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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31526 | |||||||||
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タイトル | human NTCP in complex with YN69083 Fab | |||||||||
マップデータ | postprocess map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 bile acid:sodium symporter activity / bile acid signaling pathway / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity ...bile acid:sodium symporter activity / bile acid signaling pathway / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / response to ethanol / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Park JH / Iwamoto M / Yun JH / Uchikubo-Kamo T / Son D / Jin Z / Yoshida H / Ohki M / Ishimoto N / Mizutani K ...Park JH / Iwamoto M / Yun JH / Uchikubo-Kamo T / Son D / Jin Z / Yoshida H / Ohki M / Ishimoto N / Mizutani K / Oshima M / Muramatsu M / Wakita T / Shirouzu M / Liu K / Uemura T / Nomura N / Iwata S / Watashi K / Tame JRH / Nishizawa T / Lee W / Park SY | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the HBV receptor and bile acid transporter NTCP. 著者: Jae-Hyun Park / Masashi Iwamoto / Ji-Hye Yun / Tomomi Uchikubo-Kamo / Donghwan Son / Zeyu Jin / Hisashi Yoshida / Mio Ohki / Naito Ishimoto / Kenji Mizutani / Mizuki Oshima / Masamichi ...著者: Jae-Hyun Park / Masashi Iwamoto / Ji-Hye Yun / Tomomi Uchikubo-Kamo / Donghwan Son / Zeyu Jin / Hisashi Yoshida / Mio Ohki / Naito Ishimoto / Kenji Mizutani / Mizuki Oshima / Masamichi Muramatsu / Takaji Wakita / Mikako Shirouzu / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Norimichi Nomura / So Iwata / Koichi Watashi / Jeremy R H Tame / Tomohiro Nishizawa / Weontae Lee / Sam-Yong Park / 要旨: Around 250 million people are infected with hepatitis B virus (HBV) worldwide, and 15 million may also carry the satellite virus hepatitis D virus (HDV), which confers even greater risk of severe ...Around 250 million people are infected with hepatitis B virus (HBV) worldwide, and 15 million may also carry the satellite virus hepatitis D virus (HDV), which confers even greater risk of severe liver disease. The HBV receptor has been identified as sodium taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP), which interacts directly with the first 48 amino acid residues of the N-myristoylated N-terminal preS1 domain of the viral large protein. Despite the pressing need for therapeutic agents to counter HBV, the structure of NTCP remains unsolved. This 349-residue protein is closely related to human apical sodium-dependent bile acid transporter (ASBT), another member of the solute carrier family SLC10. Crystal structures have been reported of similar bile acid transporters from bacteria, and these models are believed to resemble closely both NTCP and ASBT. Here we have used cryo-electron microscopy to solve the structure of NTCP bound to an antibody, clearly showing that the transporter has no equivalent of the first transmembrane helix found in other SLC10 proteins, and that the N terminus is exposed on the extracellular face. Comparison of our structure with those of related proteins indicates a common mechanism of bile acid transport, but the NTCP structure displays an additional pocket formed by residues that are known to interact with preS1, presenting new opportunities for structure-based drug design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31526.map.gz | 9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31526-v30.xml emd-31526.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31526_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31526.png | 102.4 KB | ||
マスクデータ | emd_31526_msk_1.map | 67 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_31526_half_map_1.map.gz emd_31526_half_map_2.map.gz | 52 MB 52 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31526 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31526 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31526_validation.pdf.gz | 601.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31526_full_validation.pdf.gz | 600.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31526_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31526_validation.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31526 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31526 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7fciMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11178 (タイトル: Human NTCP in complex with YN69083 Fab / Data size: 5.5 TB Data #1: Unaligned, non-dose weighted movies of NTCP-YN69083Fab Data 1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned, non-dose weighted movies of NTCP-YN69083Fab Data 2 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocess map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.829 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_31526_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap1
ファイル | emd_31526_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap2
ファイル | emd_31526_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human NTCP in complex with YN69083
全体 | 名称: human NTCP in complex with YN69083 |
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要素 |
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-超分子 #1: human NTCP in complex with YN69083
超分子 | 名称: human NTCP in complex with YN69083 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 89 KDa |
-超分子 #2: NTCP
超分子 | 名称: NTCP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Fab Light chain,Fab Heavy chain
超分子 | 名称: Fab Light chain,Fab Heavy chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Sodium/bile acid cotransporter
分子 | 名称: Sodium/bile acid cotransporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 38.529355 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GPGAPMEAHN ASAPFNFTLP PNFGKRPTDL ALSVILVFML FFIMLSLGCT MEFSKIKAHL WKPKGLAIAL VAQYGIMPLT AFVLGKVFR LKNIEALAIL VCGCSPGGNL SNVFSLAMKG DMNLSIVMTT CSTFCALGMM PLLLYIYSRG IYDGDLKDKV P YKGIVISL ...文字列: GPGAPMEAHN ASAPFNFTLP PNFGKRPTDL ALSVILVFML FFIMLSLGCT MEFSKIKAHL WKPKGLAIAL VAQYGIMPLT AFVLGKVFR LKNIEALAIL VCGCSPGGNL SNVFSLAMKG DMNLSIVMTT CSTFCALGMM PLLLYIYSRG IYDGDLKDKV P YKGIVISL VLVLIPCTIG IVLKSKRPQY MRYVIKGGMI IILLCSVAVT VLSAINVGKS IMFAMTPLLI ATSSLMPFIG FL LGYVLSA LFCLNGRCRR TVSMETGCQN VQLCSTILNV AFPPEVIGPL FFFPLLYMIF QLGEGLLLIA IFWCYEKFKT PKD KTKMIY TAATTEETIP GALGNGTYKG EDCSPCTA |
-分子 #2: Fab Light chain
分子 | 名称: Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.3829 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: DIVMTQSPAI MSASPGQKVT ITCSASSSVN YMHWYQQKLG SSPKLWIYDT SKLALGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAASYFCHQ WSSYPRTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列: DIVMTQSPAI MSASPGQKVT ITCSASSSVN YMHWYQQKLG SSPKLWIYDT SKLALGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAASYFCHQ WSSYPRTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC |
-分子 #3: Fab Heavy chain
分子 | 名称: Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 27.418123 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLQQPGAE LVKPGASVKL SCKTSGYTFT NYWMKWVKQR PGQGLEWIGE INPSNGGTNY NGKFKSKASL TVDKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCTIL VYDAYYVFAM DYWGLGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL ...文字列: EVQLQQPGAE LVKPGASVKL SCKTSGYTFT NYWMKWVKQR PGQGLEWIGE INPSNGGTNY NGKFKSKASL TVDKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCTIL VYDAYYVFAM DYWGLGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVPRDCGCKP CICTVPEVSS VF IFPPKPK DVLTITLT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 302 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |