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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x0j | |||||||||
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タイトル | 2.8 A RESOLUTION STRUCTURE OF MALATE DEHYDROGENASE FROM ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS IN COMPLEX WITH ETHENO-NAD | |||||||||
要素 | MALATE DEHYDROGENASE | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / HYPERTHERMOPHILIC / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS DSM 4304 (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.786 Å | |||||||||
データ登録者 | Irimia, A. / Madern, D. / Zaccai, G. / Vellieux, F.M. / Karshikoff, A. / Tibbelin, G. / Ladenstein, R. / Lien, T. / Birkeland, N.K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: The 2.9A Resolution Crystal Structure of Malate Dehydrogenase from Archaeoglobus Fulgidus: Mechanisms of Oligomerisation and Thermal Stabilisation. 著者: Irimia, A. / Vellieux, F.M.D. / Madern, D. / Zaccai, G. / Karshikoff, A. / Tibbelin, G. / Ladenstein, R. / Lien, T. / Birkeland, N.K. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Differences in the Oligomeric States of the Ldh-Like L-Maldh from the Hyperthermophilic Archaea Methanococcus Jannaschii and Archaeoglobus Fulgidus. 著者: Madern, D. / Ebel, C. / Dale, H.A. / Lien, T. / Steen, I.H. / Birkeland, N.-K. / Zaccai, G. #2: ジャーナル: Arch.Microbiol. / 年: 1997 タイトル: Properties and Primary Structure of a Thermostable L-Malate Dehydrogenase from Archaeoglobus Fulgidus 著者: Langelandsvik, A.S. / Steen, I.H. / Birkeland, N.K. / Lien, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2x0j.cif.gz | 129.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2x0j.ent.gz | 101.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2x0j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2x0j_validation.pdf.gz | 712.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2x0j_full_validation.pdf.gz | 722 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2x0j_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2x0j_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/2x0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/2x0j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31913.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS DSM 4304 (古細菌) プラスミド: PSJS1240 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ONE SHOT / 参照: UniProt: O08349, malate dehydrogenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ENA / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4 詳細: INITIAL PROTEIN DROPLET: 22 MG/ML PROTEIN, 10 MM ETHENO-NAD RESERVOIR: 1.6 % (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 8000, 0.8 M LISO4 DROPLET: EQUAL VOLUMES OF INITIAL PROTEIN DROPLET AND RESERVOIR, pH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→35.8 Å / Num. obs: 10861 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 15.5 % / Biso Wilson estimate: 67.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 43.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.79→2.89 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 12.7 / % possible all: 71 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.786→35.731 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 2.21 / 位相誤差: 22.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.512 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 73.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.786→35.731 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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