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- EMDB-30288: MicroED structure of orthorhombic Vancomycin at 1.2 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30288
タイトルMicroED structure of orthorhombic Vancomycin at 1.2 A resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Vancomycinバンコマイシン
    • タンパク質・ペプチド: Vancomycinバンコマイシン
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: water水
生物種Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Fan Q / Zhou H / Li X / Wang J
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)51925307 中国
National Science Foundation (NSF, China)21733010 中国
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2020
タイトル: Precise Control Over Kinetics of Molecular Assembly: Production of Particles with Tunable Sizes and Crystalline Forms.
著者: Qingrui Fan / Linhai Li / Han Xue / Heng Zhou / Lishan Zhao / Jie Liu / Junqiang Mao / Shuwang Wu / Shizhong Zhang / Chenyang Wu / Xueming Li / Xin Zhou / Jianjun Wang /
要旨: It has been long-pursued but remains a challenge to precisely manipulate the molecular assembly process to obtain desired functional structures. Reported here is the control over the assembly of ...It has been long-pursued but remains a challenge to precisely manipulate the molecular assembly process to obtain desired functional structures. Reported here is the control over the assembly of solute molecules, by a programmed recrystallization of solvent crystal grains, to form micro/nanoparticles with tunable sizes and crystalline forms. A quantitative correlation between the protocol of recrystallization temperature and the assembly kinetics results in precise control over the size of assembled particles, ranging from single-atom catalysts, pure drug nanoparticles, to sub-millimeter organic-semiconductor single crystals. The extensive regulation of the assembly rates leads to the unique and powerful capability of tuning the stacking of molecules, involving the formation of single crystals of notoriously crystallization-resistant molecules and amorphous structures of molecules with a very high propensity to crystallize, which endows it with wide-ranging applications.
履歴
登録2020年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月12日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7c4u
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7c4u
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30288.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30288.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.27861 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 1.8
最小 - 最大-2.0958848 - 12.609461
平均 (標準偏差)-0.004374747 (±0.87791085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-49-16-45
サイズ111107129
Spacing129111107
セルA: 35.94069 Å / B: 30.925709 Å / C: 29.81127 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.278612403100780.278612612612610.27860747663551
M x/y/z129111107
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z35.94130.92629.811
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-45-49-16
NX/NY/NZ129111107
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS-16-49-45
NC/NR/NS107111129
D min/max/mean-2.09612.609-0.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Vancomycin

全体名称: Vancomycinバンコマイシン
要素
  • 複合体: Vancomycinバンコマイシン
    • タンパク質・ペプチド: Vancomycinバンコマイシン
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Vancomycin

超分子名称: Vancomycin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Amycolatopsis orientalis (バクテリア)

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分子 #1: Vancomycin

分子名称: Vancomycin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
分子量理論値: 1.149977 KDa
配列文字列:
(MLU)(OMZ)N(GHP)(GHP)(OMY)(3FG)

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 50 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 730 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均露光時間: 5.72 sec. / 平均電子線量: 0.0286 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

結晶パラメータ単位格子 - A: 20.06 Å / 単位格子 - B: 33.02 Å / 単位格子 - C: 41.72 Å / 単位格子 - γ: 90.00 ° / 単位格子 - α: 90.00 ° / 単位格子 - β: 90.00 ° / 空間群: P 2 21 21
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 64605 / Number structure factors: 6840 / Fourier space coverage: 74.7 / R sym: 0.185 / R merge: 0.185 / Overall phase error: 0 / Overall phase residual: 1 / Phase error rejection criteria: 60 / High resolution: 1.2 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.2 Å / 殻 - Low resolution: 1.3 Å / 殻 - Number structure factors: 1907 / 殻 - Phase residual: 1 / 殻 - Fourier space coverage: 75.6 / 殻 - Multiplicity: 7.45
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.2 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1fvm


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-7
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7c4u:
MicroED structure of orthorhombic Vancomycin at 1.2 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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