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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qw1 | ||||||
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タイトル | Glucose/galactose binding protein bound to 3-O-methyl D-glucose | ||||||
![]() | D-galactose-binding periplasmic protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / PERIPLASMIC BINDING PROTEIN / ANTAGONIST / CHEMOTAXIS / TRANSPORT / GGBP / 3-O-METHYL GLUCOSE / Sugar transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() methylgalactoside transport / galactose transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / calcium ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Borrok, M.J. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based design of a periplasmic binding protein antagonist that prevents domain closure. 著者: Borrok, M.J. / Zhu, Y. / Forest, K.T. / Kiessling, L.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2fw0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33407.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 糖 | ChemComp-3MG / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.0 M ammonium sulfate and 0.05 M sodium citrate dehydrate, 3-O-methyl glucose (5mM) was soaked in. 2.5 M Na Malonate cryoprotectant, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月25日 |
放射 | モノクロメーター: GLOEBEL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 52428 / Num. obs: 47220 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.31 % / Rsym value: 0.0341 / Net I/σ(I): 25.15 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 2.11 % / Mean I/σ(I) obs: 3.82 / Num. unique all: 1972 / Rsym value: 0.2589 / % possible all: 56.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2FW0 解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.533 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.1874 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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