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- EMDB-31076: Structure of the CatSpermasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31076
タイトルStructure of the CatSpermasome
マップデータMap1, overall map, 2.9A
試料
  • 複合体: mouse CatSpermasome
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


CatSper complex / Sperm Motility And Taxes / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / sperm principal piece / calcium ion sensor activity / flagellated sperm motility / multicellular organism development ...CatSper complex / Sperm Motility And Taxes / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / sperm principal piece / calcium ion sensor activity / flagellated sperm motility / multicellular organism development / male meiotic nuclear division / organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / 受精 / 繊毛 / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / 受精能獲得 / monoatomic ion channel complex / sodium ion transport / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of calcium ion transport / sperm flagellum / voltage-gated calcium channel activity / 生物発光 / acrosomal vesicle / generation of precursor metabolites and energy / calcium channel activity / 繊毛 / calcium ion transport / 精子形成 / 細胞分化 / calmodulin binding / calcium ion binding / 小胞体 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma / Cation channel sperm-associated protein 4 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta/epsilon / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9 ...Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma / Cation channel sperm-associated protein 4 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta/epsilon / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9 / CATSPERD, beta-propeller domain / CATSPERG beta-propeller domain / CATSPERB, C-terminal domain / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / MFS transporter superfamily / Voltage-dependent channel domain superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protein 249 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated protein subunit beta / Enhanced green fluorescent protein / Cation channel sperm-associated protein subunit gamma 2 / Transmembrane protein 262 / Cation channel sperm-associated protein subunit delta / Cation channel sperm-associated protein subunit epsilon / Kazal-like domain-containing protein / Cation channel sperm-associated protein 3 ...Transmembrane protein 249 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated protein subunit beta / Enhanced green fluorescent protein / Cation channel sperm-associated protein subunit gamma 2 / Transmembrane protein 262 / Cation channel sperm-associated protein subunit delta / Cation channel sperm-associated protein subunit epsilon / Kazal-like domain-containing protein / Cation channel sperm-associated protein 3 / Cation channel sperm-associated protein 4 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated protein subunit zeta / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wu JP / Ke M
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure of a mammalian sperm cation channel complex.
著者: Shiyi Lin / Meng Ke / Yuqi Zhang / Zhen Yan / Jianping Wu /
要旨: The cation channel of sperm (CatSper) is essential for sperm motility and fertility. CatSper comprises the pore-forming proteins CATSPER1-4 and multiple auxiliary subunits, including CATSPERβ, γ, ...The cation channel of sperm (CatSper) is essential for sperm motility and fertility. CatSper comprises the pore-forming proteins CATSPER1-4 and multiple auxiliary subunits, including CATSPERβ, γ, δ, ε, ζ, and EFCAB9. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the CatSper complex isolated from mouse sperm. In the extracellular view, CATSPER1-4 conform to the conventional domain-swapped voltage-gated ion channel fold, following a counterclockwise arrangement. The auxiliary subunits CATSPERβ, γ, δ and ε-each of which contains a single transmembrane segment and a large extracellular domain-constitute a pavilion-like structure that stabilizes the entire complex through interactions with CATSPER4, 1, 3 and 2, respectively. Our EM map reveals several previously uncharacterized components, exemplified by the organic anion transporter SLCO6C1. We name this channel-transporter ultracomplex the CatSpermasome. The assembly and organization details of the CatSpermasome presented here lay the foundation for the development of CatSpermasome-related treatments for male infertility and non-hormonal contraceptives.
履歴
登録2021年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2021年8月11日-
現状2021年8月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eeb
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31076.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map1, overall map, 2.9A
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0773 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-2.3705251 - 4.092949
平均 (標準偏差)0.0025662975 (±0.08306798)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 430.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.07731.07731.0773
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z430.920430.920430.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-2.3714.0930.003

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添付データ

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追加マップ: Map2, improved map quality near CatSper eta

ファイルemd_31076_additional_1.map
注釈Map2, improved map quality near CatSper eta
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map3, improved map quality near SLCO6C1

ファイルemd_31076_additional_2.map
注釈Map3, improved map quality near SLCO6C1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map4, improved map quality near CatSper delta-TM

ファイルemd_31076_additional_3.map
注釈Map4, improved map quality near CatSper delta-TM
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map5, improved map quality in cytosolic region

ファイルemd_31076_additional_4.map
注釈Map5, improved map quality in cytosolic region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: composite map for interpretation

ファイルemd_31076_additional_5.map
注釈composite map for interpretation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mouse CatSpermasome

全体名称: mouse CatSpermasome
要素
  • 複合体: mouse CatSpermasome
    • タンパク質・ペプチド: Enhanced green fluorescent protein,Cation channel sperm-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein subunit gamma 2
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: Kazal-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein 249膜貫通型タンパク質
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein 262膜貫通型タンパク質
    • タンパク質・ペプチド: Unknown
    • タンパク質・ペプチド: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein subunit zeta
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: mouse CatSpermasome

超分子名称: mouse CatSpermasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Enhanced green fluorescent protein,Cation channel sperm-associate...

分子名称: Enhanced green fluorescent protein,Cation channel sperm-associated protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 109.442758 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DYKDHDGDYK DHDIDYKDDD DKMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTY GVQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI L GHKLEYNY ...文字列:
DYKDHDGDYK DHDIDYKDDD DKMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTY GVQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI L GHKLEYNY NSHNVYIMAD KQKNGIKVNF KIRHNIEDGS VQLADHYQQN TPIGDGPVLL PDNHYLSTQS ALSKDPNEKR DH MVLLEFV TAAGITLGMD ELYKENLYFQ GSMDQSSRRD ESYHETHPGS LDPSHQSHPH PHPHPTLHRP NQGGVYYDSP QHG MFQQPY QQHGGFHQQN ELQHLREFSD SHDNAFSHHS YQQDRAGVST LPNNISHAYG GSHPLAESQH SGGPQSGPRI DPNH HPHQD DPHRPSEPLS HPSSTGSHQG TTHQQYHERS HHLNPQQNRD HADTISYRSS TRFYRSHAPF SRQERPHLHA DHHHE GHHA HSHHGEHPHH KEQRHYHGDH MHHHIHHRSP SASQLSHKSH STLATSPSHV GSKSTASGAR YTFGARSQIF GKAQSR ESL RESASLSEGE DHVQKRKKAQ RAHKKAHTGN IFQLLWEKIS HLLLGLQQMI LSLTQSLGFE TFIFIVVCLN TVILVAQ TF TELEIRGEWY FMVLDSIFLS IYVLEAVLKL IALGLEYFYD PWNNLDFFIM VMAVLDFVLL QINSLSYSFY NHSLFRIL K VFKSMRALRA IRVLRRLSIL TSLHEVAGTL SGSLPSITAI LTLMFTCLFL FSVVLRALFQ DSDPKRFQNI FTTLFTLFT MLTLDDWSLI YIDNRAQGAW YIIPILMIYI VIQYFIFLNL VIAVLVDNFQ MALLKGLEKV KLEQAARVHE KLLDDSLTDL NKADANAQM TEEALKMQLI EGMFGNMTVK QRVLHFQFLQ LVAAVEQHQQ KFRSQAYVID ELVDMAFEAG DDDYGK

+
分子 #2: Cation channel sperm-associated protein 2

分子名称: Cation channel sperm-associated protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 68.651062 KDa
配列文字列: MAQEQGHFQL LRADAIRSKL IDTFSLIEHL QGLSQAVPRH TLREILDPSY QQKLMSGDQE QLVRFSIKPR RMGHITHSRR LLSRLRVRC SRMPPLSLWA GWVLDSSVFS KFIISLIFLN TFVLMVEIEL MESTNTALWP VKLALEVADW FILLSFIVEI L LMWLASFS ...文字列:
MAQEQGHFQL LRADAIRSKL IDTFSLIEHL QGLSQAVPRH TLREILDPSY QQKLMSGDQE QLVRFSIKPR RMGHITHSRR LLSRLRVRC SRMPPLSLWA GWVLDSSVFS KFIISLIFLN TFVLMVEIEL MESTNTALWP VKLALEVADW FILLSFIVEI L LMWLASFS LFWKDAWNVF DFFVTLLSLL PELVVLLGVP AHSVWLQLLR VCRVLRSLKL FARFRQIKVI LLALVRALKS MT FLLMLLL IFFYIFAVTG VYFFREYSRS TIEGLEYNMF FSDLLNSLVT VFILFTLDHW YAVLQDIWKV PESSRVFSSI YVI LWLLLG SIIFRNIIVA MMVTNFQNIR SELSEEMSHL EVQYKADMFK QQIIQRRQHS ESLRGTSLGK VSEDIIETSD ASDD DDDDD DDDDDDDDDD DDKSDATESD NEESDSENSE SENSESEKID PEKDYAKKSY PEKSHPEKSY PEKSHPEKSY PEKSH PKKS YDEQAEAEKV KEESKEKAYP VSHSISSHGS TAADTAFLEN LDWETLVHEN LPGLMDMDQD DRIVWPRDSL FRYFEL LEK LQYNLEERKK LQEFAVQALM SFEDK

+
分子 #3: Cation channel sperm-associated protein 3

分子名称: Cation channel sperm-associated protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 45.533113 KDa
配列文字列: MSQHFHHNPV RVKSGSLFAT ASEALQARLS KIKRKDKECQ AYFRKVIKST FFQIVMITTV TTNSFLLVLG TNYDIQFEFF RTFEVSELF FVSVYVCEFL MKVYVDPITY WKDGYNILDV IILIILTIPY LLRKIKGNHS AYLHFADGIQ SLRILKLISY S RGIRTLII ...文字列:
MSQHFHHNPV RVKSGSLFAT ASEALQARLS KIKRKDKECQ AYFRKVIKST FFQIVMITTV TTNSFLLVLG TNYDIQFEFF RTFEVSELF FVSVYVCEFL MKVYVDPITY WKDGYNILDV IILIILTIPY LLRKIKGNHS AYLHFADGIQ SLRILKLISY S RGIRTLII AVGETVYTVA SVLTLLFLLM FVFAILGFCL FGVTDRGDLE NWGNLASAFF TLFSLATVDG WTDLQEELDK RK FTVSRAF TILFILLASF IFLNMFVGVM IMHTEDSMKK FERDLTLERN LAIMEEKQII LKRQQEEVNR LMNTQKSGSM NFI DMVEGF KKTLRHTDPM VLDDFSTSLS FIDIYLVTLD NQDVIVSKLQ ELYCEIVNVL SLMLEDMPKE SSSSLSGLS

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分子 #4: Cation channel sperm-associated protein 4

分子名称: Cation channel sperm-associated protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 51.179273 KDa
配列文字列: MSEKHKWWQQ VENIDITHLG PKRKAYELLG RHEEQVLINR RDVMEKKDAW DVQEFITQMY IKQLLRHPAF QLLLAFLLLS NAITIALRT NSYLGQKHYE LFSTIDDIVL TILICEVLLG WLNGFWIFWK DGWNILNFAI VFILFMGFFI KQLDMVAITY P LRVLRLVH ...文字列:
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+
分子 #5: Cation channel sperm-associated protein subunit beta

分子名称: Cation channel sperm-associated protein subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 126.250031 KDa
配列文字列: MESPLIYVML VLLNVFVFSS GVIHNKGKER TYFSCSGEGI LTGLHTIKLF LTMDNLKVRC FFRNENQSPS KEILGLFTSG GLAPNMIIT NSTFYGGYYF KLTPFSNRLE WLIDIPRQNI TVNTDIAAVE QWMIKITMHE GLNIYDTEGT LLDLVREPIL Q WNLGRVLT ...文字列:
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分子 #6: Cation channel sperm-associated protein subunit gamma 2

分子名称: Cation channel sperm-associated protein subunit gamma 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 131.550594 KDa
配列文字列: MVSRPAMSPV SPVWPRKPNL WAFWVLRLVL LLSLKSWAED ALQHCTWLLV LNKFEKVGLH LSKDRFQDHE PIDTVAKVFQ KLTDSPIDP SENYLSFPYY LQINFSCPGQ NIEELARKGH LMGMKPMVQI NYMYSVNFYR WEMENVQILM EAAPMRSTGY C PAEAMCVL ...文字列:
MVSRPAMSPV SPVWPRKPNL WAFWVLRLVL LLSLKSWAED ALQHCTWLLV LNKFEKVGLH LSKDRFQDHE PIDTVAKVFQ KLTDSPIDP SENYLSFPYY LQINFSCPGQ NIEELARKGH LMGMKPMVQI NYMYSVNFYR WEMENVQILM EAAPMRSTGY C PAEAMCVL NWYTPMPFKN GSVVSSVDIY TNGIGPFVSK KRFYVNMNGF LKRDASGKSL FAIGYESLVL KSSHFRLSKS RP LWYTVNH APVFILGGFY DEKSILFSDS NFQDYVLLEL SIDSCWVGSF YCPILGFSAT IHDAIATEST LFIRQNQLVY YFT GTYITL FDKSHGSSRW VRVLPSECIK RLCPVYASGN GSEYVLALTT GKNEGYIHIG TITDGLVSFE MVPDGWSVCE KLPG KNCSI DWATYIADER NLLLLVKIDS GQFYLVNFNT EFKTLNILYK IPEFIPEAKE LDFLVLLDTV TYTNTPMTPK GLFFN TLNN MLYIWGNFIL QSYNREEFIF LADFPKESTI KYMVNSFKGQ MAVVTENEEI WYFLEGGYDV YQVVPSQGWE TYHNLQ KMQ KSSFHSEDES LVSLFFEDGK LFQLVYLFDV GKERLVKRLL PVGTLMEYNL PKPFTVVNQG NYQAISFTHT CPFKEIH LI DVPKKHHASR TESYVALPPL VSESLGFHNN NTLAVYQGLV YYLLWLHSKY DKPYADPVHD PTWRWWQHKT KDKDYFFY L FSNRLAAEGI YINMNAYQKL YNMSGDYGIP DLFFLDKGNW FTITVVLLSH QDTFTSSDSQ GPTINVDKKL AIAVTIADP ECLSVTVTQD VLLNRNAVIN KIKVIDKKRC SEQGMIGRNI KKTSMMLKVL GAPGNCIQRT YLGGIIQGFK VVPIFIGCPP GKRLAFDVS YTIMHSEEIN KHYFDCVIKD AEMPCFLFRD LFQPFFLVQD LVTGDSGSFL GSYVLKVVGG GRTLNTIRDY T EEEIFRYN SPLDTTNSLI WKTKVERTTE DKKFYIMSHE SPGVEWLCLE NSPCYDIIPQ SIYPPEFFFK LLVSNRGVDN ST YCDYKLT FIVHIHGLPL SSKRTSFIVM VSTSFFIALV VFYILFCLVW PHIVKAWVSL RWRINNIMAS ESYYTYASST AGF SLQSHS FEGPSRAGSK EDNVQAKTA

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分子 #7: Cation channel sperm-associated protein subunit delta

分子名称: Cation channel sperm-associated protein subunit delta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 91.186453 KDa
配列文字列: MLVLMLAAAV ATMVRAHTLC RVHTVRTGKV FKSNIQLQGD PLFYAFPNTF VLKNVCKADI SVYLGQKVFL TIDNFESSLL PLTVPKSLA VGVPSITSAH FVSGSLVLFV ISGKGYSYDY YENTWRKLEG ISEPVSHISG DVCCFKGSFC LELSNNLFAY L RGGQIPGT ...文字列:
MLVLMLAAAV ATMVRAHTLC RVHTVRTGKV FKSNIQLQGD PLFYAFPNTF VLKNVCKADI SVYLGQKVFL TIDNFESSLL PLTVPKSLA VGVPSITSAH FVSGSLVLFV ISGKGYSYDY YENTWRKLEG ISEPVSHISG DVCCFKGSFC LELSNNLFAY L RGGQIPGT NIYFSDNGGF SFQLMNTDKL SHLTGTLGGI FHLHSMSQVG VLMVENNLGT FHYMEYPLNH SMGIAFSYKN LL EVIMKPY QRGFMVLWNQ KSILVSSNSG QIVEHVRLID QKIFTDLDVE HANINIYSVA SNAYELAFLV AEDHLYYGSQ SYM GTYVIK LPHQPLWSTH TSIYFEDIGI LQVLTPVADP HFAAYDFDKC TVNVQSSLMD EKLALQPCNV ELLESTMINT MFTI DMNSK LKLSALMIPR KGENPTPLVM VSNPHALGFK ANLNEFGNTF DGNSKYKLDI ELKQQHHWGN SDFNFTASIK RHAIS SVTV DIADKTLSCV DLKPLSTLIS VGCDMTKKIV VQNKISACTM GILNPVQLQK NYTYTIEKEA YDPINHNGEA QDDLIV FYE YKDLGCPRLV YYDKPWKPVV ELWKNGIVEE IMNAEYVISE INGLVTYSYS LTAATANCRS QPQNWSTFES DIENEEP FL WNRENYVSCH EDNKDNPLLW PNVEYQVLGG QTNNKIIFGQ RNGIYTFHLS VVDPYYSYCN LNTIFSVYVH GALPVTKF Q PLLTILLMVT TTLLTAWLAY AIPKQLRSEK GQRLLGFCYQ ILQLCLGVCF CTWLRGKLRQ WLRPRRVKDQ NRGKVRVAQ KHPET

+
分子 #8: Cation channel sperm-associated protein subunit epsilon

分子名称: Cation channel sperm-associated protein subunit epsilon
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 113.913453 KDa
配列文字列: MPSAGQRKPG SLLALQALQK WLLRGGVGAM LARQVVAALL LWLSCCVSAL WRYYINSQDY SIFSTRSSIK LEYEGNSFVS WKIPESCKV ENTTSPKTTL HCKRAGIHTI KPIAGNQEVE RHLTVDNSYI CYLWYFTVVD VYYNLSQIVT IWVYDPESAS T EELIWTAK ...文字列:
MPSAGQRKPG SLLALQALQK WLLRGGVGAM LARQVVAALL LWLSCCVSAL WRYYINSQDY SIFSTRSSIK LEYEGNSFVS WKIPESCKV ENTTSPKTTL HCKRAGIHTI KPIAGNQEVE RHLTVDNSYI CYLWYFTVVD VYYNLSQIVT IWVYDPESAS T EELIWTAK KPSLSSRVLT KQMNTLGQRP FIFTVEKRLT YHPGPLTSEG TWVIHLPMSS DDIAKVIRGN KVAFQDCFIA NL YFMLTYP MTIISEPPGY EPLTVPPGSP LMLSWDTCIS TFALLATDQE TFQTNDSFQT WTRVRAPPGI LSDAQRHSLR DVI IFDQGT LFLVDGTVYL RTEDEFTKLD ESRGISETGI LGFSKRRWCQ IRYLYKLASK KSILIAWSKT TVYAGYATFR FVTL TDTAK LKDFLKLPQT DTLEVMSVEY LWHPLEAAVL LSHCSVCTTN TRNIRIVIYS AIFQTWTLQD FELQLPKEAI LEFRF LYSA MPDIIMWDQH HVYYSYKNFT VVGTISTPSG ETNLSSLSQG SKIHQVLTDR IGNVVVKMEN NVMFYIKADI TEAVIL HTW VNTTAKTVVL FDKSFEVCIL YYNENLDEKY QLQTQPYPLI LELQSINKDL GDWCPYLAFQ HNIHSQFYHM DKGESLT IW SQIVYPENRG LYIVVEHYGS SVMTWTQNLE YEIASGFCTK TMITRFFQTT NYELVDNYYQ LQKENTGLML LQFRPSEF S RTCLTAKPVF EIDVGCDSSK YIMVRGFNKS RCQRRDFSYV IDKELLRESL SDNLKVRYDV AKYGCPLTLE LGQMFQPIV ELYDENGFIK IVDANFILWE IHGRNDYTFN STMEQNGCIN EAQTWDSMIE ENPDIPLDDV WGPQNYRPCF SYAIGKPGDL GQPYEILNY SNKNHIKWPM TYAGMYVYRL KILDPNYSFC NLTTIFAIES LGMIPRSSVY LVAALIFVLM LTFISILVLS Y FWYLKIYR QFIIEPLHKR PAKQKKN

