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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31757 | |||||||||
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タイトル | Thermostabilized human prestin in complex with chloride | |||||||||
マップデータ | postprocess_masked.mrc from RELION | |||||||||
試料 |
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キーワード | motor protein / prestin / SLC26A5 / electromotility / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | |||||||||
データ登録者 | Futamata H / Fukuda M / Yamashita K / Nishizawa T | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of thermostabilized prestin provide mechanistic insights underlying outer hair cell electromotility. 著者: Haon Futamata / Masahiro Fukuda / Rie Umeda / Keitaro Yamashita / Atsuhiro Tomita / Satoe Takahashi / Takafumi Shikakura / Shigehiko Hayashi / Tsukasa Kusakizako / Tomohiro Nishizawa / ...著者: Haon Futamata / Masahiro Fukuda / Rie Umeda / Keitaro Yamashita / Atsuhiro Tomita / Satoe Takahashi / Takafumi Shikakura / Shigehiko Hayashi / Tsukasa Kusakizako / Tomohiro Nishizawa / Kazuaki Homma / Osamu Nureki / 要旨: Outer hair cell elecromotility, driven by prestin, is essential for mammalian cochlear amplification. Here, we report the cryo-EM structures of thermostabilized prestin (Pres), complexed with ...Outer hair cell elecromotility, driven by prestin, is essential for mammalian cochlear amplification. Here, we report the cryo-EM structures of thermostabilized prestin (Pres), complexed with chloride, sulfate, or salicylate at 3.52-3.63 Å resolutions. The central positively-charged cavity allows flexible binding of various anion species, which likely accounts for the known distinct modulations of nonlinear capacitance (NLC) by different anions. Comparisons of these Pres structures with recent prestin structures suggest rigid-body movement between the core and gate domains, and provide mechanistic insights into prestin inhibition by salicylate. Mutations at the dimeric interface severely diminished NLC, suggesting that stabilization of the gate domain facilitates core domain movement, thereby contributing to the expression of NLC. These findings advance our understanding of the molecular mechanism underlying mammalian cochlear amplification. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31757.map.gz | 5.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31757-v30.xml emd-31757.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31757_fsc.xml | 7.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31757.png | 189 KB | ||
マスクデータ | emd_31757_msk_1.map | 22.2 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-31757.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_31757_half_map_1.map.gz emd_31757_half_map_2.map.gz | 18.9 MB 18.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31757 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31757 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31757_validation.pdf.gz | 737.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31757_full_validation.pdf.gz | 737.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31757_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31757_validation.cif.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31757 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31757 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocess_masked.mrc from RELION | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.10667 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_31757_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: run half1 class001 unfil.mrc from RELION
ファイル | emd_31757_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | run_half1_class001_unfil.mrc from RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: run half2 class001 unfil.mrc from RELION
ファイル | emd_31757_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | run_half2_class001_unfil.mrc from RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : prestin in complex with chloride ion
全体 | 名称: prestin in complex with chloride ion |
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要素 |
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-超分子 #1: prestin in complex with chloride ion
超分子 | 名称: prestin in complex with chloride ion / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Prestin
分子 | 名称: Prestin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 82.503375 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDHAEENEIL AATQRYVVER PVYSQELLEE ELEKKDRVPK TLGDKLKKSF RCSPKKAKNL LLSFFPILEW LPKYNLKEWL LGDLIAGLT VGSLQIPQGI AFALLAGLPP IYGLYSSFFP PLIYAFFGTS RHISVGPFAV VSLLVGSVVE RLVPDDIVLP G GVNATNGT ...文字列: MDHAEENEIL AATQRYVVER PVYSQELLEE ELEKKDRVPK TLGDKLKKSF RCSPKKAKNL LLSFFPILEW LPKYNLKEWL LGDLIAGLT VGSLQIPQGI AFALLAGLPP IYGLYSSFFP PLIYAFFGTS RHISVGPFAV VSLLVGSVVE RLVPDDIVLP G GVNATNGT EARDALRVQV AFTLTFLAGI IQLALGLLRL GFLVDFLSEP LISGFTTGAA IHILLSQLKY LLGLKIPRHS GP FSVIYSV ISVFHNIPNT NIATLGVSLL SFVLLLVVKE LNKRFKKKLP VPIPAELIVV ILATLISYYF NLAEKYGVSI VGH IPKGLP PPSVPDLSLF PLVIGDAIAI AIVGLAVSIS VGKTFAKKHG YQIDGNQELI ALGLMNIVGS FFSCYPATGS FSRS AVNES AGGKTQVAGI VAALVVLLVL LFLGPLFYYL PKAVLAAIII VNLKGLLMQF KDAPKLWKVD KLDFLIWLVT FLGVV FLSV EIGLLVGVGF SLLTVLLRTQ RPRTSVLGRI PGTDIYRDVK QYPEAEEVPG VKIFRIDSPI YFANSEYFKE RLKRKT GVD PVKVLAARKK ALKKIEKEIK KANLANKTVV KADAEVDGED ATKPEEEDGE VKYPPIVIQS DWPSELPRFV PPKVDFH TL ILDFSAVSFV DTVGVKTLKE IVKEYREIGV QVYLAGCNAS VVEKLERGGF FDDGITKEHL FLSVHDAVLF AQARKALA E QEASAPPSQE DLEPNATPAT PEAGTENLYF QG |
-分子 #2: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #3: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #4: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子 | 名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: LBN |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-LBN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |