+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31256 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of designed protein nanoparticle TIP60 (Truncated Icosahedral Protein composed of 60-mer fusion proteins) | ||||||||||||||||||
![]() | Sharpened map by auto-sharpen in Phenix, based on locally-filtered and sharpened map by Relion | ||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||
![]() | Artificial designed protein complex / VIRUS LIKE PARTICLE / DE NOVO PROTEIN | ||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Obata J / Kawakami N | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2018 タイトル: Design of Hollow Protein Nanoparticles with Modifiable Interior and Exterior Surfaces. 著者: Norifumi Kawakami / Hiroki Kondo / Yuki Matsuzawa / Kaoru Hayasaka / Erika Nasu / Kenji Sasahara / Ryoichi Arai / Kenji Miyamoto / ![]() 要旨: Protein-based nanoparticles hold promise for a broad range of applications. Here, we report the production of a uniform anionic hollow protein nanoparticle, designated TIP60, which spontaneously ...Protein-based nanoparticles hold promise for a broad range of applications. Here, we report the production of a uniform anionic hollow protein nanoparticle, designated TIP60, which spontaneously assembles from a designed fusion protein subunit based on the geometric features of polyhedra. We show that TIP60 tolerates mutation and both its interior and exterior surfaces can be chemically modified. Moreover, TIP60 forms larger structures upon the addition of a cationic protein. Therefore, TIP60 can be used as a modifiable nano-building block for further molecular assembly. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 26.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 121.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 30.5 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 23 MB 23.1 MB 23.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 801.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 801 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map by auto-sharpen in Phenix, based on locally-filtered and sharpened map by Relion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.545 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Raw full map
ファイル | emd_31256_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Raw full map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_31256_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_31256_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : 60-meric complex of designed fusion proteins TIP60
全体 | 名称: 60-meric complex of designed fusion proteins TIP60 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: 60-meric complex of designed fusion proteins TIP60
超分子 | 名称: 60-meric complex of designed fusion proteins TIP60 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: 60-meric complex of designed fusion proteins of a pentameric Sm-like protein (3BY7) and a dimeric MyoX-coil domain (2LW9) |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 1.066 MDa |
-分子 #1: TIP60
分子 | 名称: TIP60 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Designed fusion protein of pentameric Sm-like protein (3BY7) and dimeric MyoX-coil domain (2LW9) コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 17.794227 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SQDPKNIKIM RLVTGEDIIG NISESQGLIT IKKAFVIIPM QATPGKPVQL VLSPWQPYTD DKEIVIDDSK VITITSPKD DIIKSYESHT RVLENKQVEE ILRLEKEIED LQRMKEQQEL SLTEASLQKL QERRDQELRR LEEE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 実像数: 1755 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
| ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 温度因子: 205.47 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient | ||||||
得られたモデル | ![]() PDB-7eq9: |