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- EMDB-31038: Intact Ypt32-TRAPPII (dimer). -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31038
タイトルIntact Ypt32-TRAPPII (dimer).
マップデータ
試料
  • 複合体: Intact Ypt32-TRAPPII (dimer).
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
キーワードComplex / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Anchoring of the basal body to the plasma membrane / beta-glucan biosynthetic process / RAB geranylgeranylation / TRAPPI protein complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPII-mediated vesicle transport ...Anchoring of the basal body to the plasma membrane / beta-glucan biosynthetic process / RAB geranylgeranylation / TRAPPI protein complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPII-mediated vesicle transport / cis-Golgi network membrane / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / intra-Golgi vesicle-mediated transport / protein localization to phagophore assembly site / cellular bud neck / cis-Golgi network / protein-containing complex localization / phagophore assembly site / retrograde transport, endosome to Golgi / エキソサイトーシス / positive regulation of macroautophagy / chromosome organization / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / オートファジー / ゴルジ体 / cell wall organization / recycling endosome / オートファジー / protein transport / protein-containing complex assembly / mitochondrial outer membrane / エンドソーム / エンドソーム / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / 小胞体 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
TRAPP II complex, Trs120 / TRAPP II complex TRAPPC10, C-terminal / Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65 / Trafficking protein particle complex subunit TRAPPC10/Trs130 / Transport protein Trs120 or TRAPPC9, TRAPP II complex subunit / Trafficking protein particle complex subunit 10, TRAPPC10 / TRAPP trafficking subunit Trs65 / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / Trafficking protein particle complex subunit ...TRAPP II complex, Trs120 / TRAPP II complex TRAPPC10, C-terminal / Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65 / Trafficking protein particle complex subunit TRAPPC10/Trs130 / Transport protein Trs120 or TRAPPC9, TRAPP II complex subunit / Trafficking protein particle complex subunit 10, TRAPPC10 / TRAPP trafficking subunit Trs65 / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / Trafficking protein particle complex subunit / Sybindin-like family / Sybindin-like family / TRAPP I complex, subunit 5 / TRAPP complex, Trs33 subunit / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Longin-like domain superfamily / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TRAPP-associated protein TCA17 / Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65 / Trafficking protein particle complex subunit BET3 / Trafficking protein particle complex subunit 20 / GTP-binding protein YPT32/YPT11 / Trafficking protein particle complex subunit 31 / Trafficking protein particle complex subunit BET5 / Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130 / Trafficking protein particle complex subunit 23 / Trafficking protein particle complex II-specific subunit 120 / Trafficking protein particle complex subunit 33
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.31 Å
データ登録者Mi CC / Sui SF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for assembly of TRAPPII complex and specific activation of GTPase Ypt31/32.
著者: Chenchen Mi / Li Zhang / Guoqiang Huang / Guangcan Shao / Fan Yang / Xin You / Meng-Qiu Dong / Shan Sun / Sen-Fang Sui /
要旨: Transport protein particle (TRAPP) complexes belong to the multiprotein tethering complex and exist in three forms-core TRAPP/TRAPPI, TRAPPII, and TRAPPIII. TRAPPII activates GTPase Ypt31/Ypt32 as ...Transport protein particle (TRAPP) complexes belong to the multiprotein tethering complex and exist in three forms-core TRAPP/TRAPPI, TRAPPII, and TRAPPIII. TRAPPII activates GTPase Ypt31/Ypt32 as the guanine nucleotide exchange factor in the trans-Golgi network to determine the maturation of Golgi cisternae into post-Golgi carriers in yeast. Here, we present cryo-EM structures of yeast TRAPPII in apo and Ypt32-bound states. All the structures show a dimeric architecture assembled by two triangle-shaped monomers, while the monomer in the apo state exhibits both open and closed conformations, and the monomer in the Ypt32-bound form only captures the closed conformation. Located in the interior of the monomer, Ypt32 binds with both core TRAPP/TRAPPI and Trs120 via its nucleotide-binding domain and binds with Trs31 via its hypervariable domain. Combined with functional analysis, the structures provide insights into the assembly of TRAPPII and the mechanism of the specific activation of Ypt31/Ypt32 by TRAPPII.
履歴
登録2021年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月9日-
マップ公開2022年2月9日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-7ea3
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  • 原子モデルPDB-7ea3
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31038.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31038.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8697 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.008 / ムービー #1: 0.008
最小 - 最大-0.012786428 - 0.035643063
平均 (標準偏差)0.00008637608 (±0.00089939625)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 521.82 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.86970.86970.8697
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z521.820521.820521.820
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start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0130.0360.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Intact Ypt32-TRAPPII (dimer).

全体名称: Intact Ypt32-TRAPPII (dimer).
要素
  • 複合体: Intact Ypt32-TRAPPII (dimer).
    • タンパク質・ペプチド: TRAPP-associated protein TCA17
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit 33
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit BET3
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit BET5
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit 23
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit 31
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit 20
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 120
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein YPT32/YPT11

+
超分子 #1: Intact Ypt32-TRAPPII (dimer).

超分子名称: Intact Ypt32-TRAPPII (dimer). / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: TRAPP-associated protein TCA17

分子名称: TRAPP-associated protein TCA17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 17.371008 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSLRPCFVSL IDESDKPILI YVPNEAENEM NDVLKYNVLS NISLDYFESA LVEWHSLDSK PLLKSIFQLE GVSVFAMLIK QTGLKIVIG FEQKSLSGAD DEFEAINQIF ETVRKIYIRV KCNPLLVSGD EKSIIKSLER KFDELFISTE VEL

UniProtKB: TRAPP-associated protein TCA17

+
分子 #2: Trafficking protein particle complex subunit 33

分子名称: Trafficking protein particle complex subunit 33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 30.786176 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSTHSNNVG HPQSSPQGPL TEQQRAQQQY QIFENSLPKV SQSVYQMLLN EMVPLAMGIE RQISGDVISS DSNVTSENGN INNMIKRLK IEEHHTVDII RSHNLIHELY KADEEEKEKV LARLRNIGFQ IGLKLSELLI FSNNPNLKFK EMDLLLIMKF I CRDVWKQI ...文字列:
MSSTHSNNVG HPQSSPQGPL TEQQRAQQQY QIFENSLPKV SQSVYQMLLN EMVPLAMGIE RQISGDVISS DSNVTSENGN INNMIKRLK IEEHHTVDII RSHNLIHELY KADEEEKEKV LARLRNIGFQ IGLKLSELLI FSNNPNLKFK EMDLLLIMKF I CRDVWKQI FGKQIDNLKT NHRGTFYLLD YDYRPIQSFS LEEDAKNEEL KMIEPFLEIP VGIIRGVLSS LGYSSEEVIC LA SFIDRPT DRPKTAFPKG VSFHVQVTMP Q

UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit 33

+
分子 #3: Trafficking protein particle complex subunit BET3

分子名称: Trafficking protein particle complex subunit BET3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.152445 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVSTTQSRSL KAMGEEIWKN KTEKINTELF TLTYGSIVAQ LCQDYERDFN KVNDHLYSMG YNIGCRLIED FLARTALPRC ENLVKTSEV LSKCAFKIFL NITPNITNWS HNKDTFSLIL DENPLADFVE LPMDAMKSLW YSNILCGVLK GSLEMVQLDC D VWFVSDIL ...文字列:
MVSTTQSRSL KAMGEEIWKN KTEKINTELF TLTYGSIVAQ LCQDYERDFN KVNDHLYSMG YNIGCRLIED FLARTALPRC ENLVKTSEV LSKCAFKIFL NITPNITNWS HNKDTFSLIL DENPLADFVE LPMDAMKSLW YSNILCGVLK GSLEMVQLDC D VWFVSDIL RGDSQTEIKV KLNRILKDEI PIGED

UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit BET3

+
分子 #4: Trafficking protein particle complex subunit BET5

分子名称: Trafficking protein particle complex subunit BET5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 17.981381 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MGIYSFWIFD RHCNCIFDRE WTLASNSASK QNEEDAKLLY GMIFSLRSIT QKLSKGSVKN DIRSISTGKY RVHTYCTASG LWFVLLSDF KQQSYTQVLQ YIYSHIYVKY VSNNLLSPYD FAENENEMRG QGTRKITNRN FISVLESFLA PMVNQ

UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit BET5

+
分子 #5: Trafficking protein particle complex subunit 23

分子名称: Trafficking protein particle complex subunit 23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 24.889262 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAIETILVIN KSGGLIYQRN FTNDEQKLNS NEYLILASTL HGVFAIASQL TPKALQLTQQ TNIENTIPYI PYVGMSSNRS DTRNGGGNN NKHTNNEKLG SFKGDDFFKE PFTNWNKSGL RQLCTDQFTM FIYQTLTGLK FVAISSSVMP QRQPTIATTD K PDRPKSTS ...文字列:
MAIETILVIN KSGGLIYQRN FTNDEQKLNS NEYLILASTL HGVFAIASQL TPKALQLTQQ TNIENTIPYI PYVGMSSNRS DTRNGGGNN NKHTNNEKLG SFKGDDFFKE PFTNWNKSGL RQLCTDQFTM FIYQTLTGLK FVAISSSVMP QRQPTIATTD K PDRPKSTS NLAIQIADNF LRKVYCLYSD YVMKDPSYSM EMPIRSNLFD EKVKKMVENL Q

UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit 23

+
分子 #6: Trafficking protein particle complex subunit 31

分子名称: Trafficking protein particle complex subunit 31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 31.743639 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSQRIIQPSA SDQQFPGKSD GYEYTVGPKQ AITSEASTTY IPSRIYSESL LFKRQEASLS AMAFLFQEMI SQLHRTCKTA GDFETKLSD YGHNIGIRLL ELLNFRASSS PSSLPRASAF LSQNESSSKL SNASNSPGML ANSSTATSAS ANERLQEKQT E SLSNYITK ...文字列:
MSQRIIQPSA SDQQFPGKSD GYEYTVGPKQ AITSEASTTY IPSRIYSESL LFKRQEASLS AMAFLFQEMI SQLHRTCKTA GDFETKLSD YGHNIGIRLL ELLNFRASSS PSSLPRASAF LSQNESSSKL SNASNSPGML ANSSTATSAS ANERLQEKQT E SLSNYITK MRRRDLKILD ILQFIHGTLW SYLFNHVSDD LVKSSERDNE YMIVDNFPTL TQFIPGENVS CEYFVCGIIK GF LFNAGFP CGVTAHRMPQ GGHSQRTVYL IQFDRQVLDR EGLRFG

UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit 31

+
分子 #7: Trafficking protein particle complex subunit 20

分子名称: Trafficking protein particle complex subunit 20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 19.721154 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MPQYFAIIGK KDNPVYEIEF TNAENPQGFP QDLKELNPFI LHASLDIVED LQWQINPTSQ LNGNGGNGSN GGGGFLRSRA VNNTDNCYL GKVDHFYGLA ITAYISYSGM KFVMIHGNSA NSSVVIDDNN MRSFYQEVHE LYVKTLMNPF YKITDPIRSP A FDSRVRTL ARKHLSK

UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit 20

+
分子 #8: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130

分子名称: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 128.225062 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDKEIYCGSV PVSYFDPFDL FESLRPEFQQ ILPLDNIHWK AFDGTVRTVN RLPIELIPEG RGEADKSNDE QPFIRFLIVN CISIDQYRA KVRPLVRQWL PNLESVSSST GEKMIYKPII LLYANSEVVD SNLFKSVSLM EKFGKDFPHV QTLEVRSVYR S PKERQEFW ...文字列:
MDKEIYCGSV PVSYFDPFDL FESLRPEFQQ ILPLDNIHWK AFDGTVRTVN RLPIELIPEG RGEADKSNDE QPFIRFLIVN CISIDQYRA KVRPLVRQWL PNLESVSSST GEKMIYKPII LLYANSEVVD SNLFKSVSLM EKFGKDFPHV QTLEVRSVYR S PKERQEFW NQFSQKIKAS VLSIFQKRLT HLQHSLANLQ KGNNFEEQLL TREKLYELYV VFNILEDASL ELQKIKKEIL RR NMNMPDG KLQVPFESSS KSDESLGSII IEGTLDKFQL HKYFFIRRLR LLKLEDQTLT AFVGAFQLIK NFIESISIEY RKS VRLLEF KHYFITSMLS YFEFENVSNP LLCEIKAELL MLKRDNWVQG VMATSGYRLM DKNYPNSDVK YKFDLLKETF VDET VFQEN FLTLTKEILS LFNKCEGKRQ RIVDILSIEI GLLYYQGKKY EEAVSLFLSC YEYYTQTNKN SIGLKILQVF IDSLS HCPK LDVLQIDGES VSASAVLTNA FLNILKLCKD NDSKEIWWKK FMDLQMKNNI HLMYPLDGLF EVTLNSKVHL ARANVS AIE VNLKSYGFPE DISTKTMRLS LKNMGGDVIV FGASDFLLKK GENKLILECR DIMYGEFSLL SFEIIVEGIT FVKEFPE NQ DEFIVVPEIY CKESTKVLVK QAHNLNLGEY ALELKSVQSD ALESLQVEVE VQKNIGNMKN LPVSFSMDEI QARKRYNT P FENVRLEYYL LDQITAFDLI IKTSFTKKND QGTFGETKKV RIQCYLQLSV SVEDIFKKDI FFFKFLLNSS VREEPVILY SSELSAPDTR NDYNIRGDYI ATTPALITFD GNESFINCYE ITANNNFDSK DIFNLKVRYN TLKEQLDCFI TDAVLIEGDV EWFILFEKW KTFWELEILK KLKYDYDAFK ENRIIRLLKT SIDLNKTKSK IRNLCIEKAV LDKILICLNK VSRGIAVCNT D MDEYVRNL VPKQLTVPVQ LPGFEQFFHV QFEQMETSHD ALHDTIATIG NSLSYTVIVE NLSGQWGQDV IDDGGYIFEI LS SNEWLIH GQKRCAIKEK RKEFEVHLIP LKKGYLNFPR VEITNINGKS CRVDHSNAFE SILIF

UniProtKB: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130

+
分子 #9: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 120

分子名称: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 120
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 147.807281 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNILKHFPSY VGPSKIRTLV IPIGHWTRKE FNNAVQKLSE FNEIHLSDVT PIDSPIFTPQ GFPHGKLFFD FLTIDHDDAL ELFLYDFEP FRKTFVIIGL VNDYSDPLTN LNFMKEKYPT LISPNLVYAS STPTKELEQT IDTMENVFAS SPDMQKNIET I MCDIARNF ...文字列:
MNILKHFPSY VGPSKIRTLV IPIGHWTRKE FNNAVQKLSE FNEIHLSDVT PIDSPIFTPQ GFPHGKLFFD FLTIDHDDAL ELFLYDFEP FRKTFVIIGL VNDYSDPLTN LNFMKEKYPT LISPNLVYAS STPTKELEQT IDTMENVFAS SPDMQKNIET I MCDIARNF LTALNSYYSS YKHVTLRSPG AIGGNAVLKT TLIRQNSYTS SSSSTPMSAV QSSVSSSSKA GSVTTASKRL SS FEMTTNS LKRSASLKLA TTLSTSENRS QQKSLGRQMK ILGNFQLLAG RYVDALNSFV DAITTLYKVR DYLWLGSALD GIS ICFLLL SYLGLSYQIP QIVSLICPVE KLNFESSSTG ISPVDSNSKA TASTTASSTP RNSISIAAMQ SPRNSIMSLS APAL NIDVE NINLPLLIKC ISDKVLYYYD LSLMHNSEYA PQVVYCEFLL KTLTFMTSCY KSSEFSKDVL DNIVKNQHRA LSDIP NSPM FPRFEVYFYS NKLFELQLKE MQVEAQIKIY STMAEVYRLL GYKRKQLFVL RLLMVALLAT PNKIAWHPDY RTLIDT IIE LLNINESEAK INVDDPSQST WLILQKKILQ LCIKVSRKIN DFEYVAKFSS ILITKYTHLL NQSEQDALFK EYIQPSI TN ESITSYWDPF ILREVVINRI LDSDPTSNEI PLESDVSSLE SLENRQKTQD INPQEVFNPF KRVQPTSFVS NNSTKVPI L VFLVGDKAEF TCRVQNPFKF DFTINDIQLD EEISEFCEID RKAVSYSGPY NVKAESIRSI TLPLIIKKPT YKKIYEISC LKISILKLPL QKFDIINDSR RSNPVEEEAE YSKCIYGKLK IKILPEQPQL ELLSTSKMTR NSWMMLDGTK TDFHITVRNK SLSCAINHI KIIPMNNIEQ MLKPDYWKKM PPDDLYIMEK QLDWLSKSCV RIIKLPTVIK PNETITFDLE LDNTAVPFNF T GFDLLIEY GMSATDESCI YLKKLSIPYE VTLRRTIEVP SMDIIPLNEL FSSQVENVDW IEYVMSKIRA ESNLHSRDFI LL LLDFRNS WIDGIKLNVQ FEDFTSNEYH VEASHTSRII VPIKKIDYKK YNFENTPIPR IFPGRQFIQS GLNEEQTIEM RQK FWCREH IISKLKCNWK LTTDQSVTGS VDFNKFIEKF DHKMVYTIYP GRLFYGVQLL LDEPKVKVGE IINLKIITEP TSTC RRKQN STVNFLDIVI FDSKTSKILP RSNRRILYNG SLTKPISTTK VSEINLEIIP IEKGRYEFSV CISKSNNQDG IIQFD SENV ILSVI

UniProtKB: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 120

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分子 #10: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65

分子名称: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 63.434473 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MECFVPLRCD LDGSNIEQLR QSHLSRKFII FDEQLNLWLW FQGNSQENKR FVLQNMIILI NEAQVTRTST IDDYFTQVEN NENLWRLKN DCCSKILFKS NVVMNNGYNN QIKFVFEYKS VDANFNNQDS LQDPQAKYTL DKYSSEEILP SFEPVYSWSS A ATKSSKNT ...文字列:
MECFVPLRCD LDGSNIEQLR QSHLSRKFII FDEQLNLWLW FQGNSQENKR FVLQNMIILI NEAQVTRTST IDDYFTQVEN NENLWRLKN DCCSKILFKS NVVMNNGYNN QIKFVFEYKS VDANFNNQDS LQDPQAKYTL DKYSSEEILP SFEPVYSWSS A ATKSSKNT NNHLEKNNRA THRVSSKNSE VHEADVSRNP NTFTLKLQYP IFSLLNMRLR NISLKSEHCI LSSLDFQTSK AS EQLTKKF IYPQEHNSFL KLNFQEISYK LIDGTSQIEL DPICPLKVPL TAFSYDSISA TFKLVLLPKS TQPHRVKITL AYE LELHPN LKLPVRTSWE TEVTLKRSMP ISSTSSQYSS NNNNTNHSAS FNGAANNVNS GGLANLRLGG VSSSRFSLGA ASTT SLVNS KLSNVKFKFI NSNIKVIKGE KFTMRLQIIN SSSSPLDLVV YYNNTINPIP SANNVRNSNG INNCGMNNGT IPNSP LTLE NQYQLHNKYR KIAEGIILLS NDYKIPVVPP RETYFADLRF IGIMSGYYGT LSGLKVLDLN TNELIEVGNG ASVLIQ

UniProtKB: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65

+
分子 #11: GTP-binding protein YPT32/YPT11

分子名称: GTP-binding protein YPT32/YPT11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 24.548402 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSNEDYGYDY DYLFKIVLIG DSGVGKSNLL SRFTTDEFNI ESKSTIGVEF ATRTIEVENK KIKAQIWDTA GQERYRAITS AYYRGAVGA LIVYDISKSS SYENCNHWLT ELRENADDNV AVGLIGNKSD LAHLRAVPTD EAKNFAMENQ MLFTETSALN S DNVDKAFR ...文字列:
MSNEDYGYDY DYLFKIVLIG DSGVGKSNLL SRFTTDEFNI ESKSTIGVEF ATRTIEVENK KIKAQIWDTA GQERYRAITS AYYRGAVGA LIVYDISKSS SYENCNHWLT ELRENADDNV AVGLIGNKSD LAHLRAVPTD EAKNFAMENQ MLFTETSALN S DNVDKAFR ELIVAIFQMV SKHQVDLSGS GTNNMGSNGA PKGPTISLTP APKEDKKKKS SNCC

UniProtKB: GTP-binding protein YPT32/YPT11

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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