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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wvp | ||||||
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タイトル | Synthetically modified OmpG | ||||||
要素 | OUTER MEMBRANE PROTEIN G | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ION-CHANNEL ENGINEERING / OMPG HYBRIDS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbohydrate transmembrane transport / oligosaccharide transporting porin activity / maltose transporting porin activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Grosse, W. / Reiss, P. / Reitz, S. / Cebi, M. / Luebben, W. / Koert, U. / Essen, L.-O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural and Functional Characterization of a Synthetically Modified Ompg. 著者: Grosse, W. / Reiss, P. / Reitz, S. / Cebi, M. / Luebben, W. / Koert, U. / Essen, L.-O. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wvp.cif.gz | 132.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wvp.ent.gz | 103 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wvp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wvp_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wvp_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2wvp_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wvp_validation.cif.gz | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2f1cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33574.172 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Y209C MUTANT CHEMICALLY MODIFIED WITH N-(2-ETHYL-IODO-ACETAMIDE)-DANSYL 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PET20B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) OMP9 / 参照: UniProt: P76045 | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-420 / | ||||||||
#3: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | 非ポリマーの詳細 | N-OCTYLTETRAOXYETHYLENE (EDO): PARTIAL ELECTRON DENSITY OF N-OCTYLTETRAOXYETHYLENE WAS MODELED WITH ...N-OCTYLTETRA | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.61 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.75 詳細: 50 MM CACODYLATE, PH 5.75, 1.2 M SODIUM FORMATE AND 28% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9755 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9755 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 15345 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2F1C 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 21.587 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE ONLY. U VALUES HAVE BEEN REFINED RESIDUAL ONLY. THERE ARE THREE GAPS IN DISORDERED LOOPS ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE ONLY. U VALUES HAVE BEEN REFINED RESIDUAL ONLY. THERE ARE THREE GAPS IN DISORDERED LOOPS ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.306 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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