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万見- EMDB-30374: Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with BD-368-2 Fabs -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30374 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with BD-368-2 Fabs | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | |||||||||
データ登録者 | Xiao J / Zhu Q / Wang G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Structurally Resolved SARS-CoV-2 Antibody Shows High Efficacy in Severely Infected Hamsters and Provides a Potent Cocktail Pairing Strategy. 著者: Shuo Du / Yunlong Cao / Qinyu Zhu / Pin Yu / Feifei Qi / Guopeng Wang / Xiaoxia Du / Linlin Bao / Wei Deng / Hua Zhu / Jiangning Liu / Jianhui Nie / Yinghui Zheng / Haoyu Liang / Ruixue Liu / ...著者: Shuo Du / Yunlong Cao / Qinyu Zhu / Pin Yu / Feifei Qi / Guopeng Wang / Xiaoxia Du / Linlin Bao / Wei Deng / Hua Zhu / Jiangning Liu / Jianhui Nie / Yinghui Zheng / Haoyu Liang / Ruixue Liu / Shuran Gong / Hua Xu / Ayijiang Yisimayi / Qi Lv / Bo Wang / Runsheng He / Yunlin Han / Wenjie Zhao / Yali Bai / Yajin Qu / Xiang Gao / Chenggong Ji / Qisheng Wang / Ning Gao / Weijin Huang / Youchun Wang / X Sunney Xie / Xiao-Dong Su / Junyu Xiao / Chuan Qin / 要旨: Understanding how potent neutralizing antibodies (NAbs) inhibit SARS-CoV-2 is critical for effective therapeutic development. We previously described BD-368-2, a SARS-CoV-2 NAb with high potency; ...Understanding how potent neutralizing antibodies (NAbs) inhibit SARS-CoV-2 is critical for effective therapeutic development. We previously described BD-368-2, a SARS-CoV-2 NAb with high potency; however, its neutralization mechanism is largely unknown. Here, we report the 3.5-Å cryo-EM structure of BD-368-2/trimeric-spike complex, revealing that BD-368-2 fully blocks ACE2 recognition by occupying all three receptor-binding domains (RBDs) simultaneously, regardless of their "up" or "down" conformations. Also, BD-368-2 treats infected adult hamsters at low dosages and at various administering windows, in contrast to placebo hamsters that manifested severe interstitial pneumonia. Moreover, BD-368-2's epitope completely avoids the common binding site of VH3-53/VH3-66 recurrent NAbs, evidenced by tripartite co-crystal structures with RBDs. Pairing BD-368-2 with a potent recurrent NAb neutralizes SARS-CoV-2 pseudovirus at pM level and rescues mutation-induced neutralization escapes. Together, our results rationalized a new RBD epitope that leads to high neutralization potency and demonstrated BD-368-2's therapeutic potential in treating COVID-19. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30374.map.gz | 16.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30374-v30.xml emd-30374.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30374.png | 30.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30374 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30374 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30374_validation.pdf.gz | 338.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30374_full_validation.pdf.gz | 337.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30374_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30374_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30374 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30374 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30374.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.005 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of the SARS-CoV-2 S-6P with BD-368-2 Fabs
全体 | 名称: Complex of the SARS-CoV-2 S-6P with BD-368-2 Fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of the SARS-CoV-2 S-6P with BD-368-2 Fabs
超分子 | 名称: Complex of the SARS-CoV-2 S-6P with BD-368-2 Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: SARS-CoV-2 Spike glycoprotein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F / 組換プラスミド: pcDNA3.1 |
-超分子 #3: BD-368-2 Fabs
超分子 | 名称: BD-368-2 Fabs / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 133.781312 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGPALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQ |
-分子 #2: BD-368-2 Fab heavy chain
分子 | 名称: BD-368-2 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.355225 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLLESGGG VVQPGGSLRL SCAASGFAFT TYAMNWVRQA PGRGLEWVSA ISDGGGSAYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKT RGRGLYDYVW GSKDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列: EVQLLESGGG VVQPGGSLRL SCAASGFAFT TYAMNWVRQA PGRGLEWVSA ISDGGGSAYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKT RGRGLYDYVW GSKDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC DK |
-分子 #3: BD-368-2 Fab light chain
分子 | 名称: BD-368-2 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.90259 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGYNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PGTFGQGTRL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGYNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PGTFGQGTRL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 31 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 59.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 85053 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |