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- EMDB-30943: Cryo-EM structure of apo hybrid respiratory supercomplex consisti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30943
タイトルCryo-EM structure of apo hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium tuberculosis complexIII and Mycobacterium smegmatis complexIV
マップデータ
試料
  • 複合体: apo hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium tuberculosis complexIII and Mycobacterium smegmatis complexIV
    • 複合体: Mycobacterium tuberculosis complexIII
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: Mycobacterium smegmatis complexIV
      • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / : / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / peptidoglycan-based cell wall / electron transport chain ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / : / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / peptidoglycan-based cell wall / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / QcrA subunit, N-terminal / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III ...Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / QcrA subunit, N-terminal / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / cytochrome-c oxidase / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Uncharacterized protein / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Zhou S / Wang W / Gao Y / Gong H / Rao Z
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37030201 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020203 中国
Chinese Academy of Sciences2017YFC0840300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)813300237 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure of cytochrome in complex with Q203 and TB47, two anti-TB drug candidates.
著者: Shan Zhou / Weiwei Wang / Xiaoting Zhou / Yuying Zhang / Yuezheng Lai / Yanting Tang / Jinxu Xu / Dongmei Li / Jianping Lin / Xiaolin Yang / Ting Ran / Hongming Chen / Luke W Guddat / Quan ...著者: Shan Zhou / Weiwei Wang / Xiaoting Zhou / Yuying Zhang / Yuezheng Lai / Yanting Tang / Jinxu Xu / Dongmei Li / Jianping Lin / Xiaolin Yang / Ting Ran / Hongming Chen / Luke W Guddat / Quan Wang / Yan Gao / Zihe Rao / Hongri Gong /
要旨: Pathogenic mycobacteria pose a sustained threat to global human health. Recently, cytochrome complexes have gained interest as targets for antibiotic drug development. However, there is currently no ...Pathogenic mycobacteria pose a sustained threat to global human health. Recently, cytochrome complexes have gained interest as targets for antibiotic drug development. However, there is currently no structural information for the cytochrome complex from these pathogenic mycobacteria. Here, we report the structures of cytochrome alone (2.68 Å resolution) and in complex with clinical drug candidates Q203 (2.67 Å resolution) and TB47 (2.93 Å resolution) determined by single-particle cryo-electron microscopy. cytochrome forms a dimeric assembly with endogenous menaquinone/menaquinol bound at the quinone/quinol-binding pockets. We observe Q203 and TB47 bound at the quinol-binding site and stabilized by hydrogen bonds with the side chains of Thr and Glu, residues that are conserved across pathogenic mycobacteria. These high-resolution images provide a basis for the design of new mycobacterial cytochrome inhibitors that could be developed into broad-spectrum drugs to treat mycobacterial infections.
履歴
登録2021年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2022年7月27日-
現状2022年7月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7e1v
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30943.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30943.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.4388984 - 3.6636539
平均 (標準偏差)-0.0013237775 (±0.08849732)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 419.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z419.840419.840419.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-1.4393.664-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : apo hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium t...

全体名称: apo hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium tuberculosis complexIII and Mycobacterium smegmatis complexIV
要素
  • 複合体: apo hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium tuberculosis complexIII and Mycobacterium smegmatis complexIV
    • 複合体: Mycobacterium tuberculosis complexIII
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
    • 複合体: Mycobacterium smegmatis complexIV
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ
      • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
      • タンパク質・ペプチド: Prokaryotic respiratory supercomplex associate factor 1 PRSAF1
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
  • リガンド: HEME C

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超分子 #1: apo hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium t...

超分子名称: apo hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium tuberculosis complexIII and Mycobacterium smegmatis complexIV
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量実験値: 800 KDa

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超分子 #2: Mycobacterium tuberculosis complexIII

超分子名称: Mycobacterium tuberculosis complexIII / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8-#10
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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超分子 #3: Mycobacterium smegmatis complexIV

超分子名称: Mycobacterium smegmatis complexIV / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#7

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分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 38.077465 KDa
配列文字列: MTPRGFRVVA LSIVLGGSAL LLSGCSWSDA LALGWPTGIT PEAKLNRELW IGSVIASFAV GAIVWGLIFW TSAFHRKKAT DTELPRQFG YNMPLELTLT VIPFLIISVL FYFTVVVQER MMHKDPNPEV VIDVTAFQWN WKFGYQKIAF ADGSFDYDGA D PERKEAMT ...文字列:
MTPRGFRVVA LSIVLGGSAL LLSGCSWSDA LALGWPTGIT PEAKLNRELW IGSVIASFAV GAIVWGLIFW TSAFHRKKAT DTELPRQFG YNMPLELTLT VIPFLIISVL FYFTVVVQER MMHKDPNPEV VIDVTAFQWN WKFGYQKIAF ADGSFDYDGA D PERKEAMT SRPEGKDEHG IEKVGPIRGM TPEDRTYLNF DKIETLGTSS EIPVLVLPAG KRIEFVLNSA DVIHGFWVPE FL FKRDVLP EPKANNSDNV FQVSEIQQTG AFVGRCTEMC GTFHAMMNFE VRVVEPNDFK AYIDQRNAGK TNAEALAAIN QPP LAITTE PFESRRGELV PQASK

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分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 64.162965 KDa
配列文字列: MVAEAPPIGE LEARRPFPER MGPKGNLIYK LITTTDHKLI GIMYCVVCFA FFLVGGLMAL FMRTELAMPG LQFLSNEQFN QLFTMHGTV MLLFYATPIV FGFANLVLPL QIGAPDVAFP RLNALSFWLF LFGALIAIAG FITPGGAADF GWTAYSPLTD A IHSPGAGG ...文字列:
MVAEAPPIGE LEARRPFPER MGPKGNLIYK LITTTDHKLI GIMYCVVCFA FFLVGGLMAL FMRTELAMPG LQFLSNEQFN QLFTMHGTV MLLFYATPIV FGFANLVLPL QIGAPDVAFP RLNALSFWLF LFGALIAIAG FITPGGAADF GWTAYSPLTD A IHSPGAGG DLWIMGLAVG GLGTILGGVN MITTVVCMRA PGMTMFRMPI FTWNILVTSI LVLIAFPILT AALFGLAADR HL GAHIYDP ANGGVLLWQH LFWFFGHPEV YIIALPFFGI VSEIFPVFSR KPIFGYTTLI YATLAIAALS VAVWAHHMYA TGA VLLPFF SFMTFLIAVP TGIKFFNWIG TMWKGQLTFE TPMLFSVGFL ITFLLGGLSG VLLASPPLDF HVTDSYFVIA HFHY VLFGT IVFATYAGIY FWFPKMTGRL LDERLGKLHF WLTFIGFHTT FLVQHWLGDE GMPRRYADYL PTDGFTTLNV ISTVG AFIL GVSMLPFVWN VFKSWRYGEP VTVDDPWGYG NSLEWATSCP PPRHNFTELP RIRSERPAFE LHYPHMVERM RAEAHV GRA HHPELETADK SS

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分子 #3: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 22.196883 KDa
配列文字列: MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS ...文字列:
MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS KFTPAQATAA IVVSYYWHFV DIVWIALFAT IYFVR

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分子 #4: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 15.177424 KDa
配列文字列:
MHIEARLFEI LTAFFALAAV VYAVLTAMFA TGGVEWAGTT ALVLTTGLTL ITGTFFRFVA RRLDTRPEDY EDAEISDGAG ELGFFAPHS WWPILISLSF STAAVGAALW LPWLIAAGVA FVITSVCGLV FEYYWGPEKH

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 8.365549 KDa
配列文字列:
MSTALTHGLI GGVPLVLFAV LALIFLTRKG PHPDTYKMSD PWTHAPILWA AEEPREHGHG GHGHDSHGVV IGGGASGKW

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分子 #6: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575

分子名称: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 15.910971 KDa
配列文字列:
MASGDIATVA NAELDLPYGS ALTSSGRISA VTEPGELSVH YPFPTMDLVV LDDALKYGSR AAKARFAVYI GPLGADTAAT AREILANVP TPENAVLLAV SPDQRAIEVV YGADVKGRGI ESAAPLGVSA AAASFKEGNL IDGLISAVRV MSAGVSPA

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分子 #7: Prokaryotic respiratory supercomplex associate factor 1 PRSAF1

分子名称: Prokaryotic respiratory supercomplex associate factor 1 PRSAF1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 11.329909 KDa
配列文字列:
MSSTQDRSQL DPEEQPVANT EVERHTGVDV EDVPSAEWGW SHMPIGVMHI GGLLSAAFLL VMMRGNHVGH VEDWFLIGFA AVIVALVGR NWWLRRRGWI R

+
分子 #8: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 61.077062 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MSPKLSPPNI GEVLARQAED IDTRYHPSAA LRRQLNKVFP THWSFLLGEI ALYSFVVLLI TGVYLTLFFD PSMVDVTYNG VYQPLRGVE MSRAYQSALD ISFEVRGGLF VRQIHHWAAL MFAAAIMVHL ARIFFTGAFR RPRETNWVIG SLLLILAMFE G YFGYSLPD ...文字列:
MSPKLSPPNI GEVLARQAED IDTRYHPSAA LRRQLNKVFP THWSFLLGEI ALYSFVVLLI TGVYLTLFFD PSMVDVTYNG VYQPLRGVE MSRAYQSALD ISFEVRGGLF VRQIHHWAAL MFAAAIMVHL ARIFFTGAFR RPRETNWVIG SLLLILAMFE G YFGYSLPD DLLSGLGLRA ALSSITLGMP VIGTWLHWAL FGGDFPGTIL IPRLYALHIL LLPGIILALI GLHLALVWFQ KH TQFPGPG RTEHNVVGVR VMPVFAFKSG AFFAAIVGVL GLMGGLLQIN PIWNLGPYKP SQVSAGSQPD FYMMWTEGLA RIW PPWEFY FWHHTIPAPV WVAVIMGLVF VLLPAYPFLE KRFTGDYAHH NLLQRPRDVP VRTAIGAMAI AFYMVLTLAA MNDI IALKF HISLNATTWI GRIGMVILPP FVYFITYRWC IGLQRSDRSV LEHGVETGII KRLPHGAYIE LHQPLGPVDE HGHPI PLQY QGAPLPKRMN KLGSAGSPGS GSFLFADSAA EDAALREAGH AAEQRALAAL REHQDSIMGS PDGEH

+
分子 #9: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 46.976465 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MSRADDDAVG VPPTCGGRSD EEERRIVPGP NPQDGAKDGA KATAVPREPD EAALAAMSNQ ELLALGGKLD GVRIAYKEPR WPVEGTKAE KRAERSVAVW LLLGGVFGLA LLLIFLFWPW EFKAADGESD FIYSLTTPLY GLTFGLSILS IAIGAVLYQK R FIPEEISI ...文字列:
MSRADDDAVG VPPTCGGRSD EEERRIVPGP NPQDGAKDGA KATAVPREPD EAALAAMSNQ ELLALGGKLD GVRIAYKEPR WPVEGTKAE KRAERSVAVW LLLGGVFGLA LLLIFLFWPW EFKAADGESD FIYSLTTPLY GLTFGLSILS IAIGAVLYQK R FIPEEISI QERHDGASRE IDRKTVVANL TDAFEGSTIR RRKLIGLSFG VGMGAFGLGT LVAFAGGLIK NPWKPVVPTA EG KKAVLWT SGWTPRYQGE TIYLARATGT EDGPPFIKMR PEDMDAGGME TVFPWRESDG DGTTVESHHK LQEIAMGIRN PVM LIRIKP SDLGRVVKRK GQESFNFGEF FAFTKVCSHL GCPSSLYEQQ SYRILCPCHQ SQFDALHFAK PIFGPAARAL AQLP ITIDT DGYLVANGDF VEPVGPAFWE RTTT

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分子 #10: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 29.152365 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: LTKLGFTRSG GSKSGRTRRR LRRRLSGGVL LLIALTIAGG LAAVLTPTPQ VAVADESSSA LLRTGKQLFD TSCVSCHGAN LQGVPDHGP SLIGVGEAAV YFQVSTGRMP AMRGEAQAPR KDPIFDEAQI DAIGAYVQAN GGGPTVVRNP DGSIATQSLR G NDLGRGGD ...文字列:
LTKLGFTRSG GSKSGRTRRR LRRRLSGGVL LLIALTIAGG LAAVLTPTPQ VAVADESSSA LLRTGKQLFD TSCVSCHGAN LQGVPDHGP SLIGVGEAAV YFQVSTGRMP AMRGEAQAPR KDPIFDEAQI DAIGAYVQAN GGGPTVVRNP DGSIATQSLR G NDLGRGGD LFRLNCASCH NFTGKGGALS SGKYAPDLAP ANEQQILTAM LTGPQNMPKF SNRQLSFEAK KDIIAYVKVA TE ARQPGGY LLGGFGPAPE GMAMWIIGMV AAIGLALWIG ARS

+
分子 #11: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 8 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #12: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 17 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #13: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #14: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #15: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)...

分子名称: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: 9Y0
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-9Y0:
(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate

+
分子 #16: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #17: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 10 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

+
分子 #18: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #19: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3...

分子名称: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 4 / 式: 9YF
分子量理論値: 853.112 Da
Chemical component information

ChemComp-9YF:
(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate

+
分子 #20: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112804
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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