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- PDB-2xlt: Joint-functions of protein residues and NADP(H) in oxygen-activat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xlt
タイトルJoint-functions of protein residues and NADP(H) in oxygen-activation by flavin-containing monooxygenase: complex with 3-Acetylpyridine adenine dinucleotide phosphate (APADP)
要素FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRIMETHYAMINURIA
機能・相同性
機能・相同性情報


trimethylamine monooxygenase / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 3-ACETYLPYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Trimethylamine monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種METHYLOPHAGA AMINISULFIDIVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Orru, R. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2010
タイトル: Joint functions of protein residues and NADP(H) in oxygen activation by flavin-containing monooxygenase.
著者: Orru, R. / Pazmino, D.E. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A.
履歴
登録2010年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
B: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
C: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
D: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,78230
ポリマ－213,3634
非ポリマー8,41926
水19,7081094
1
B: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
C: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,71914
ポリマ－106,6822
非ポリマー4,03712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
ΔGint-7.2 kcal/mol
Surface area32160 Å2
手法PISA
2
A: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
D: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,06316
ポリマ－106,6822
非ポリマー4,38214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint-2.8 kcal/mol
Surface area32250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.748, 219.748, 130.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 501
2114B1 - 501
3114C1 - 501
4114D1 - 501

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE


分子量: 53340.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHYLOPHAGA AMINISULFIDIVORANS (バクテリア)
株: SK1 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83XK4, EC: 1.14.13.8

-
非ポリマー , 5種, 1120分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NA0 / 3-ACETYLPYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / [[(2S,3R,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3-HYDROXY-4-PHOSPHONOOXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] [(2S,3S,4R,5R)-5-(3-ETHANOYLPYRIDIN-1-IUM-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL PHOSPHATE


分子量: 742.417 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N6O17P3
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1094 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.14 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING MICROBATCH TECHNIQUE UNDER 100% PARAFFIN OIL AT 4 C BY MIXING EQUAL VOLUMES OF 8 MG PROTEIN/ML IN 25 MM TRIS/HCL PH 8.0, 250 MM NACL, 1 MM NADP (OR ANALOGUE), AND ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING MICROBATCH TECHNIQUE UNDER 100% PARAFFIN OIL AT 4 C BY MIXING EQUAL VOLUMES OF 8 MG PROTEIN/ML IN 25 MM TRIS/HCL PH 8.0, 250 MM NACL, 1 MM NADP (OR ANALOGUE), AND 20% (W/V) PEG4000 IN 100 MM NA/HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→63 Å / Num. obs: 180729 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VQ7

2vq7


解像度: 2.2→61.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.368 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20232 9065 5 %RANDOM
Rwork0.17379 ---
obs0.17521 171642 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.627 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0.18 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→61.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14640 0 554 1094 16288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02215671
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.96921307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.34251780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96423.776784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.415152428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3091584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.22136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6531.58892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.307214340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14436779
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3734.56967
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3761 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.260.5
2Bmedium positional0.240.5
3Cmedium positional0.220.5
4Dmedium positional0.220.5
1Amedium thermal0.672
2Bmedium thermal0.732
3Cmedium thermal0.582
4Dmedium thermal0.62
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 660 -
Rwork0.197 12464 -
obs--98.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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