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万見
- EMDB-31014: SARS-CoV-2 S-6P in complex with 9 Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31014
タイトルSARS-CoV-2 S-6P in complex with 9 Fabs
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 S-6P in complex with 9 Fabs
    • 複合体: SARS-CoV-2 S
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: 604 H, 604 L, N9 H, 368-2 L, 368-2 H, N9 L
      • タンパク質・ペプチド: 604 H
      • タンパク質・ペプチド: 604 L
      • タンパク質・ペプチド: N9 H
      • タンパク質・ペプチド: 368-2 L
      • タンパク質・ペプチド: 368-2 H
      • タンパク質・ペプチド: N9 L
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Du S / Xiao J / Zhang Z
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Humoral immune response to circulating SARS-CoV-2 variants elicited by inactivated and RBD-subunit vaccines.
著者: Yunlong Cao / Ayijiang Yisimayi / Yali Bai / Weijin Huang / Xiaofeng Li / Zhiying Zhang / Tianjiao Yuan / Ran An / Jing Wang / Tianhe Xiao / Shuo Du / Wenping Ma / Liyang Song / Yongzheng Li ...著者: Yunlong Cao / Ayijiang Yisimayi / Yali Bai / Weijin Huang / Xiaofeng Li / Zhiying Zhang / Tianjiao Yuan / Ran An / Jing Wang / Tianhe Xiao / Shuo Du / Wenping Ma / Liyang Song / Yongzheng Li / Xiang Li / Weiliang Song / Jiajing Wu / Shuo Liu / Xuemei Li / Yonghong Zhang / Bin Su / Xianghua Guo / Yangyang Wei / Chuanping Gao / Nana Zhang / Yifei Zhang / Yang Dou / Xiaoyu Xu / Rui Shi / Bai Lu / Ronghua Jin / Yingmin Ma / Chengfeng Qin / Youchun Wang / Yingmei Feng / Junyu Xiao / Xiaoliang Sunney Xie /
要旨: SARS-CoV-2 variants could induce immune escape by mutations on the receptor-binding domain (RBD) and N-terminal domain (NTD). Here we report the humoral immune response to circulating SARS-CoV-2 ...SARS-CoV-2 variants could induce immune escape by mutations on the receptor-binding domain (RBD) and N-terminal domain (NTD). Here we report the humoral immune response to circulating SARS-CoV-2 variants, such as 501Y.V2 (B.1.351), of the plasma and neutralizing antibodies (NAbs) elicited by CoronaVac (inactivated vaccine), ZF2001 (RBD-subunit vaccine) and natural infection. Among 86 potent NAbs identified by high-throughput single-cell VDJ sequencing of peripheral blood mononuclear cells from vaccinees and convalescents, near half anti-RBD NAbs showed major neutralization reductions against the K417N/E484K/N501Y mutation combination, with E484K being the dominant cause. VH3-53/VH3-66 recurrent antibodies respond differently to RBD variants, and K417N compromises the majority of neutralizing activity through reduced polar contacts with complementarity determining regions. In contrast, the 242-244 deletion (242-244Δ) would abolish most neutralization activity of anti-NTD NAbs by interrupting the conformation of NTD antigenic supersite, indicating a much less diversity of anti-NTD NAbs than anti-RBD NAbs. Plasma of convalescents and CoronaVac vaccinees displayed comparable neutralization reductions against pseudo- and authentic 501Y.V2 variants, mainly caused by E484K/N501Y and 242-244Δ, with the effects being additive. Importantly, RBD-subunit vaccinees exhibit markedly higher tolerance to 501Y.V2 than convalescents, since the elicited anti-RBD NAbs display a high diversity and are unaffected by NTD mutations. Moreover, an extended gap between the third and second doses of ZF2001 leads to better neutralizing activity and tolerance to 501Y.V2 than the standard three-dose administration. Together, these results suggest that the deployment of RBD-vaccines, through a third-dose boost, may be ideal for combating SARS-CoV-2 variants when necessary, especially for those carrying mutations that disrupt the NTD supersite.
履歴
登録2021年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月9日-
マップ公開2021年6月9日-
更新2021年7月14日-
現状2021年7月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0234
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0234
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7e8c
  • 表面レベル: 0.0234
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31014.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31014.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.052 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0204 / ムービー #1: 0.0234
最小 - 最大-0.07825016 - 0.18062654
平均 (標準偏差)0.00030811797 (±0.0028995133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 420.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0521.0521.052
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.800420.800420.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-288-288-288
NX/NY/NZ576576576
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0780.1810.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_31014_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_31014_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_31014_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 S-6P in complex with 9 Fabs

全体名称: SARS-CoV-2 S-6P in complex with 9 Fabs
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 S-6P in complex with 9 Fabs
    • 複合体: SARS-CoV-2 S
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: 604 H, 604 L, N9 H, 368-2 L, 368-2 H, N9 L
      • タンパク質・ペプチド: 604 H
      • タンパク質・ペプチド: 604 L
      • タンパク質・ペプチド: N9 H
      • タンパク質・ペプチド: 368-2 L
      • タンパク質・ペプチド: 368-2 H
      • タンパク質・ペプチド: N9 L

+
超分子 #1: SARS-CoV-2 S-6P in complex with 9 Fabs

超分子名称: SARS-CoV-2 S-6P in complex with 9 Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

+
超分子 #2: SARS-CoV-2 S

超分子名称: SARS-CoV-2 S / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

+
超分子 #3: 604 H, 604 L, N9 H, 368-2 L, 368-2 H, N9 L

超分子名称: 604 H, 604 L, N9 H, 368-2 L, 368-2 H, N9 L / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#7

+
分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 142.468453 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGPALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHE HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK

+
分子 #2: 604 H

分子名称: 604 H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.238121 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASGIIVS SNYMTWVRQA PGKGLEWVSV IYSGGSTFYA DSVKGRFTIS RDKSKNTLYL QMSSLRAED TAVYYCARDL GPYGMDVWGQ GTTVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH ...文字列:
EVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASGIIVS SNYMTWVRQA PGKGLEWVSV IYSGGSTFYA DSVKGRFTIS RDKSKNTLYL QMSSLRAED TAVYYCARDL GPYGMDVWGQ GTTVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCD

+
分子 #3: 604 L

分子名称: 604 L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.290756 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQLTQSPSF LSASVGDRVT ITCRASQGIS SDLAWYQQKP GKAPNLLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLNSDLYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQLTQSPSF LSASVGDRVT ITCRASQGIS SDLAWYQQKP GKAPNLLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLNSDLYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

+
分子 #4: N9 H

分子名称: N9 H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.300135 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASEFTFS SYSMNWVRQA PGKGLEWVSS ISSSGSQIYY ADSVKGRFTI SRDNAKKSLY LQMNSLRVE DTAVYYCATN GGAHSSTWSF YGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASEFTFS SYSMNWVRQA PGKGLEWVSS ISSSGSQIYY ADSVKGRFTI SRDNAKKSLY LQMNSLRVE DTAVYYCATN GGAHSSTWSF YGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC DK

+
分子 #5: 368-2 L

分子名称: 368-2 L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.901645 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGYLYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PGTFGQGTRL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGYLYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PGTFGQGTRL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

+
分子 #6: 368-2 H

分子名称: 368-2 H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.355225 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLLESGGG VVQPGGSLRL SCAASGFAFT TYAMNWVRQA PGRGLEWVSA ISDGGGSAYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKT RGRGLYDYVW GSKDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
EVQLLESGGG VVQPGGSLRL SCAASGFAFT TYAMNWVRQA PGRGLEWVSA ISDGGGSAYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKT RGRGLYDYVW GSKDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC DK

+
分子 #7: N9 L

分子名称: N9 L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.525889 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYELTQPPSV SVSPGQTATI TCSGDKLGDK YACWYQQRPG QSPVLVIYQD SKRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTIGGTQAM DEAAYFCQA WDSNTGVFGG GTKLTVLSQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS ...文字列:
SYELTQPPSV SVSPGQTATI TCSGDKLGDK YACWYQQRPG QSPVLVIYQD SKRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTIGGTQAM DEAAYFCQA WDSNTGVFGG GTKLTVLSQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS NNKYAASSYL SLTPEQWKSH RSYSCQVTHE GSTVEKTVAP TECS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 63.27 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178557
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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