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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31265 | |||||||||
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タイトル | Structure of Csy-AcrIF5 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | complex / inhibitor / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang L / Feng Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022 タイトル: AcrIF5 specifically targets DNA-bound CRISPR-Cas surveillance complex for inhibition. 著者: Yongchao Xie / Laixing Zhang / Zhengyu Gao / Peipei Yin / Hao Wang / Hang Li / Zeliang Chen / Yi Zhang / Maojun Yang / Yue Feng / 要旨: CRISPR-Cas systems are prokaryotic antiviral systems, and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to inactivate these systems. Here we present structural and functional analyses of AcrIF5, exploring ...CRISPR-Cas systems are prokaryotic antiviral systems, and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to inactivate these systems. Here we present structural and functional analyses of AcrIF5, exploring its unique anti-CRISPR mechanism. AcrIF5 shows binding specificity only for the target DNA-bound form of the crRNA-guided surveillance (Csy) complex, but not the apo Csy complex from the type I-F CRISPR-Cas system. We solved the structure of the Csy-dsDNA-AcrIF5 complex, revealing that the conformational changes of the Csy complex caused by dsDNA binding dictate the binding specificity for the Csy-dsDNA complex by AcrIF5. Mechanistically, five AcrIF5 molecules bind one Csy-dsDNA complex, which destabilizes the helical bundle domain of Cas8f, thus preventing subsequent Cas2/3 recruitment. AcrIF5 exists in symbiosis with AcrIF3, which blocks Cas2/3 recruitment. This attack on the recruitment event stands in contrast to the conventional mechanisms of blocking binding of target DNA. Overall, our study reveals an unprecedented mechanism of CRISPR-Cas inhibition by AcrIF5. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31265.map.gz | 6.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31265-v30.xml emd-31265.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31265_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31265.png | 55 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31265.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31265 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31265 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31265.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Csy-AcrIF5
+超分子 #1: Csy-AcrIF5
+超分子 #2: Csy-AcrIF5
+超分子 #3: DNA
+分子 #1: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
+分子 #2: CRISPR-associated protein Csy3
+分子 #3: AcrIF5
+分子 #4: type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
+分子 #7: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1
+分子 #5: RNA (60-MER)
+分子 #6: DNA (54-MER)
+分子 #8: DNA (54-MER)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |