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- EMDB-3086: negative stain EM of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3086
タイトルnegative stain EM of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, and 8ANC195
マップデータnegative stain EM single particle analysis. The particles were picked using EMAN2. CTF correction was done using EMAN2. 2D and 3D classification was done using Relion to sort particles. The refinement and gold-standard FSC calculation was done using Relion.
試料
  • 試料: soluble HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with soluble CD4s (D1-D2), broadly neutralizing antibody 17b Fabs, and broadly neutralizing antibody 8ANC195 variant G32K5 Fabs
  • タンパク質・ペプチド: Soluble HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664
  • タンパク質・ペプチド: Fab of broadly neutralizing antibody 17b
  • タンパク質・ペプチド: soluble CD4 (D1-D2 domains)
  • タンパク質・ペプチド: Fab of broadly neutralizing antibody 8ANC195 variant G52K5
キーワードHIV-1 Env trimer / broadly neutralizing antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Alpha-defensins / positive regulation of kinase activity / regulation of T cell activation / T cell receptor complex / extracellular matrix structural constituent / Other interleukin signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Dectin-2 family / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / regulation of calcium ion transport / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / T cell differentiation / PD-1 signaling / positive regulation of protein kinase activity / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of establishment of T cell polarity / T cell activation / positive regulation of interleukin-2 production / protein tyrosine kinase binding / host cell endosome membrane / Vpu mediated degradation of CD4 / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Downstream TCR signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / signaling receptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / viral protein processing / cell adhesion / positive regulation of protein phosphorylation / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / virion attachment to host cell / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Envelope glycoprotein Gp160 ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD4 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.8 Å
データ登録者Scharf L / Wang H / Gao H / Chen S / McDowall A / Bjorkman P
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Broadly Neutralizing Antibody 8ANC195 Recognizes Closed and Open States of HIV-1 Env.
著者: Louise Scharf / Haoqing Wang / Han Gao / Songye Chen / Alasdair W McDowall / Pamela J Bjorkman /
要旨: The HIV-1 envelope (Env) spike contains limited epitopes for broadly neutralizing antibodies (bNAbs); thus, most neutralizing antibodies are strain specific. The 8ANC195 epitope, defined by crystal ...The HIV-1 envelope (Env) spike contains limited epitopes for broadly neutralizing antibodies (bNAbs); thus, most neutralizing antibodies are strain specific. The 8ANC195 epitope, defined by crystal and electron microscopy (EM) structures of bNAb 8ANC195 complexed with monomeric gp120 and trimeric Env, respectively, spans the gp120 and gp41 Env subunits. To investigate 8ANC195's gp41 epitope at higher resolution, we solved a 3.58 Å crystal structure of 8ANC195 complexed with fully glycosylated Env trimer, revealing 8ANC195 insertion into a glycan shield gap to contact gp120 and gp41 glycans and protein residues. To determine whether 8ANC195 recognizes the CD4-bound open Env conformation that leads to co-receptor binding and fusion, one of several known conformations of virion-associated Env, we solved EM structures of an Env/CD4/CD4-induced antibody/8ANC195 complex. 8ANC195 binding partially closed the CD4-bound trimer, confirming structural plasticity of Env by revealing a previously unseen conformation. 8ANC195's ability to bind different Env conformations suggests advantages for potential therapeutic applications.
履歴
登録2015年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年7月22日-
マップ公開2015年9月23日-
更新2015年9月23日-
現状2015年9月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0269
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0269
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a7x
  • 表面レベル: 0.0269
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3086.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3086.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈negative stain EM single particle analysis. The particles were picked using EMAN2. CTF correction was done using EMAN2. 2D and 3D classification was done using Relion to sort particles. The refinement and gold-standard FSC calculation was done using Relion.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0269 / ムービー #1: 0.0269
最小 - 最大-0.07877693 - 0.0897764
平均 (標準偏差)-0.00034449 (±0.00837527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 320.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.000320.000320.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-21-120
NX/NY/NZ432573
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0790.090-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : soluble HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with soluble ...

全体名称: soluble HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with soluble CD4s (D1-D2), broadly neutralizing antibody 17b Fabs, and broadly neutralizing antibody 8ANC195 variant G32K5 Fabs
要素
  • 試料: soluble HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with soluble CD4s (D1-D2), broadly neutralizing antibody 17b Fabs, and broadly neutralizing antibody 8ANC195 variant G32K5 Fabs
  • タンパク質・ペプチド: Soluble HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664
  • タンパク質・ペプチド: Fab of broadly neutralizing antibody 17b
  • タンパク質・ペプチド: soluble CD4 (D1-D2 domains)
  • タンパク質・ペプチド: Fab of broadly neutralizing antibody 8ANC195 variant G52K5

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超分子 #1000: soluble HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with soluble ...

超分子名称: soluble HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with soluble CD4s (D1-D2), broadly neutralizing antibody 17b Fabs, and broadly neutralizing antibody 8ANC195 variant G32K5 Fabs
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 3 Fabs of 17b, 3 sCD4, and 3 Fabs of 8ANC195 G52K5 bind to Env trimer BG505 SOSIP
Number unique components: 4
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Soluble HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664

分子名称: Soluble HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: BG505 SOSIP / コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
別称: HIV-1
分子量理論値: 420 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293-6E / 組換プラスミド: pTT5

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分子 #2: Fab of broadly neutralizing antibody 17b

分子名称: Fab of broadly neutralizing antibody 17b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: 17b / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293-6E / 組換プラスミド: pTT5

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分子 #3: soluble CD4 (D1-D2 domains)

分子名称: soluble CD4 (D1-D2 domains) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: sCD4 / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 20 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293-6E / 組換プラスミド: pTT5

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分子 #4: Fab of broadly neutralizing antibody 8ANC195 variant G52K5

分子名称: Fab of broadly neutralizing antibody 8ANC195 variant G52K5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: 8ANC195 G52K5 / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293-6E / 組換プラスミド: pTT5

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris, 50mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein cross-linked by glutaraldehyde vapor and stained by 3% w/v uranyl acetate for 30 seconds.
グリッド詳細: glow discharged ultrathin C film on holey carbon support film, 400 mesh, Cu grids
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
日付2015年4月7日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
実像数: 642
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細Particle were picked using EMAN2. CTF correction was done using EMAN2. 2D and 3D classification done using Relion to select good particles. Refinement done using Relion.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Relion / 使用した粒子像数: 7174
最終 2次元分類クラス数: 25
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1rzk


Chain - #0 - Chain ID: G / Chain - #1 - Chain ID: C / Chain - #2 - Chain ID: L / Chain - #3 - Chain ID: H
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Fitted by manual docking first and then using Chimera with the following options: real-time correlation/average update, and use map simulated from atoms, resolution 15 A
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5a7x:
negative stain EM of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, and 8ANC195

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4p9m


Chain - #0 - Chain ID: L / Chain - #1 - Chain ID: H
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Fitted by manual docking first and then using Chimera with the following options: real-time correlation/average update, and use map simulated from atoms, resolution 15 A
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5a7x:
negative stain EM of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, and 8ANC195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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