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- PDB-2y1x: CRYSTAL STRUCTURE OF COACTIVATOR ASSOCIATED ARGININE METHYLTRANSF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y1x
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF COACTIVATOR ASSOCIATED ARGININE METHYLTRANSFERASE 1 (CARM1) IN COMPLEX WITH SINEFUNGIN AND INDOLE INHIBITOR
要素HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
キーワードTRANSFERASE / HISTONE MODIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process ...histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / response to cAMP / positive regulation of fat cell differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / beta-catenin binding / RMTs methylate histone arginines / methylation / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich ...Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-845 / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sack, J.S. / Thieffine, S. / Bandiera, T. / Fasolini, M. / Duke, G.J. / Jayaraman, L. / Kish, K.F. / Klei, H.E. / Purandare, A.V. / Rosettani, P. ...Sack, J.S. / Thieffine, S. / Bandiera, T. / Fasolini, M. / Duke, G.J. / Jayaraman, L. / Kish, K.F. / Klei, H.E. / Purandare, A.V. / Rosettani, P. / Troiani, S. / Xie, D. / Bertrand, J.A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Carm1 Inhibition by Indole and Pyrazole Inhibitors
著者: Sack, J.S. / Thieffine, S. / Bandiera, T. / Fasolini, M. / Duke, G.J. / Jayaraman, L. / Kish, K.F. / Klei, H.E. / Purandare, A.V. / Rosettani, P. / Troiani, S. / Xie, D. / Bertrand, J.A.
履歴
登録2010年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42025年12月10日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
B: HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
C: HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
D: HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,58916
ポリマ－157,9204
非ポリマー3,66912
水8,287460
1
B: HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
D: HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7948
ポリマ－78,9602
非ポリマー1,8356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-43.6 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
2
A: HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
C: HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7948
ポリマ－78,9602
非ポリマー1,8356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-43.9 kcal/mol
Surface area25450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.558, 98.757, 207.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1 / CARM1 / COACTIVATOR-ASSOCIATED ARGININE METHYLTRANSFERASE 1 / PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 4


分子量: 39479.910 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 135-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MM294(DE3) / 参照: UniProt: Q86X55, EC: 2.1.1.125
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-845 / N-(3-{5-[5-(1H-INDOL-4-YL)-1,3,4-OXADIAZOL-2-YL]-3-(TRIFLUOROMETHYL)-1H-PYRAZOL-1-YL}BENZYL)-L-ALANINAMIDE


分子量: 497.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22F3N7O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 20-30% PEG 2000K, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 0.2 M TRIMETHYLAMINE N-OXIDE DIHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 61230 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.41
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INTERNAL STRUCTURE OF CARM1

解像度: 2.4→29.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2727506.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3057 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.21 61211 99.3 %-
all-61211 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.1039 Å2 / ksol: 0.320394 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.84 Å20 Å20 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----8.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10980 0 252 460 11692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.882.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 470 4.7 %
Rwork0.287 9633 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4293.PAR293.TOP
X-RAY DIFFRACTION5SAH.PARSAH.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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