITGVMVILNG LLMAVEINVI RVRRYVFFMN PQKVKPPEDL QDLGVRFLQP FVNLLSKATY WWMNTLIISA HR KPIDLKA IGKLPIAMRA VTNYVCLKEA YEEQKKKAAD HPNRTPSIWL AMYRAFGRPI LLSSTFRYLA DLLGFAGPLC ISG IVQRVN EPKNNTTRFS ETLSSKEFLE NAHVLAVLLF LALILQRTFL QASYYVTIET GINLRGALLA MIYNKILRLS TSNL SMGEM TLGQINNLVA IETNQLMWFL FLCPNLWAMP VQIIMGVILL YNLLGSSALV GAAVIVLLAP IQYFIATKLA EAQKS TLDY STERLKKTNE ILKGIKLLKL YAWEHIFCKS VEETRMKELS SLKTFALYTS LSIFMNAAIP IAAVLATFVT HAYASG NNL KPAEAFASLS LFHILVTPLF LLSTVVRFAV KAIISVQKLN EFLLSDEIGE DSWRTGEGTL PFESCKKHTG VQSKPIN RK QPGRYHLDNY EQARRLRPAE TEDVAIKVTN GYFSWGSGLA TLSNIDIRIP TGQLTMIVGQ VGCGKSSLLL AILGEMQT L EGKVYWNNVN ESEPSFEATR SRSRYSVAYA AQKPWLLNAT VEENITFGSS FNRQRYKAVT DACSLQPDID LLPFGDQTE IGERGINLSG GQRQRICVAR ALYQNTNIVF LDDPFSALDI HLSDHLMQEG ILKFLQDDKR TVVLVTHKLQ YLTHADWIIA MKDGSVLRE GTLKDIQTKD VELYEHWKTL MNRQDQELEK DMEADQTTLE RKTLRRAMYS REAKAQMEDE DEEEEEEEDE D DNMSTVMR LRTKMPWKTC WWYLTSGGFF LLFLMIFSKL LKHSVIVAID YWLATWTSEY SINDPGKADQ TFYVAGFSIL CG AGIFLCL VTSLTVEWMG LTAAKNLHHN LLNKIILGPI RFFDTTPLGL ILNRFSADTN IIDQHIPPTL ESLTRSTLLC LSA IGMISY ATPVFLIALA PLGVAFYFIQ KYFRVASKDL QELDDSTQLP LLCHFSETAE GLTTIRAFRH ETRFKQRMLE LTDT NNIAY LFLSAANRWL EVRTDYLGAC IVLTASIASI SGSSNSGLVG LGLLYALTIT NYLNWVVRNL ADLEVQMGAV KKVNS FLTM ESENYEGTMD PSQVPEHWPQ EGEIKIHDLC VRYENNLKPV LKHVKAYIKP GQKVGICGRT GSGKSSLSLA FFRMVD IFD GKIVIDGIDI SKLPLHTLRS RLSIILQDPI LFSGSIRFNL DPECKCTDDR LWEALEIAQL KNMVKSLPGG LDATVTE GG ENFSVGQRQL FCLARAFVRK SSILIMDEAT ASIDMATENI LQKVVMTAFA DRTVVTIAHR VHTILTADLV IVMKRGNI L EYDTPESLLA QEDGVFASFV RADM

UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family C member 9

-
分子 #2: (3S,4R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl...

分子名称: (3S,4R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)-3,4-dihydrochromene-6-carbonitrile
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ETJ
分子量理論値: 286.326 Da
Chemical component information

ChemComp-ETJ:
(3S,4R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)-3,4-dihydrochromene-6-carbonitrile / レブクロマカリム

-
分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

-
分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 139252
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る