+
分子 #9: Kazal-like domain-containing protein

分子名称: Kazal-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 79.055258 KDa
配列文字列: MAHVRNKKSD DKKAMVVAKE DTNKSESEGV TKLQTYLKTI PIAKKKFAKL PKRKKSPTSA ELLLIDPRYS ASKEGPLGLG PIVLPFVQR FNNIDGFMTL YVAAVLIHGA LFAVVDMTLN IYQVQFSLTR TEWYLMDFSD YIASFVVAII IAHFGSKGNR T RWIAASCI ...文字列:
MAHVRNKKSD DKKAMVVAKE DTNKSESEGV TKLQTYLKTI PIAKKKFAKL PKRKKSPTSA ELLLIDPRYS ASKEGPLGLG PIVLPFVQR FNNIDGFMTL YVAAVLIHGA LFAVVDMTLN IYQVQFSLTR TEWYLMDFSD YIASFVVAII IAHFGSKGNR T RWIAASCI LMGLESMLFA FPFFTYEIII PGRQSIELCM EENEKRNIIC GNSVPNRSKC IYFHIGGQCI HGIAGMPIYI LG ITFIFDH IPTSSCGFYL AIGHSAYLIG YLLGMVGGLQ NFQPPPKEKT VEIEPAKVYQ LLQSGWWKTF LIIAAISFCV SFM MVCFPT SLPGAHKLRL AKRKEPPTID RRLKDMKIQP HLKGFLHNIW HILKNPLMLT QAICKVSEYL TFNTSLYFLP HHLQ TQFLI TPGIASLLTG AFVLPGGIIG HFLGGLIVDR LEMTNKNKLK FTLVTTVVSV GLFLLIFFVE CQTTTFAGIN EDYDG YGQL GNLTADCNEY CDCTTSLYTS ICGRDEKEYF SPCFAGCKAT KVSQTEKTYY NCSCIKEGLA ASDDEGQFID AIAGTC DSD CLKLPLFFAF YFSATVFSNM CSIPVISIIL QSVPANFTSL SLGVTYAIVK FVASVPAPLL FRLSSAIACI YWDNNRC GG KERCWIYNKN ILVYEFMGIW MSSQLIIVLL NIYAIQIHDV VVHGEITESK TTVKDVKEQK ERKA

+
分子 #10: Transmembrane protein 249

分子名称: Transmembrane protein 249 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 19.918379 KDa
配列文字列:
MLFIICLVFI SCNVLREVKY QETWCFPAYG MVIGLWLMLS SIPQRRLVLN HTRGMYHFSI QGRTVCQGPM HLVYVRLALS SDAYGGRFF QLVLCGHKLE PLVLVQLSER YEQMEFLGRH LARKLNINYF DYLASSYRHV VRHWPLGASF SPGIVQRKTQ V YTKSSVND LDV

+
分子 #11: Transmembrane protein 262

分子名称: Transmembrane protein 262 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 13.489028 KDa
配列文字列:
MRWRDRIAVL CFPPGLMLTV AALILFFIHM GVFASDVHNF CVIHNYDHMS FRYTVVLIFS QVISIGWAAM GSLYAEMTGD KFLRCFALT ILILNGAMFF NRLCLEFLAI NYREERH

+
分子 #12: Unknown

分子名称: Unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 2.400951 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #13: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9

分子名称: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 26.170482 KDa
配列文字列: MKLTPGCFLW YLYMDKIYCL LSLRNVKALM VYFHLLDVHH RNTLNDVLFF HFLQHVTNLN KSQIGMIFDL LDWTAVGEIG FDQFYVLIC ILLAHQDHLE DHFMYRHSRP VFELLDLDGE MNIGAANFQN YRFLFNIKKQ ELRDLFHDFD ITGDRLLNYK E FKLYTIFC ...文字列:
MKLTPGCFLW YLYMDKIYCL LSLRNVKALM VYFHLLDVHH RNTLNDVLFF HFLQHVTNLN KSQIGMIFDL LDWTAVGEIG FDQFYVLIC ILLAHQDHLE DHFMYRHSRP VFELLDLDGE MNIGAANFQN YRFLFNIKKQ ELRDLFHDFD ITGDRLLNYK E FKLYTIFC TDKSIDRKKR RKDREAARER EKEKGKDKEK YLHLKKIYSS MLSHRSIL

+
分子 #14: Cation channel sperm-associated protein subunit zeta

分子名称: Cation channel sperm-associated protein subunit zeta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 22.776598 KDa
配列文字列: MEESVKPVPK HANHRRSSVR SSLYGDVRDL WSTATMSTAN VSVSDVCEDF DEEGKSVRNR IRKYSQTISI RDSLNLEPEE IQQQARREL ELCHGRSLEH GEDHEESETS LASSTSESLI FSLWKPHRTY WTEQQNRLPL PLMELMETEV LDILKKALIT Y RSTIGRNH ...文字列:
MEESVKPVPK HANHRRSSVR SSLYGDVRDL WSTATMSTAN VSVSDVCEDF DEEGKSVRNR IRKYSQTISI RDSLNLEPEE IQQQARREL ELCHGRSLEH GEDHEESETS LASSTSESLI FSLWKPHRTY WTEQQNRLPL PLMELMETEV LDILKKALIT Y RSTIGRNH FMTKELQGYI EGIRKRRNKR LYFLDQ

+
分子 #20: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #21: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

+
分子 #22: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 8 s before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.0)
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 560730

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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