+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30234 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase complex EmbB2-AcpM2 in substrate DPA bound asymmetric "active state | |||||||||
マップデータ | half map B from cryoSPARC | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Mycobacterium tuberculosis / EmbB / cryo-EM / ethambutol / cell wall synthesis / arabinoglacatan / arabinosyltransferase / acyl-carrier-protein / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 indolylacetylinositol arabinosyltransferase / indolylacetylinositol arabinosyltransferase activity / arabinosyltransferase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / lipid A biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / acyl binding / acyl carrier activity / cell wall organization / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao RG / Zhang L | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM snapshots of mycobacterial arabinosyltransferase complex EmbB-AcpM. 著者: Lu Zhang / Yao Zhao / Ruogu Gao / Jun Li / Xiuna Yang / Yan Gao / Wei Zhao / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Kajelle Kaur Besra / Wenqing Xu / Lijun Bi / Xian'en Zhang / ...著者: Lu Zhang / Yao Zhao / Ruogu Gao / Jun Li / Xiuna Yang / Yan Gao / Wei Zhao / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Kajelle Kaur Besra / Wenqing Xu / Lijun Bi / Xian'en Zhang / Luke W Guddat / Haitao Yang / Quan Wang / Gurdyal S Besra / Zihe Rao / 要旨: Inhibition of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) cell wall assembly is an established strategy for anti-TB chemotherapy. Arabinosyltransferase EmbB, which catalyzes the transfer of arabinose from the ...Inhibition of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) cell wall assembly is an established strategy for anti-TB chemotherapy. Arabinosyltransferase EmbB, which catalyzes the transfer of arabinose from the donor decaprenyl-phosphate-arabinose (DPA) to its arabinosyl acceptor is an essential enzyme for Mtb cell wall synthesis. Analysis of drug resistance mutations suggests that EmbB is the main target of the front-line anti-TB drug, ethambutol. Herein, we report the cryo-EM structures of Mycobacterium smegmatis EmbB in its "resting state" and DPA-bound "active state". EmbB is a fifteen-transmembrane-spanning protein, assembled as a dimer. Each protomer has an associated acyl-carrier-protein (AcpM) on their cytoplasmic surface. Conformational changes upon DPA binding indicate an asymmetric movement within the EmbB dimer during catalysis. Functional studies have identified critical residues in substrate recognition and catalysis, and demonstrated that ethambutol inhibits transferase activity of EmbB by competing with DPA. The structures represent the first step directed towards a rational approach for anti-TB drug discovery. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30234.map.gz | 59.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30234-v30.xml emd-30234.xml | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30234_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30234.png | 136.5 KB | ||
マスクデータ | emd_30234_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-30234.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_30234_additional.map.gz emd_30234_half_map_1.map.gz emd_30234_half_map_2.map.gz | 28.8 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30234 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30234 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30234_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_30234_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30234_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30234_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30234 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30234 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30234.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map B from cryoSPARC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_30234_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: mask used in refinement from cryoSPARC
ファイル | emd_30234_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | mask used in refinement from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A from cryoSPARC
ファイル | emd_30234_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map A from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B from cryoSPARC
ファイル | emd_30234_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map B from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mycobacterial Arabinosyltransferase Complex EmbB2-AcpM2
全体 | 名称: Mycobacterial Arabinosyltransferase Complex EmbB2-AcpM2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Mycobacterial Arabinosyltransferase Complex EmbB2-AcpM2
超分子 | 名称: Mycobacterial Arabinosyltransferase Complex EmbB2-AcpM2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 254 kDa/nm |
-分子 #1: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
分子 | 名称: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: indolylacetylinositol arabinosyltransferase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 116.870289 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSGNMDEAVS GNMDEAVSAG KDVRIARWVA TIAGLLGFVL SVSIPLLPVT QTTATLNWPQ QGRLDNVTAP LISQAPLELT ATVPCSVVR DLPPEGGLVF GTAPAEGRDA ALNAMLVNVT ETRVDVIVRN VVVASVNRDR VAGPDCQRIE ITSNLDGTYA D FVGLTQIS ...文字列: MSGNMDEAVS GNMDEAVSAG KDVRIARWVA TIAGLLGFVL SVSIPLLPVT QTTATLNWPQ QGRLDNVTAP LISQAPLELT ATVPCSVVR DLPPEGGLVF GTAPAEGRDA ALNAMLVNVT ETRVDVIVRN VVVASVNRDR VAGPDCQRIE ITSNLDGTYA D FVGLTQIS GEDAGKLQRT GYPDPNLRPA IVGVFTDLTG PAPQGLSVSA EIDTRFTTHP TALKLAAMLL AIVSTVIALL AL WRLDRLD GRRMHRLIPT RWRTVTAVDG VVVGGMAIWY VIGANSSDDG YILQMARTAE HAGYMANYFR WFGSPEDPFG WYY NVLALM TKVSDASIWI RLPDLICALI CWLLLSREVL PRLGPAVAGS RAAMWAAGLV LLGAWMPFNN GLRPEGQIAT GALI TYVLI ERAVTSGRLT PAALAITTAA FTLGIQPTGL IAVAALLAGG RPILRIVMRR RRLVGTWPLI APLLAAGTVI LAVVF ADQT IATVLEATRI RTAIGPSQEW WTENLRYYYL ILPTTDGAIS RRVAFVFTAM CLFPSLFMML RRKHIAGVAR GPAWRL MGI IFATMFFLMF TPTKWIHHFG LFAAVGGAMA ALATVLVSPT VLRSARNRMA FLSLVLFVLA FCFASTNGWW YVSNFGA PF NNSVPKVGGV QISAIFFALS AIAALWAFWL HLTRRTESRV VDRLTAAPIP VAAGFMVVVM MASMAIGVVR QYPTYSNG W ANIRAFAGGC GLADDVLVEP DSNAGFLTPL PGAYGPLGPL GGEDPQGFSP DGVPDRIIAE AIRLNNPQPG TDYDWNRPI KLDEPGINGS TVPLPYGLDP KRVPVAGTYS TEAQQESRLS SAWYELPARD ETERAAHPLV VITAAGTITG ESVANGLTTG QTVDLEYAT RGPDGTLVPA GRVTPYDVGP TPSWRNLRYP RSEIPDDAVA VRVVAEDLSL SQGDWIAVTP PRVPELQSVQ E YVGSDQPV LMDWAVGLAF PCQQPMLHAN GVTEVPKFRI SPDYYAKLQS TDTWQDGING GLLGITDLLL RASVMSTYLS QD WGQDWGS LRKFDTVVEA TPAELDFGSQ THSGLYSPGP LRIRP UniProtKB: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB |
-分子 #2: Meromycolate extension acyl carrier protein
分子 | 名称: Meromycolate extension acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 10.743876 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MAATQEEIIA GLAEIIEEVT GIEPSEVTPE KSFVDDLDID SLSMVEIAVQ TEDKYGVKIP DEDLAGLRTV GDVVAYIQKL EEENPEAAA ALREKFAADQ UniProtKB: Meromycolate extension acyl carrier protein |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CA |
---|---|
分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: [(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decameth...
分子 | 名称: [(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: F8L |
---|---|
分子量 | 理論値: 911.28 Da |
Chemical component information | ChemComp-F8L: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |