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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31914 | |||||||||
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タイトル | Human TOM complex with cross-linking | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Tom22 N-terminal domain / Cryo-EM / TRANSLOCASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane ...TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / regulation of protein stability / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu DS / Sui SF | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Structural basis of Tom20 and Tom22 cytosolic domains as the human TOM complex receptors. 著者: Jiayue Su / Desheng Liu / Fan Yang / Mei-Qing Zuo / Chang Li / Meng-Qiu Dong / Shan Sun / Sen-Fang Sui / 要旨: Mitochondrial preproteins synthesized in cytosol are imported into mitochondria by a multisubunit translocase of the outer membrane (TOM) complex. Functioned as the receptor, the TOM complex ...Mitochondrial preproteins synthesized in cytosol are imported into mitochondria by a multisubunit translocase of the outer membrane (TOM) complex. Functioned as the receptor, the TOM complex components, Tom 20, Tom22, and Tom70, recognize the presequence and further guide the protein translocation. Their deficiency has been linked with neurodegenerative diseases and cardiac pathology. Although several structures of the TOM complex have been reported by cryoelectron microscopy (cryo-EM), how Tom22 and Tom20 function as TOM receptors remains elusive. Here we determined the structure of TOM core complex at 2.53 Å and captured the structure of the TOM complex containing Tom22 and Tom20 cytosolic domains at 3.74 Å. Structural analysis indicates that Tom20 and Tom22 share a similar three-helix bundle structural feature in the cytosolic domain. Further structure-guided biochemical analysis reveals that the Tom22 cytosolic domain is responsible for binding to the presequence, and the helix H1 is critical for this binding. Altogether, our results provide insights into the functional mechanism of the TOM complex recognizing and transferring preproteins across the mitochondrial membrane. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31914.map.gz | 58.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31914-v30.xml emd-31914.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31914.png | 112.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31914.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31914 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31914 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vddMC 7vd2C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31914.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human TOM complex with cross-linking
全体 | 名称: Human TOM complex with cross-linking |
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要素 |
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-超分子 #1: Human TOM complex with cross-linking
超分子 | 名称: Human TOM complex with cross-linking / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 8.007988 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASSTVPVSA AGSANETPEI PDNVGDWLRG VYRFATDRND FRRNLILNLG LFAAGVWLAR NLSDIDLMAP QPGV UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog |
-分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.532528 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAAAVAAAGA GEPQSPDELL PKGDAEKPEE ELEEDDDEEL DETLSERLWG LTEMFPERVR SAAGATFDLS LFVAQKMYRF SRAALWIGT TSFMILVLPV VFETEKLQME QQQQLQQRQI LLGPNTGLSG GMPGALPSLP GKI UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog |
-分子 #3: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6.045318 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFRIEGLAPK LDPEEMKRKM REDVISSIRN FLIYVALLRV TPFILKKLDS I UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog |
-分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6.256473 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVKLSKEAKQ RLQQLFKGSQ FAIRWGFIPL VIYLGFKRGA DPGMPEPTVL SLLWG UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog |
-分子 #5: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.926926 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL ...文字列: MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL GPGLRSKMAI QTQQSKFVNW QVDGEYRGSD FTAAVTLGNP DVLVGSGILV AHYLQSITPC LALGGELVYH RR PGEEGTV MSLAGKYTLN NWLATVTLGQ AGMHATYYHK ASDQLQVGVE FEASTRMQDT SVSFGYQLDL PKANLLFKGS VDS NWIVGA TLEKKLPPLP LTLALGAFLN HRKNKFQCGF GLTIG UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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糖包埋 | 材質: Digitonin |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 340000 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |