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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E.coli retron-Ec86 in complex with its effector at 2.8 angstrom | |||||||||
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![]() | Reverse transcriptase / RNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE-RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | |||||||||
![]() | Wang YJ / Guan ZY | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insight into anti-phage Retron-Ec86 complex 著者: Wang TJ / Guan ZY / Zou TT | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 79 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 171.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 517.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 517.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7v9xMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : retron-Ec86 (RT-msDNA-RNA)
全体 | 名称: retron-Ec86 (RT-msDNA-RNA) |
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要素 |
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-超分子 #1: retron-Ec86 (RT-msDNA-RNA)
超分子 | 名称: retron-Ec86 (RT-msDNA-RNA) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: RNA-directed DNA polymerase from retron EC86
分子 | 名称: RNA-directed DNA polymerase from retron EC86 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 37.83207 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKSAEYLNTF RLRNLGLPVM NNLHDMSKAT RISVETLRLL IYTADFRYRI YTVEKKGPEK RMRTIYQPSR ELKALQGWVL RNILDKLSS SPFSIGFEKH QSILNNATPH IGANFILNID LEDFFPSLTA NKVFGVFHSL GYNRLISSVL TKICCYKNLL P QGAPSSPK ...文字列: MKSAEYLNTF RLRNLGLPVM NNLHDMSKAT RISVETLRLL IYTADFRYRI YTVEKKGPEK RMRTIYQPSR ELKALQGWVL RNILDKLSS SPFSIGFEKH QSILNNATPH IGANFILNID LEDFFPSLTA NKVFGVFHSL GYNRLISSVL TKICCYKNLL P QGAPSSPK LANLICSKLD YRIQGYAGSR GLIYTRYADD LTLSAQSMKK VVKARDFLFS IIPSEGLVIN SKKTCISGPR SQ RKVTGLV ISQEKVGIGR EKYKEIRAKI HHIFCGKSSE IEHVRGWLSF ILSVDSKSHR RLITYISKLE KKYGKNPLNK AKT LEHHHH HHHH UniProtKB: Retron Ec86 reverse transcriptase |
-分子 #2: retron St85 family effector protein
分子 | 名称: retron St85 family effector protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 35.538242 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNKKFTDEQQ QQLIGHLTKK GFYRGANIKI TIFLCGGDVA NHQSWRHQLS QFLAKFSDVD IFYPEDLFDD LLAGQGQHSL LSLENILAE AVDVIILFPE SPGSFTELGA FSNNENLRRK LICIQDAKFK SKRSFINYGP VRLLRKFNSK SVLRCSSNEL K EMCDSSID ...文字列: MNKKFTDEQQ QQLIGHLTKK GFYRGANIKI TIFLCGGDVA NHQSWRHQLS QFLAKFSDVD IFYPEDLFDD LLAGQGQHSL LSLENILAE AVDVIILFPE SPGSFTELGA FSNNENLRRK LICIQDAKFK SKRSFINYGP VRLLRKFNSK SVLRCSSNEL K EMCDSSID VARKLRLYKK LMASIKKVRK ENKVSKDIGN ILYAERFLLP CIYLLDSVNY RTLCELAFKA IKQDDVLSKI IV RSVVSRL INERKILQMT DGYQVTALGA SYVRSVFDRK TLDRLRLEIM NFENRRKSTF NYDKIPYAHP UniProtKB: UNIPROTKB: A0A7A0NNW9 |
-分子 #3: DNA (105-MER)
分子 | 名称: DNA (105-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 32.468803 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG) ...文字列: (DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG) (DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC) (DC)(DA)(DA) (DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DC) (DT)(DC)(DA)(DG)(DA) GENBANK: GENBANK: M24408.1 |
-分子 #4: RNA (81-MER)
分子 | 名称: RNA (81-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.870203 KDa |
配列 | 文字列: UGCGCACCCU UAGCGAGAGG UUUAUCAUUA AGGUCAACCU CUGGAUGUUG UUUCGGCAUC CUGCAUUGAA UCUGAGUUAC U GENBANK: GENBANK: M24408.1 |
-分子 #5: RNA (14-MER)
分子 | 名称: RNA (14-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 4.541771 KDa |
配列 | 文字列: CGUAAGGGUG CGCA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.68 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 137409 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) |