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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31744 | |||||||||
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タイトル | MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 111 (state 2) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | MERS / spike / antibody / PROTEIN BINDING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane ...host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang X / Zhao J / Wang Z / Zeng J / Zhang S / Wang Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 111 (state 2) 著者: Wang X / Zhao J / Wang Z / Zeng J / Zhang S / Wang Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31744.map.gz | 11.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31744-v30.xml emd-31744.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31744.png | 40 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31744.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31744 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31744 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31744_validation.pdf.gz | 377.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31744_full_validation.pdf.gz | 376.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31744_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31744_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31744 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31744 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7v6oMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31744.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MERS spike glycoprotein
全体 | 名称: MERS spike glycoprotein |
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要素 |
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-超分子 #1: MERS spike glycoprotein
超分子 | 名称: MERS spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 130.718586 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYVY SAGHATGTTP QKLFVANYS QDVKQFANGF VVRIGAAANS TGTVIISPST SATIRKIYPA FMLGSSVGNF SDGKMGRFFN HTLVLLPDGC G TLLRAFYC ...文字列: YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYVY SAGHATGTTP QKLFVANYS QDVKQFANGF VVRIGAAANS TGTVIISPST SATIRKIYPA FMLGSSVGNF SDGKMGRFFN HTLVLLPDGC G TLLRAFYC ILEPRSGNHC PAGNSYTSFA TYHTPATDCS DGNYNRNASL NSFKEYFNLR NCTFMYTYNI TEDEILEWFG IT QTAQGVH LFSSRYVDLY GGNMFQFATL PVYDTIKYYS IIPHSIRSIQ SDRKAWAAFY VYKLQPLTFL LDFSVDGYIR RAI DCGFND LSQLHCSYES FDVESGVYSV SSFEAKPSGS VVEQAEGVEC DFSPLLSGTP PQVYNFKRLV FTNCNYNLTK LLSL FSVND FTCSQISPAA IASNCYSSLI LDYFSYPLSM KSDLSVSSAG PISQFNYKQS FSNPTCLILA TVPHNLTTIT KPLKY SYIN KCSRLLSDDR TEVPQLVNAN QYSPCVSIVP STVWEDGDYY RKQLSPLEGG GWLVASGSTV AMTEQLQMGF GITVQY GTD TNSVCPKLEF ANDTKIASQL GNCVEYSLYG VSGRGVFQNC TAVGVRQQRF VYDAYQNLVG YYSDDGNYYC LRACVSV PV SVIYDKETKT HATLFGSVAC EHISSTMSQY SRSTRSMLKR RDSTYGPLQT PVGCVLGLVN SSLFVEDCKL PLGQSLCA L PDTPSTLTPR SVRSVPGEMR LASIAFNHPI QVDQLNSSYF KLSIPTNFSF GVTQEYIQTT IQKVTVDCKQ YVCNGFQKC EQLLREYGQF CSKINQALHG ANLRQDDSVR NLFASVKSSQ SSPIIPGFGG DFNLTLLEPV SISTGSRSAR SAIEDLLFDK VTIADPGYM QGYDDCMQQG PASARDLICA QYVAGYKVLP PLMDVNMEAA YTSSLLGSIA GVGWTAGLSS FAAIPFAQSI F YRLNGVGI TQQVLSENQK LIANKFNQAL GAMQTGFTTT NEAFQKVQDA VNNNAQALSK LASELSNTFG AISASIGDII QR LDVLEQD AQIDRLINGR LTTLNAFVAQ QLVRSESAAL SAQLAKDKVN ECVKAQSKRS GFCGQGTHIV SFVVNAPNGL YFM HVGYYP SNHIEVVSAY GLCDAANPTN CIAPVNGYFI KTNNTRIVDE WSYTGSSFYA PEPITSLNTK YVA UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: 111 L
分子 | 名称: 111 L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.786467 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQTPAS LSASVGDRVT ITCRASQNIS SYLNWYQQKP GKAPKVLIYD TSRLQSGVPS RFSGSASGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSCTTLRCWT FGQGTKLEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列: DIQMTQTPAS LSASVGDRVT ITCRASQNIS SYLNWYQQKP GKAPKVLIYD TSRLQSGVPS RFSGSASGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSCTTLRCWT FGQGTKLEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-分子 #3: 111 H
分子 | 名称: 111 H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.524377 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASAFTFS NYGMHWVRQA PGKGLEWVAV IWSAGSLKYY ADSVKGRFII SRDNSKNTLY LQMDSLRPE DTAVYYCARE NTTYYYETSG SWGASYYFDF WGQGTLVTVS SSTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV ...文字列: EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASAFTFS NYGMHWVRQA PGKGLEWVAV IWSAGSLKYY ADSVKGRFII SRDNSKNTLY LQMDSLRPE DTAVYYCARE NTTYYYETSG SWGASYYFDF WGQGTLVTVS SSTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKRV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1463548 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |