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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM (SPA) structure of human Nup155 C-terminus (864-1337) at 5.3 Angstroms resolution | |||||||||
![]() | Cryo-EM SPA of Nup155 C-terminus | |||||||||
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![]() | Human Nucleoporin 155 / NUCLEAR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / nuclear envelope organization / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / atrial cardiac muscle cell action potential / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / miRNA processing ...protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / nuclear envelope organization / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / atrial cardiac muscle cell action potential / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / miRNA processing / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / SUMOylation of DNA replication proteins / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA export from nucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / nuclear pore / SUMOylation of chromatin organization proteins / HCMV Late Events / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / HCMV Early Events / protein import into nucleus / nuclear envelope / snRNP Assembly / nuclear membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å | |||||||||
![]() | Niranjan S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM (SPA) structure of human Nup155 C-terminus (864-1337) at 5.3 Angstroms resolution 著者: Niranjan S | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 26.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 93.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7eyfMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM SPA of Nup155 C-terminus | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.823 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Purified Nup155 protein
全体 | 名称: Purified Nup155 protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Purified Nup155 protein
超分子 | 名称: Purified Nup155 protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 58 kDa/nm |
-分子 #1: Nuclear pore complex protein Nup155
分子 | 名称: Nuclear pore complex protein Nup155 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 60.58927 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: PLLYSTDDAI CSKANELLQR SRQVQNKTEK ERMLRESLKE YQKISNQVDL SNVCAQYRQV RFYEGVVELS LTAAEKKDPQ GLGLHFYKH GEPEEDIVGL QAFQERLNSY KCITDTLQEL VNQSKAAPQS PSVPKKPGPP VLSSDPNMLS NEEAGHHFEQ M LKLSQRSK ...文字列: PLLYSTDDAI CSKANELLQR SRQVQNKTEK ERMLRESLKE YQKISNQVDL SNVCAQYRQV RFYEGVVELS LTAAEKKDPQ GLGLHFYKH GEPEEDIVGL QAFQERLNSY KCITDTLQEL VNQSKAAPQS PSVPKKPGPP VLSSDPNMLS NEEAGHHFEQ M LKLSQRSK DELFSIALYN WLIQVDLADK LLQVASPFLE PHLVRMAKVD QNRVRYMDLL WRYYEKNRSF SNAARVLSRL AD MHSTEIS LQQRLEYIAR AILSAKSSTA ISSIAADGEF LHELEEKMEV ARIQLQIQET LQRQYSHHSS VQDAVSQLDS ELM DITKLY GEFADPFKLA ECKLAIIHCA GYSDPILVQT LWQDIIEKEL SDSVTLSSSD RMHALSLKIV LLGKIYAGTP RFFP LDFIV QFLEQQVCTL NWDVGFVIQT MNEIGVPLPR LLEVYDQLFK SRDPFWNRMK KPLHLLDCIH VLLIRYVENP SQVLN CERR RFTNLCLDAV CGYLVELQSM SSSVAVQAIT GNFKSLQAKL ERLH UniProtKB: Nuclear pore complex protein Nup155 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Buffer was freshly made. | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-46 / 平均電子線量: 1.15 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7eyf: |