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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31303 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Scap/Insig complex in the present of digitonin. | |||||||||
マップデータ | cryo-EM structure of Insig-2/Scap complex in the presence of digitonin | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 SREBP-SCAP complex retention in endoplasmic reticulum / SREBP-SCAP-Insig complex / cranial suture morphogenesis / SREBP-SCAP complex / negative regulation of steroid biosynthetic process / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / response to vitamin B3 / sterol binding / SREBP signaling pathway ...SREBP-SCAP complex retention in endoplasmic reticulum / SREBP-SCAP-Insig complex / cranial suture morphogenesis / SREBP-SCAP complex / negative regulation of steroid biosynthetic process / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / response to vitamin B3 / sterol binding / SREBP signaling pathway / COPII-coated vesicle cargo loading / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / oxysterol binding / middle ear morphogenesis / inner ear morphogenesis / triglyceride metabolic process / roof of mouth development / cholesterol biosynthetic process / protein sequestering activity / cholesterol metabolic process / response to insulin / ER to Golgi transport vesicle membrane / cellular response to insulin stimulus / unfolded protein binding / response to hypoxia / immune response / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan R / Cao P / Song W / Li Y / Wang T / Qian H / Yan C / Yan N | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Structural basis for sterol sensing by Scap and Insig. 著者: Renhong Yan / Pingping Cao / Wenqi Song / Yaning Li / Tongtong Wang / Hongwu Qian / Chuangye Yan / Nieng Yan / 要旨: The sterol regulatory element-binding protein (SREBP) pathway monitors the cellular cholesterol level through sterol-regulated association between the SREBP cleavage-activating protein (Scap) and the ...The sterol regulatory element-binding protein (SREBP) pathway monitors the cellular cholesterol level through sterol-regulated association between the SREBP cleavage-activating protein (Scap) and the insulin-induced gene (Insig). Despite structural determination of the Scap and Insig-2 complex bound to 25-hydroxycholesterol, the luminal domains of Scap remain unresolved. In this study, combining cryogenic electron microscopy (cryo-EM) analysis and artificial intelligence-facilitated structural prediction, we report the structure of the human Scap/Insig-2 complex purified in digitonin. The luminal domain loop 1 and a co-folded segment in loop 7 of Scap resemble those of the luminal/extracellular domain in NPC1 and related proteins, providing clues to the cholesterol-regulated interaction of loop 1 and loop 7. An additional luminal interface is observed between Scap and Insig. We also show that Scap(D428A), which inhibits SREBP activation even under sterol depletion, exhibits an identical conformation with the wild-type protein when complexed with Insig-2, and its constitutive suppression of the SREBP pathway may also involve a later step in protein trafficking. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31303.map.gz | 28.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31303-v30.xml emd-31303.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31303.png | 154.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31303 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31303 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31303_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31303_full_validation.pdf.gz | 439.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31303_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31303_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31303 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31303 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM structure of Insig-2/Scap complex in the presence of digitonin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Scap and Insig complex
全体 | 名称: Scap and Insig complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Scap and Insig complex
超分子 | 名称: Scap and Insig complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S |
-分子 #1: Insulin-induced gene 2 protein
分子 | 名称: Insulin-induced gene 2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.74966 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAEGETESPG PKKSGPYISS VTSQSVNLMI RGVVLFFIGV FLALVLNLLQ IQRNVTLFPP DVIASIFSSA WWVPPCCGTA SAVIGLLYP SIDRHLGEPH KFKREWSSVM RCVAVFVGIN HASAKVDFDN NIQLSLTLAA LSIGLWWTFD RSRSGFGLGV G IAFLATVV ...文字列: MAEGETESPG PKKSGPYISS VTSQSVNLMI RGVVLFFIGV FLALVLNLLQ IQRNVTLFPP DVIASIFSSA WWVPPCCGTA SAVIGLLYP SIDRHLGEPH KFKREWSSVM RCVAVFVGIN HASAKVDFDN NIQLSLTLAA LSIGLWWTFD RSRSGFGLGV G IAFLATVV TQLLVYNGVY QYTSPDFLYV RSWLPCIFFA GGITMGNIGR QLAMYESKVI AEKSHQE |
-分子 #2: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
分子 | 名称: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 81.863531 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTLTERLREK ISRAFYNHGL LCASYPIPII LFTGFCILAC CYPLLKLPLP GTGPVEFTTP VKDYSPPPVD SDRKQGEPTE QPEWYVGAP VAYVQQIFVK SSVFPWHKNL LAVDVFRSPL SRAFQLVEEI RNHVLRDSSG IRSLEELCLQ VTDLLPGLRK L RNLLPEHG ...文字列: MTLTERLREK ISRAFYNHGL LCASYPIPII LFTGFCILAC CYPLLKLPLP GTGPVEFTTP VKDYSPPPVD SDRKQGEPTE QPEWYVGAP VAYVQQIFVK SSVFPWHKNL LAVDVFRSPL SRAFQLVEEI RNHVLRDSSG IRSLEELCLQ VTDLLPGLRK L RNLLPEHG CLLLSPGNFW QNDWERFHAD PDIIGTIHQH EPKTLQTSAT LKDLLFGVPG KYSGVSLYTR KRMVSYTITL VF QHYHAKF LGSLRARLML LHPSPNCSLR AESLVHVHFK EEIGVAELIP LVTTYIILFA YIYFSTRKID MVKSKWGLAL AAV VTVLSS LLMSVGLCTL FGLTPTLNGG EIFPYLVVVI GLENVLVLTK SVVSTPVDLE VKLRIAQGLS SESWSIMKNM ATEL GIILI GYFTLVPAIQ EFCLFAVVGL VSDFFLQMLF FTTVLSIDIR RMELADLNKR LPPEACLPSA KPVGQPTRYE RQLAV RPST PHTITLQPSS FRNLRLPKRL RVVYFLARTR LAQRLIMAGT VVWIGILVYT DPAGLRNYLA AQVTEQSPLG EGALAP MPV PSGMLPPSHP DPAFSIFPPD APKLPENQTS PGESPERGGP AEVVHDSPVP EVTWGPEDEE LWRKLSFRHW PTLFSYY NI TLAKRYISLL PVIPVTLRLN PREALEGRHP QDGRSAWPPP GPIPAGHWEA GPKGPGGVQA HGDVTLYKVA ALGLATGI V LVLLLLCLYR VLCP |
-分子 #4: Digitonin
分子 | 名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: AJP |
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分子量 | 理論値: 1.229312 KDa |
Chemical component information | ChemComp-AJP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 252929 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |