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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30289 | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of anorthic Vancomycin at 1.05 A resolution | |||||||||
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![]() | MicroED / Vancomycin / superbacteria / Antibiotic | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.05 Å | |||||||||
![]() | Fan Q / Zhou H | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Precise Control Over Kinetics of Molecular Assembly: Production of Particles with Tunable Sizes and Crystalline Forms. 著者: Qingrui Fan / Linhai Li / Han Xue / Heng Zhou / Lishan Zhao / Jie Liu / Junqiang Mao / Shuwang Wu / Shizhong Zhang / Chenyang Wu / Xueming Li / Xin Zhou / Jianjun Wang / ![]() 要旨: It has been long-pursued but remains a challenge to precisely manipulate the molecular assembly process to obtain desired functional structures. Reported here is the control over the assembly of ...It has been long-pursued but remains a challenge to precisely manipulate the molecular assembly process to obtain desired functional structures. Reported here is the control over the assembly of solute molecules, by a programmed recrystallization of solvent crystal grains, to form micro/nanoparticles with tunable sizes and crystalline forms. A quantitative correlation between the protocol of recrystallization temperature and the assembly kinetics results in precise control over the size of assembled particles, ranging from single-atom catalysts, pure drug nanoparticles, to sub-millimeter organic-semiconductor single crystals. The extensive regulation of the assembly rates leads to the unique and powerful capability of tuning the stacking of molecules, involving the formation of single crystals of notoriously crystallization-resistant molecules and amorphous structures of molecules with a very high propensity to crystallize, which endows it with wide-ranging applications. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 45 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 193.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 561 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 560.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.2587 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Vancomycin
全体 | 名称: Vancomycin |
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要素 |
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-超分子 #1: Vancomycin
超分子 | 名称: Vancomycin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Vancomycin
分子 | 名称: Vancomycin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 1.149977 KDa |
配列 | 文字列: (MLU)(OMZ)N(GHP)(GHP)(OMY)(3FG) |
-分子 #3: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 43 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均露光時間: 5.72 sec. / 平均電子線量: 0.0286 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 520 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.05 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
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Molecular replacement | ソフトウェア - 名称: CCP4 package |
Crystallography statistics | Number intensities measured: 43720 / Number structure factors: 6462 / Fourier space coverage: 65.8 / R sym: 0.215 / R merge: 0.215 / Overall phase error: 0 / Overall phase residual: 1 / Phase error rejection criteria: 60 / High resolution: 1.05 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.05 Å / 殻 - Low resolution: 1.1 Å / 殻 - Number structure factors: 1907 / 殻 - Phase residual: 1 / 殻 - Fourier space coverage: 66.9 / 殻 - Multiplicity: 6.83 |