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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31394 | |||||||||
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タイトル | Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD from E. coli | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ATP-binding exporter / Heme transmembrane transporter / Cytochrome c biogenesis protein. / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome c biosynthetic process / heme import across plasma membrane / ABC-type heme transporter / heme transmembrane transporter activity / ABC-type heme transporter activity / cytochrome complex assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / heme binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å | |||||||||
データ登録者 | Li J / Zheng W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structures of the CcmABCD heme release complex at multiple states. 著者: Jiao Li / Wan Zheng / Ming Gu / Long Han / Yanmei Luo / Koukou Yu / Mengxin Sun / Yuliang Zong / Xiuxiu Ma / Bing Liu / Ethan P Lowder / Deanna L Mendez / Robert G Kranz / Kai Zhang / Jiapeng Zhu / 要旨: Cytochromes c use heme as a cofactor to carry electrons in respiration and photosynthesis. The cytochrome c maturation system I, consisting of eight membrane proteins (CcmABCDEFGH), results in the ...Cytochromes c use heme as a cofactor to carry electrons in respiration and photosynthesis. The cytochrome c maturation system I, consisting of eight membrane proteins (CcmABCDEFGH), results in the attachment of heme to cysteine residues of cytochrome c proteins. Since all c-type cytochromes are periplasmic, heme is first transported to a periplasmic heme chaperone, CcmE. A large membrane complex, CcmABCD has been proposed to carry out this transport and linkage to CcmE, yet the structural basis and mechanisms underlying the process are unknown. We describe high resolution cryo-EM structures of CcmABCD in an unbound form, in complex with inhibitor AMP-PNP, and in complex with ATP and heme. We locate the ATP-binding site in CcmA and the heme-binding site in CcmC. Based on our structures combined with functional studies, we propose a hypothetic model of heme trafficking, heme transfer to CcmE, and ATP-dependent release of holoCcmE from CcmABCD. CcmABCD represents an ABC transporter complex using the energy of ATP hydrolysis for the transfer of heme from one binding partner (CcmC) to another (CcmE). | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31394.map.gz | 64.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31394-v30.xml emd-31394.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31394.png | 66.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31394.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31394 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31394 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31394_validation.pdf.gz | 496.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31394_full_validation.pdf.gz | 496.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31394_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31394_validation.cif.gz | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31394 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31394 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD
全体 | 名称: Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD |
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要素 |
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-超分子 #1: Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD
超分子 | 名称: Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-分子 #1: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA
分子 | 名称: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type heme transporter |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 23.080213 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGMLEARELL CERDERTLFS GLSFTLNAGE WVQITGSNGA GKTTLLRLLT GLSRPDAGEV LWQGQPLHQV RDSYHQNLLW IGHQPGIKT RLTALENLHF YHRDGDTAQC LEALAQAGLA GFEDIPVNQL SAGQQRRVAL ARLWLTRATL WILDEPFTAI D VNGVDRLT ...文字列: MGMLEARELL CERDERTLFS GLSFTLNAGE WVQITGSNGA GKTTLLRLLT GLSRPDAGEV LWQGQPLHQV RDSYHQNLLW IGHQPGIKT RLTALENLHF YHRDGDTAQC LEALAQAGLA GFEDIPVNQL SAGQQRRVAL ARLWLTRATL WILDEPFTAI D VNGVDRLT QRMAQHTEQG GIVILTTHQP LNVAESKIRR ISLTQTRAA UniProtKB: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA |
-分子 #2: Heme exporter protein B
分子 | 名称: Heme exporter protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 23.632676 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MMFWRIFRLE LRVAFRHSAE IANPLWFFLI VITLFPLSIG PEPQLLARIA PGIIWVAALL SSLLALERLF RDDLQDGSLE QLMLLPLPL PAVVLAKVMA HWMVTGLPLL ILSPLVAMLL GMDVYGWQVM ALTLLLGTPT LGFLGAPGVA LTVGLKRGGV L LSILVLPL ...文字列: MMFWRIFRLE LRVAFRHSAE IANPLWFFLI VITLFPLSIG PEPQLLARIA PGIIWVAALL SSLLALERLF RDDLQDGSLE QLMLLPLPL PAVVLAKVMA HWMVTGLPLL ILSPLVAMLL GMDVYGWQVM ALTLLLGTPT LGFLGAPGVA LTVGLKRGGV L LSILVLPL TIPLLIFATA AMDAASMHLP VDGYLAILGA LLAGTATLSP FATAAALRIS IQ UniProtKB: Heme exporter protein B |
-分子 #3: Heme exporter protein C
分子 | 名称: Heme exporter protein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 27.911264 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MWKTLHQLAI PPRLYQICGW FIPWLAIASV VVLTVGWIWG FGFAPADYQQ GNSYRIIYLH VPAAIWSMGI YASMAVAAFI GLVWQMKMA NLAVAAMAPI GAVFTFIALV TGSAWGKPMW GTWWVWDARL TSELVLLFLY VGVIALWHAF DDRRLAGRAA G ILVLIGVV ...文字列: MWKTLHQLAI PPRLYQICGW FIPWLAIASV VVLTVGWIWG FGFAPADYQQ GNSYRIIYLH VPAAIWSMGI YASMAVAAFI GLVWQMKMA NLAVAAMAPI GAVFTFIALV TGSAWGKPMW GTWWVWDARL TSELVLLFLY VGVIALWHAF DDRRLAGRAA G ILVLIGVV NLPIIHYSVE WWNTLHQGST RMQQSIDPAM RSPLRWSIFG FLLLSATLTL MRMRNLILLM EKRRPWVSEL IL KRGRK UniProtKB: Heme exporter protein C |
-分子 #4: Heme exporter protein D
分子 | 名称: Heme exporter protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 7.753103 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTPAFASWNE FFAMGGYAFF VWLAVVMTVI PLVVLVVHSV MQHRAILRGV AQQRAREARL RAAQQQEAA UniProtKB: Heme exporter protein D |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-分子 #7: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子 | 名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: 3PE |
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分子量 | 理論値: 748.065 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PE: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.4388 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270353 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |