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- EMDB-30952: Structure of PfFNT in apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30952
タイトルStructure of PfFNT in apo state
マップデータ
試料
  • 複合体: Pentameric complex of FNT
    • タンパク質・ペプチド: Formate-nitrite transporter
  • リガンド: water
キーワードLactate / transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


high-affinity secondary active nitrite transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transport / nitrite transport / lactate:proton symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Formate and nitrite transporters signature 2. / Formate/nitrite transporter / Formate/nitrite transporter, conserved site / Formate/nitrite transporter / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Formate-nitrite transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Yan CY / Jiang X / Peng X / Wang N / Zhu A / Xu H / Li J
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of the Plasmodium falciparum lactate transporter PfFNT alone and in complex with antimalarial compound MMV007839 reveals its inhibition mechanism.
著者: Xi Peng / Nan Wang / Angqi Zhu / Hanwen Xu / Jialu Li / Yanxia Zhou / Chen Wang / Qingjie Xiao / Li Guo / Fei Liu / Zhi-Jun Jia / Huaichuan Duan / Jianping Hu / Weidan Yuan / Jia Geng / ...著者: Xi Peng / Nan Wang / Angqi Zhu / Hanwen Xu / Jialu Li / Yanxia Zhou / Chen Wang / Qingjie Xiao / Li Guo / Fei Liu / Zhi-Jun Jia / Huaichuan Duan / Jianping Hu / Weidan Yuan / Jia Geng / Chuangye Yan / Xin Jiang / Dong Deng /
要旨: Plasmodium falciparum, the deadliest causal agent of malaria, caused more than half of the 229 million malaria cases worldwide in 2019. The emergence and spreading of frontline drug-resistant ...Plasmodium falciparum, the deadliest causal agent of malaria, caused more than half of the 229 million malaria cases worldwide in 2019. The emergence and spreading of frontline drug-resistant Plasmodium strains are challenging to overcome in the battle against malaria and raise urgent demands for novel antimalarial agents. The P. falciparum formate-nitrite transporter (PfFNT) is a potential drug target due to its housekeeping role in lactate efflux during the intraerythrocytic stage. Targeting PfFNT, MMV007839 was identified as a lead compound that kills parasites at submicromolar concentrations. Here, we present 2 cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) structures of PfFNT, one with the protein in its apo form and one with it in complex with MMV007839, both at 2.3 Å resolution. Benefiting from the high-resolution structures, our study provides the molecular basis for both the lactate transport of PfFNT and the inhibition mechanism of MMV007839, which facilitates further antimalarial drug design.
履歴
登録2021年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月18日-
マップ公開2021年8月18日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7e26
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30952.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 360 pix.
= 242.856 Å		0.67 Å/pix.
x 360 pix.
= 242.856 Å		0.67 Å/pix.
x 360 pix.
= 242.856 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6746 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.3622991 - 2.1964474
平均 (標準偏差)0.006371587 (±0.066059254)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 242.856 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.67460.67460.6746
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z242.856242.856242.856
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ500500500
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-1.3622.1960.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pentameric complex of FNT

全体名称: Pentameric complex of FNT
要素
  • 複合体: Pentameric complex of FNT
    • タンパク質・ペプチド: Formate-nitrite transporter
  • リガンド: water

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超分子 #1: Pentameric complex of FNT

超分子名称: Pentameric complex of FNT / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 170 KDa

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分子 #1: Formate-nitrite transporter

分子名称: Formate-nitrite transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: 3D7
分子量理論値: 34.492281 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPPNNSKYVL DPVSIKSVCG GEESYIRCVE YGKKKAHYSN LNLLAKAILA GMFVGLCAHA SGIAGGLFYY HKLREIVGAS MSVFVYGFT FPIAFMCIIC TGSDLFTGNT LAVTMALYEK KVKLLDYLRV MTISLFGNYV GAVSFAFFVS YLSGAFTNVH A VEKNHFFQ ...文字列:
MPPNNSKYVL DPVSIKSVCG GEESYIRCVE YGKKKAHYSN LNLLAKAILA GMFVGLCAHA SGIAGGLFYY HKLREIVGAS MSVFVYGFT FPIAFMCIIC TGSDLFTGNT LAVTMALYEK KVKLLDYLRV MTISLFGNYV GAVSFAFFVS YLSGAFTNVH A VEKNHFFQ FLNDIAEKKV HHTFVECVSL AVGCNIFVCL AVYFVLTLKD GAGYVFSVFF AVYAFAIAGY EHIIANIYTL NI ALMVNTK ITVYQAYIKN LLPTLLGNYI AGAIVLGLPL YFIYKEHYYN FERSKRDNND AQMKSLSIEL RN

UniProtKB: Formate-nitrite transporter

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 80 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 221350
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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