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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30450 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of plant NLR RPP1 tetramer in complex with ATR1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | NADase / ETI / HR / PLANT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 effector-mediated modulation of host process by symbiont / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / ADP binding / defense response / host cell cytoplasm / host cell nucleus / signal transduction / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Hyaloperonospora arabidopsidis (strain Emoy2) (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma SC / Lapin D | |||||||||
資金援助 | 中国, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Direct pathogen-induced assembly of an NLR immune receptor complex to form a holoenzyme. 著者: Shoucai Ma / Dmitry Lapin / Li Liu / Yue Sun / Wen Song / Xiaoxiao Zhang / Elke Logemann / Dongli Yu / Jia Wang / Jan Jirschitzka / Zhifu Han / Paul Schulze-Lefert / Jane E Parker / Jijie Chai / 要旨: Direct or indirect recognition of pathogen-derived effectors by plant nucleotide-binding leucine-rich repeat (LRR) receptors (NLRs) initiates innate immune responses. The effector ATR1 activates the ...Direct or indirect recognition of pathogen-derived effectors by plant nucleotide-binding leucine-rich repeat (LRR) receptors (NLRs) initiates innate immune responses. The effector ATR1 activates the N-terminal Toll-interleukin-1 receptor (TIR) domain of NLR RPP1. We report a cryo-electron microscopy structure of RPP1 bound by ATR1. The structure reveals a C-terminal jelly roll/Ig-like domain (C-JID) for specific ATR1 recognition. Biochemical and functional analyses show that ATR1 binds to the C-JID and the LRRs to induce an RPP1 tetrameric assembly required for nicotinamide adenine dinucleotide hydrolase (NADase) activity. RPP1 tetramerization creates two potential active sites, each formed by an asymmetric TIR homodimer. Our data define the mechanism of direct effector recognition by a plant NLR leading to formation of a signaling-active holoenzyme. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30450.map.gz | 6.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30450-v30.xml emd-30450.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30450.png | 54.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30450.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30450 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30450 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30450_validation.pdf.gz | 368.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30450_full_validation.pdf.gz | 368.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30450_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30450_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30450 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30450 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30450.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tetrameric complex of RPP1 and ATR1
全体 | 名称: Tetrameric complex of RPP1 and ATR1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrameric complex of RPP1 and ATR1
超分子 | 名称: Tetrameric complex of RPP1 and ATR1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: RPP1
超分子 | 名称: RPP1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-超分子 #3: ATR1
超分子 | 名称: ATR1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Hyaloperonospora arabidopsidis (strain Emoy2) (真核生物) |
-分子 #1: NAD+ hydrolase (NADase)
分子 | 名称: NAD+ hydrolase (NADase) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 139.009781 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGSAMSLGCS KRKATNQDVD SESRKRRKIC STNDAENCRF IQDESSWKHP WSLCANSVVN DTKDTKSSAL SLPSPPTSVS RIWKHQVFP SFHGADVRKT ILSHILESFR RKGIDPFIDN NIERSKSIGH ELKEAIKGSK IAIVLLSKNY ASSSWCLDEL A EIMKCREL ...文字列: MGSAMSLGCS KRKATNQDVD SESRKRRKIC STNDAENCRF IQDESSWKHP WSLCANSVVN DTKDTKSSAL SLPSPPTSVS RIWKHQVFP SFHGADVRKT ILSHILESFR RKGIDPFIDN NIERSKSIGH ELKEAIKGSK IAIVLLSKNY ASSSWCLDEL A EIMKCREL LGQIVMTIFY EVDPTDIKKQ TGEFGKAFTK TCKGKTKEYV ERWRKALEDV ATIAGYHSHK WRNEADMIEK IA TDVSNML NSFKPSRDFN GLVGMRAHMD MLEQLLRLVL DEVRMIGIWG PPGIGKTTIA RFLFNQVSDR FQLSAIMVNI KGC YPRPCF DEYSAQLQLQ NQMLSQMINH KDIMISHLGV AQERLRDKKV FLVLDEVDQL GQLDALAKET RWFGPGSRII ITTE DLGVL KAHGINHVYK VGYPSNDEAF QIFCMNAFGQ KQPHEGFDEI AREVMALAGE LPLGLKVLGS ALRGKSKPEW ERTLP RLKT SLDGKIGSII QFSYDALCDE DKYLFLYIAC LFNKESTTKV EGLLGKFLDV RQGLHILAQK SLISIEDGNI YMHTLL EQF GRETSRKQFI HHGYTKHQLL VGERDICEVL NDDTIDSRRF IGINLDLYKN VEELNISEKA LERIHDFQFV RINGKNH AL HERLQGLIYQ SPQIRSLHWK CYQNICLPST FNSEFLVELD MSFSKLQKLW EGTKQLRNLK WMDLSYSSYL KELPNLST A TNLEELKLRN CSSLVELPSS IEKLTSLQIL DLHRCSSLVE LPSFGNATKL EILNLENCSS LVKLPPSINA NNLQELSLT NCSRVVELPA IENATNLWKL NLLNCSSLIE LPLSIGTATN LKHLDFRGCS SLVKLPSSIG DMTNLEVFYL SNCSNLVELP SSIGNLRKL TLLLMRGCSK LETLPTNINL KSLHTLNLID CSRLKSFPEI STHIKYLRLI GTAIKEVPLS IMSWSPLAHF Q ISYFESLK EFPHALDIIT ELQLSKDIQE VPPWVKRMSR LRALRLNNCN NLVSLPQLPD SLAYLYADNC KSLERLDCCF NN PEIRLYF PKCFKLNQEA RDLIMHTSTR NFAMLPGTQV PACFNHRATS GDSLKIKLKE SPLPTTLTFK ACIMLVNEEM SYD LKSMSV DIVIRDEQND LKVQCTPSYH QCTEIYVLTE HIYTFELEVE EVTSTELVFE FTSVNESICK IGECGILQRE TRSL RRSSS PDLSPESSRV SSCDHC UniProtKB: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase |
-分子 #2: Avirulence protein ATR1
分子 | 名称: Avirulence protein ATR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hyaloperonospora arabidopsidis (strain Emoy2) (真核生物) |
分子量 | 理論値: 35.149426 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MRVCYFVLVP SVALAVIATE SSETSGTIVH VFPLRDVADH RNDALINRAL RAQTALDDDE ERWPFGPSAV EALIETIDRH GRVSLNDEA KMKKVVRTWK KLIERDDLIG EIGKHYFEAP GPLHDTYDEA LATRLVTTYS DRGVARAILH TRPSDPLSKK A GQAHRLEE ...文字列: MRVCYFVLVP SVALAVIATE SSETSGTIVH VFPLRDVADH RNDALINRAL RAQTALDDDE ERWPFGPSAV EALIETIDRH GRVSLNDEA KMKKVVRTWK KLIERDDLIG EIGKHYFEAP GPLHDTYDEA LATRLVTTYS DRGVARAILH TRPSDPLSKK A GQAHRLEE AVASLWKGRG YTSDNVVSSI ATGHDVDFFA PTAFTFLVKC VESEDDANNA IFEYFGSNPS RYFSAVLHAM EK PDADSRV LESSKKWMFQ CYAQKQFPTP VFERTLAAYQ SEDYAIRGAR NHYEKLSLSQ IEELVEEYSR IYSV UniProtKB: Avirulence protein ATR1 |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 23.542 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 323232 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |