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万見
- PDB-2rcr: STRUCTURE OF THE MEMBRANE-BOUND PROTEIN PHOTOSYNTHETIC REACTION C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rcr
タイトルSTRUCTURE OF THE MEMBRANE-BOUND PROTEIN PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES
要素(PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER ...Photosynthetic reaction centre) x 3
キーワードPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
機能・相同性
機能・相同性情報


: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / イレギュラー / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
バクテリオクロロフィル / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chang, C.-H. / Norris, J. / Schiffer, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Structure of the membrane-bound protein photosynthetic reaction center from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Chang, C.H. / el-Kabbani, O. / Tiede, D. / Norris, J. / Schiffer, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Comparison of Reaction Centers from Rhodobacter Sphaeroides and Rhodobacter Viridis: Overall Architecture and Protein-Pigment Interactions
著者: El-Kabbani, O. / Chang, C.-H. / Tiede, D. / Norris, J. / Schiffer, M.
履歴
登録1991年2月4日処理サイト: BNL
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (L SUBUNIT)
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (M SUBUNIT)
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (H SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,01812
ポリマ－93,8113
非ポリマー7,2079
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31740 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area35450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.200, 139.600, 78.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES PRO M 48 AND PRO H 41 ARE CIS PROLINES.

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要素

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PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER ... , 3種, 3分子 LMH

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (L SUBUNIT)


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS
#2: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (M SUBUNIT)


分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS
#3: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (H SUBUNIT)


分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS

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非ポリマー , 4種, 9分子

#4: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#5: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン / フェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#6: 化合物 ChemComp-UQ / Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#7: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.44 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %(w/v)PEG40001drop
20.3 M1dropNaCl
310 mMTris-HCl1drop
40.8 %n-octyl-beta-D-glucopyranoside1drop
51 mMEDTA1drop
625 %(w/v)PEG40001reservoir
70.3 M1reservoirNaCl
810 mMPEG40001reservoir
91 mMEDTA1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 13493 / Observed criterion σ(F): 2.5 / Rmerge F obs: 0.09 / Num. measured all: 22866

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.22 / 最高解像度: 3.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6558 0 491 0 7049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1430.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2630.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2960.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2450.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.53
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 13493 / σ(F): 2.5 / Rfactor obs: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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