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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30670 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with a neutralizing antibody chAb-45 | ||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 Spike in complex with a neutralizing antibody chAb-45 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Yang TJ / Yu PY / Wu HC / Hsu STD | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 台湾, 9件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with a neutralizing antibody chAb-45 著者: Hsu STD / Wu HC / Yang TJ / Yu PY | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30670.map.gz | 204 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30670-v30.xml emd-30670.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30670_fsc.xml | 17.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30670.png | 48.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30670 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30670 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30670_validation.pdf.gz | 348.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30670_full_validation.pdf.gz | 347.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30670_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30670_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30670 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30670 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 Spike in complex with a neutralizing antibody chAb-45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with a neutralizing anti...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with a neutralizing antibody chAb-45 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with a neutralizing anti...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with a neutralizing antibody chAb-45 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 実験値: 1 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |