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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30908 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of SAR7334-bound TRPC6 at 2.9 angstrom | |||||||||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | TRPC6 / TRPC / FSGS / SAR7334 / channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of ion transmembrane transporter activity / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / slit diaphragm / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / positive regulation of calcium ion transport / TRP channels ...positive regulation of ion transmembrane transporter activity / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / slit diaphragm / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / positive regulation of calcium ion transport / TRP channels / monoatomic cation transport / single fertilization / monoatomic cation channel activity / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Chen L / Guo W | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2022 タイトル: Structural mechanism of human TRPC3 and TRPC6 channel regulation by their intracellular calcium-binding sites. 著者: Wenjun Guo / Qinglin Tang / Miao Wei / Yunlu Kang / Jing-Xiang Wu / Lei Chen / 要旨: TRPC3 and TRPC6 channels are calcium-permeable non-selective cation channels that are involved in many physiological processes. The gain-of-function (GOF) mutations of TRPC6 lead to familial focal ...TRPC3 and TRPC6 channels are calcium-permeable non-selective cation channels that are involved in many physiological processes. The gain-of-function (GOF) mutations of TRPC6 lead to familial focal segmental glomerulosclerosis (FSGS) in humans, but their pathogenic mechanism remains elusive. Here, we report the cryo-EM structures of human TRPC3 in both high-calcium and low-calcium conditions. Based on these structures and accompanying electrophysiological studies, we identified both inhibitory and activating calcium-binding sites in TRPC3 that couple intracellular calcium concentrations to the basal channel activity. These calcium sensors are also structurally and functionally conserved in TRPC6. We uncovered that the GOF mutations of TRPC6 activate the channel by allosterically abolishing the inhibitory effects of intracellular calcium. Furthermore, structures of human TRPC6 in complex with two chemically distinct inhibitors bound at different ligand-binding pockets reveal different conformations of the transmembrane domain, providing templates for further structure-based drug design targeting TRPC6-related diseases such as FSGS. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30908.map.gz | 78.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30908-v30.xml emd-30908.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30908.png | 47.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30908.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_30908_half_map_1.map.gz emd_30908_half_map_2.map.gz | 77.1 MB 77 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30908 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30908 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30908_validation.pdf.gz | 895 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30908_full_validation.pdf.gz | 894.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30908_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30908_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30908 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30908 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_30908_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_30908_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human transient receptor potential channel 6 tetramer
全体 | 名称: human transient receptor potential channel 6 tetramer |
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要素 |
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-超分子 #1: human transient receptor potential channel 6 tetramer
超分子 | 名称: human transient receptor potential channel 6 tetramer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Short transient receptor potential channel 6
分子 | 名称: Short transient receptor potential channel 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 106.453242 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSQSPAFGPR RGSSPRGAAG AAARRNESQD YLLMDSELGE DGCPQAPLPC YGYYPCFRGS DNRLAHRRQT VLREKGRRLA NRGPAYMFS DRSTSLSIEE ERFLDAAEYG NIPVVRKMLE ECHSLNVNCV DYMGQNALQL AVANEHLEIT ELLLKKENLS R VGDALLLA ...文字列: MSQSPAFGPR RGSSPRGAAG AAARRNESQD YLLMDSELGE DGCPQAPLPC YGYYPCFRGS DNRLAHRRQT VLREKGRRLA NRGPAYMFS DRSTSLSIEE ERFLDAAEYG NIPVVRKMLE ECHSLNVNCV DYMGQNALQL AVANEHLEIT ELLLKKENLS R VGDALLLA ISKGYVRIVE AILSHPAFAE GKRLATSPSQ SELQQDDFYA YDEDGTRFSH DVTPIILAAH CQEYEIVHTL LR KGARIER PHDYFCKCND CNQKQKHDSF SHSRSRINAY KGLASPAYLS LSSEDPVMTA LELSNELAVL ANIEKEFKND YKK LSMQCK DFVVGLLDLC RNTEEVEAIL NGDVETLQSG DHGRPNLSRL KLAIKYEVKK FVAHPNCQQQ LLSIWYENLS GLRQ QTMAV KFLVVLAVAI GLPFLALIYW FAPCSKMGKI MRGPFMKFVA HAASFTIFLG LLVMNAADRF EGTKLLPNET STDNA KQLF RMKTSCFSWM EMLIISWVIG MIWAECKEIW TQGPKEYLFE LWNMLDFGML AIFAASFIAR FMAFWHASKA QSIIDA NDT LKDLTKVTLG DNVKYYNLAR IKWDPSDPQI ISEGLYAIAV VLSFSRIAYI LPANESFGPL QISLGRTVKD IFKFMVI FI MVFVAFMIGM FNLYSYYIGA KQNEAFTTVE ESFKTLFWAI FGLSEVKSVV INYNHKFIEN IGYVLYGVYN VTMVIVLL N MLIAMINSSF QEIEDDADVE WKFARAKLWF SYFEEGRTLP VPFNLVPSPK SLFYLLLKLK KWISELFQGH KKGFQEDAE MNKINEEKKL GILGSHEDLS KLSLDKKQVG HNKQPSIRSS EDFHLNSFNN PPRQYQKIMK RLIKRYVLQA QIDKESDEVN EGELKEIKQ DISSLRYELL EEKSQNTEDL AELIRELGEK LSMEPNQEET NR UniProtKB: Short transient receptor potential channel 6 |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 16 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #5: 4-[[(1R,2R)-2-[(3R)-3-azanylpiperidin-1-yl]-2,3-dihydro-1H-inden-...
分子 | 名称: 4-[[(1R,2R)-2-[(3R)-3-azanylpiperidin-1-yl]-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]oxy]-3-chloranyl-benzenecarbonitrile タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: HOR |
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分子量 | 理論値: 367.872 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOR: |
-分子 #6: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #7: [(2S)-2-[(E)-octadec-10-enoyl]oxy-3-oxidanyl-propyl] octadec-10-enoate
分子 | 名称: [(2S)-2-[(E)-octadec-10-enoyl]oxy-3-oxidanyl-propyl] octadec-10-enoate タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: 98R |
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分子量 | 理論値: 620.986 Da |
Chemical component information | ChemComp-98R: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82862 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |