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万見
- EMDB-30278: Helical reconstruction of Dengue virus serotype 3 complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30278
タイトルHelical reconstruction of Dengue virus serotype 3 complexed with Fab C10
マップデータhelical reconstruction of DENV3 complexed with Fab C10
試料
  • 複合体: Helical reconstruction of Dengue virus serotype 3 complexed with Fab C10
    • 複合体: C10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab C10
      • タンパク質・ペプチド: light chain of Fab C10
    • 複合体: Dengue virus serotype 3
      • タンパク質・ペプチド: envelope proteinエンベロープ (ウイルス)
キーワードantibody (抗体) / neutralization / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity ...フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
カプシド / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å
データ登録者Morrone S / Chew SV
資金援助 シンガポール, 2件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: High flavivirus structural plasticity demonstrated by a non-spherical morphological variant.
著者: Seamus R Morrone / Valerie S Y Chew / Xin-Ni Lim / Thiam-Seng Ng / Victor A Kostyuchenko / Shuijun Zhang / Melissa Wirawan / Pau-Ling Chew / Jaime Lee / Joanne L Tan / Jiaqi Wang / Ter Yong ...著者: Seamus R Morrone / Valerie S Y Chew / Xin-Ni Lim / Thiam-Seng Ng / Victor A Kostyuchenko / Shuijun Zhang / Melissa Wirawan / Pau-Ling Chew / Jaime Lee / Joanne L Tan / Jiaqi Wang / Ter Yong Tan / Jian Shi / Gavin Screaton / Marc C Morais / Shee-Mei Lok /
要旨: Previous flavivirus (dengue and Zika viruses) studies showed largely spherical particles either with smooth or bumpy surfaces. Here, we demonstrate flavivirus particles have high structural ...Previous flavivirus (dengue and Zika viruses) studies showed largely spherical particles either with smooth or bumpy surfaces. Here, we demonstrate flavivirus particles have high structural plasticity by the induction of a non-spherical morphology at elevated temperatures: the club-shaped particle (clubSP), which contains a cylindrical tail and a disc-like head. Complex formation of DENV and ZIKV with Fab C10 stabilize the viruses allowing cryoEM structural determination to ~10 Å resolution. The caterpillar-shaped (catSP) Fab C10:ZIKV complex shows Fabs locking the E protein raft structure containing three E dimers. However, compared to the original spherical structure, the rafts have rotated relative to each other. The helical tail structure of Fab C10:DENV3 clubSP showed although the Fab locked an E protein dimer, the dimers have shifted laterally. Morphological diversity, including clubSP and the previously identified bumpy and smooth-surfaced spherical particles, may help flavivirus survival and immune evasion.
履歴
登録2020年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7c2s
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7c2s
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30278.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30278.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈helical reconstruction of DENV3 complexed with Fab C10
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-2.4628282 - 5.963961
平均 (標準偏差)0.000000003710306 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 437.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.711.711.71
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z437.760437.760437.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ777686
NX/NY/NZ10710993
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.4635.9640.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Helical reconstruction of Dengue virus serotype 3 complexed with ...

全体名称: Helical reconstruction of Dengue virus serotype 3 complexed with Fab C10
要素
  • 複合体: Helical reconstruction of Dengue virus serotype 3 complexed with Fab C10
    • 複合体: C10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab C10
      • タンパク質・ペプチド: light chain of Fab C10
    • 複合体: Dengue virus serotype 3
      • タンパク質・ペプチド: envelope proteinエンベロープ (ウイルス)

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超分子 #1: Helical reconstruction of Dengue virus serotype 3 complexed with ...

超分子名称: Helical reconstruction of Dengue virus serotype 3 complexed with Fab C10
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: C10 Fab

超分子名称: C10 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Dengue virus serotype 3

超分子名称: Dengue virus serotype 3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)

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分子 #1: envelope protein

分子名称: envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
分子量理論値: 43.322457 KDa
配列文字列: MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNITT DSRCPTQGEA ILPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLESIEGKV VQHENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST ...文字列:
MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNITT DSRCPTQGEA ILPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLESIEGKV VQHENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST VEAILPEYGT LGLECSPRTG LDFNEMILLT MKNKAWMVHR QWFFDLPLPW TSGATTETPT WNRKELLVTF KN AHAKKQE VVVLGSQEGA MHTALTGATE IQNSGGTSIF AGHLKCRLKM DKLELKGMSY AMCLNTFVLK KEVSETQHGT ILI KVEYKG EDAPCKIPFS TEDGQGKAHN GRLITANPVV TKKEEPVNIE AEPPFGESNI VIGIGDKALK INWYKKGS

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Heavy chain of Fab C10

分子名称: Heavy chain of Fab C10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.487058 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYAMHWVRQA PGQRLEWMGW INAGNGNTKY SQKFQDRVTI TRDTSASTAY MELSSLRSE DTAIYYCARD KVDDYGDYWF PTLWYFDYWG QGTLVTVS

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分子 #3: light chain of Fab C10

分子名称: light chain of Fab C10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.298362 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SALTQPASVS GSPGQSITIS CTGTSSDVGG FNYVSWFQQH PGKAPKLMLY DVTSRPSGVS SRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADYYC SSHTSRGTWV FGGGTKLTVL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 18.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 18.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 102.3 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 7051

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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