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- EMDB-31434: SARS-CoV-2 RBD in complex with A5-10 Fab and A34-2 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31434
タイトルSARS-CoV-2 RBD in complex with A5-10 Fab and A34-2 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 S protein RBD in complex with two Fabs
    • 複合体: SARS-CoV-2 S protein RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: FAB
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of A34-2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of A34-2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of A5-10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of A5-10 Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
キーワードSARS-CoV-2 / RBD / Fab / Cocktail / VIRUS / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Dou Y / Wang X / Liu P / Lu B / Wang K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Antib Ther / 年: 2023
タイトル: Development of neutralizing antibodies against SARS-CoV-2, using a high-throughput single-B-cell cloning method.
著者: Yang Dou / Ke Xu / Yong-Qiang Deng / Zijing Jia / Jun Lan / Xiaoyu Xu / Guorui Zhang / Tianshu Cao / Pan Liu / Xiangxi Wang / Xinquan Wang / Lingjie Xu / Pan Du / Cheng-Feng Qin / Hong Liu / ...著者: Yang Dou / Ke Xu / Yong-Qiang Deng / Zijing Jia / Jun Lan / Xiaoyu Xu / Guorui Zhang / Tianshu Cao / Pan Liu / Xiangxi Wang / Xinquan Wang / Lingjie Xu / Pan Du / Cheng-Feng Qin / Hong Liu / Yafeng Li / Guizhen Wu / Kang Wang / Bai Lu /
要旨: BACKGROUND: Rapid and efficient strategies are needed to discover neutralizing antibodies (nAbs) from B cells derived from virus-infected patients.
手法: Here, we report a high-throughput single-B-cell cloning method for high-throughput isolation of nAbs targeting diverse epitopes on the SARS-CoV-2-RBD (receptor binding domain) from ...手法: Here, we report a high-throughput single-B-cell cloning method for high-throughput isolation of nAbs targeting diverse epitopes on the SARS-CoV-2-RBD (receptor binding domain) from convalescent COVID-19 patients. This method is simple, fast and highly efficient in generating SARS-CoV-2-neutralizing antibodies from COVID-19 patients' B cells.
RESULTS: Using this method, we have developed multiple nAbs against distinct SARS-CoV-2-RBD epitopes. CryoEM and crystallography revealed precisely how they bind RBD. In live virus assay, these nAbs ...RESULTS: Using this method, we have developed multiple nAbs against distinct SARS-CoV-2-RBD epitopes. CryoEM and crystallography revealed precisely how they bind RBD. In live virus assay, these nAbs are effective in blocking viral entry to the host cells.
CONCLUSION: This simple and efficient method may be useful in developing human therapeutic antibodies for other diseases and next pandemic.
履歴
登録2021年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年1月24日-
現状2024年1月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31434.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 112 pix.
= 92.96 Å		0.83 Å/pix.
x 102 pix.
= 84.66 Å		0.83 Å/pix.
x 171 pix.
= 141.93 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.050851732 - 0.079815045
平均 (標準偏差)0.0011997396 (±0.00589974)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin1035993
サイズ102171112
Spacing112102171
セルA: 92.96 Å / B: 84.659996 Å / C: 141.93 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 S protein RBD in complex with two Fabs

全体名称: SARS-CoV-2 S protein RBD in complex with two Fabs
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 S protein RBD in complex with two Fabs
    • 複合体: SARS-CoV-2 S protein RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: FAB
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of A34-2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of A34-2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of A5-10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of A5-10 Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID

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超分子 #1: SARS-CoV-2 S protein RBD in complex with two Fabs

超分子名称: SARS-CoV-2 S protein RBD in complex with two Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #2: SARS-CoV-2 S protein RBD

超分子名称: SARS-CoV-2 S protein RBD / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: FAB

超分子名称: FAB / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 141.297422 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPR RARSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDKVE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQYIKWPWY IWLGFIAGLI AIVMVTIMLC CMTSCCSCLK GCCSCGSCCK FDEDDSEPVL KGVKLHYT

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Heavy chain of A34-2 Fab

分子名称: Heavy chain of A34-2 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.326992 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFD ESAMHWVRQA PGEGLEWVSG ISWNSGRIAY ADSVRGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTALYFCALT TSGWFSFDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFD ESAMHWVRQA PGEGLEWVSG ISWNSGRIAY ADSVRGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTALYFCALT TSGWFSFDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKRVE P

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分子 #3: Light chain of A34-2 Fab

分子名称: Light chain of A34-2 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.769113 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYVLTQPPSV SVAPGKTARI TCGGNNIGSK SVHWYQQKPG QAPVPVIYYD SDRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISRVEVG DEADYYCQV WDSSSDRAVF GGGTTLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK ...文字列:
SYVLTQPPSV SVAPGKTARI TCGGNNIGSK SVHWYQQKPG QAPVPVIYYD SDRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISRVEVG DEADYYCQV WDSSSDRAVF GGGTTLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS

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分子 #4: Heavy chain of A5-10 Fab

分子名称: Heavy chain of A5-10 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.014896 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVSA IVGSGGSTYY ADSVKGRFII SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKS LIYGHYDILT GAYYFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVSA IVGSGGSTYY ADSVKGRFII SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKS LIYGHYDILT GAYYFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEP

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分子 #5: Light chain of A5-10 Fab

分子名称: Light chain of A5-10 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.182643 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AQMTQSPSSV SASVGDRVTI PCRASQGIGN WLAWYQQKPG KAPKLLIYAA SSLQSGVPSR FSGSGSGTDF TLTISSLQPE DFATYYCQQ ANSFPPFGQG TRLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE S VTEQDSKD ...文字列:
AQMTQSPSSV SASVGDRVTI PCRASQGIGN WLAWYQQKPG KAPKLLIYAA SSLQSGVPSR FSGSGSGTDF TLTISSLQPE DFATYYCQQ ANSFPPFGQG TRLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE S VTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTK

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #7: 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID

分子名称: 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MES
分子量理論値: 195.237 Da
Chemical component information

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 401023
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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