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- EMDB-30883: Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30883
タイトルCryo-EM structure of Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in complex with human antibody 1C19 Fab at 37 deg C (Class 1 particle)
マップデータCryoEM map of DENV1 strain WestPac 74 in complex with Fab 1C19 at 37 deg C (Class 1)
試料
  • 複合体: Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in complex with human antibody 1C19 Fab
    • 複合体: Dengue virus 1
      • タンパク質・ペプチド: envelope protein
    • 複合体: antibody 1C19 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab light chain
キーワードdengue virus / human antibody / dengue-Fab structure / VIRUS / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 1 (デング熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Fibriansah G / Ng TS
資金援助 シンガポール, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2017NRF-CRP001-027 シンガポール
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI 057157 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2021
タイトル: Antibody affinity versus dengue morphology influences neutralization.
著者: Guntur Fibriansah / Elisa X Y Lim / Jan K Marzinek / Thiam-Seng Ng / Joanne L Tan / Roland G Huber / Xin-Ni Lim / Valerie S Y Chew / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Ganesh S Anand / Peter ...著者: Guntur Fibriansah / Elisa X Y Lim / Jan K Marzinek / Thiam-Seng Ng / Joanne L Tan / Roland G Huber / Xin-Ni Lim / Valerie S Y Chew / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Ganesh S Anand / Peter J Bond / James E Crowe / Shee-Mei Lok /
要旨: Different strains within a dengue serotype (DENV1-4) can have smooth, or "bumpy" surface morphologies with different antigenic characteristics at average body temperature (37°C). We determined the ...Different strains within a dengue serotype (DENV1-4) can have smooth, or "bumpy" surface morphologies with different antigenic characteristics at average body temperature (37°C). We determined the neutralizing properties of a serotype cross-reactive human monoclonal antibody (HMAb) 1C19 for strains with differing morphologies within the DENV1 and DENV2 serotypes. We mapped the 1C19 epitope to E protein domain II by hydrogen deuterium exchange mass spectrometry, cryoEM and molecular dynamics simulations, revealing that this epitope is likely partially hidden on the virus surface. We showed the antibody has high affinity for binding to recombinant DENV1 E proteins compared to those of DENV2, consistent with its strong neutralizing activities for all DENV1 strains tested regardless of their morphologies. This finding suggests that the antibody could out-compete E-to-E interaction for binding to its epitope. In contrast, for DENV2, HMAb 1C19 can only neutralize when the epitope becomes exposed on the bumpy-surfaced particle. Although HMAb 1C19 is not a suitable therapeutic candidate, this study with HMAb 1C19 shows the importance of choosing a high-affinity antibody that could neutralize diverse dengue virus morphologies for therapeutic purposes.
履歴
登録2021年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月17日-
マップ公開2021年2月17日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-7dwt
  • 表面レベル: 2
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  • 原子モデルPDB-7dwt
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30883.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of DENV1 strain WestPac 74 in complex with Fab 1C19 at 37 deg C (Class 1)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-5.6045275 - 9.710430000000001
平均 (標準偏差)0.031006996 (±0.99434733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 875.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.711.711.71
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z875.520875.520875.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ120120120
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-5.6059.7100.031

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in complex with human a...

全体名称: Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in complex with human antibody 1C19 Fab
要素
  • 複合体: Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in complex with human antibody 1C19 Fab
    • 複合体: Dengue virus 1
      • タンパク質・ペプチド: envelope protein
    • 複合体: antibody 1C19 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab light chain

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超分子 #1: Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in complex with human a...

超分子名称: Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in complex with human antibody 1C19 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 was grown in Aedes albopictus C6/36 cells.
由来(天然)生物種: Dengue virus 1 (デング熱ウイルス) / 株: Western Pacific 74

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超分子 #2: Dengue virus 1

超分子名称: Dengue virus 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: antibody 1C19 Fab

超分子名称: antibody 1C19 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: antibody 1C19 Fab

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分子 #1: envelope protein

分子名称: envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus 1 (デング熱ウイルス) / 株: WestPac 74
分子量理論値: 53.910871 KDa
配列文字列: MRCVGIGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGSC VTTMAKDKPT LDIELLKTEV TNPAVLRKLC IEAKISNTTT DSRCPTQGEA TLVEEQDTN FVCRRTFVDR GWGNGCGLFG KGSLITCAKF KCVTKLEGKI VQYENLKYSV IVTVHTGDQH QVGNETTEHG T IATITPQA ...文字列:
MRCVGIGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGSC VTTMAKDKPT LDIELLKTEV TNPAVLRKLC IEAKISNTTT DSRCPTQGEA TLVEEQDTN FVCRRTFVDR GWGNGCGLFG KGSLITCAKF KCVTKLEGKI VQYENLKYSV IVTVHTGDQH QVGNETTEHG T IATITPQA PTSEIQLTDY GALTLDCSPR TGLDFNEMVL LTMEKKSWLV HKQWFLDLPL PWTSGASTSQ ETWNRQDLLV TF KTAHAKK QEVVVLGSQE GAMHTALTGA TEIQTSGTTT IFAGHLKCRL KMDKLTLKGM SYVMCTGSFK LEKEVAETQH GTV LVQVKY EGTDAPCKIP FSSQDEKGVT QNGRLITANP IVTDKEKPVN IEAEPPFGES YIVVGAGEKA LKLSWFKKGS SIGK MFEAT ARGARRMAIL GDTAWDFGSI GGVFTSVGKL IHQIFGTAYG VLFSGVSWTM KIGIGILLTW LGLNSRSTSL SMTCI AVGM VTLYLGVMVQ A

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分子 #2: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab heavy chain

分子名称: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab heavy chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.167631 KDa
配列文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFIFS NYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSDKRY ADSVRGRFTI SRDNSKNTLF LQVTSLRAE DTAVYYCAKE LSGYDPGFEY WGQGTPVTVS S

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分子 #3: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab light chain

分子名称: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab light chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.584849 KDa
配列文字列:
DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSIN TWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QYESYATFGQ GTKVDIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA)
凍結凍結剤: ETHANE
詳細The purified virus was incubated with Fab 1C19 at 37 deg C for 30 min with a molar ratio of one Fab for every E-protein and followed by incubation at 4 deg C for 2 h.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 18.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4301
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2142

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MPSA / 使用した粒子像数: 1116
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: MPSA
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: MPSA

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4cct

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4hie

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4kq3

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7dwt:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in complex with human antibody 1C19 Fab at 37 deg C (Class 1 particle)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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