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万見
- PDB-2qve: Crystal Structure of SgTAM bound to mechanism based inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qve
タイトルCrystal Structure of SgTAM bound to mechanism based inhibitor
要素Tyrosine Aminomutase
キーワードTRANSFERASE / MIO / Aminomutase / enediyne
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine 2,3-aminomutase / L-tyrosine 2,3-aminomutase activity / tyrosine ammonia-lyase / tyrosine ammonia-lyase activity / histidine ammonia-lyase activity / toxin biosynthetic process / L-histidine catabolic process / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Tyrosine 2,3-aminomutase, putative / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal ...Tyrosine 2,3-aminomutase, putative / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-247 / MIO-dependent tyrosine 2,3-aminomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces globisporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Christianson, C.V. / Montavon, T.J. / Bruner, S.D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Design and characterization of mechanism-based inhibitors for the tyrosine aminomutase SgTAM
著者: Montavon, T.J. / Christianson, C.V. / Festin, G.M. / Shen, B. / Bruner, S.D.
履歴
登録2007年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine Aminomutase
B: Tyrosine Aminomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3414
ポリマ－113,9072
非ポリマー4342
水7,512417
1
A: Tyrosine Aminomutase
B: Tyrosine Aminomutase
ヘテロ分子

A: Tyrosine Aminomutase
B: Tyrosine Aminomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,6828
ポリマ－227,8134
非ポリマー8694
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area35710 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area54220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.435, 145.863, 75.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1164-

HOH

21B-1196-

HOH

詳細The biological unit is the tetramer which is generated by the two fold axix: -x, -y, z (2_555)

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine Aminomutase / E.C.5.4.3.6 / Putative ammonia lyase/transferase


分子量: 56953.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces globisporus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GMG0, tyrosine 2,3-aminomutase
#2: 化合物 ChemComp-247 / (3R)-3-amino-2,2-difluoro-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid


分子量: 217.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9F2NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 4.2 M Sodium Formate, 100 mM TMAO, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 69074 / Num. obs: 67948 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 2.903 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 6758 / Χ2: 5.315 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OHY

2ohy


解像度: 2→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 6542 9.4 %
Rwork0.194 --
all-69021 -
obs-64732 93.5 %
溶媒の処理Bsol: 66.804 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.427 Å20 Å20 Å2
2--7.992 Å20 Å2
3----3.565 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8014 0 30 417 8461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9332
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7592.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.070.66X-RAY DIFFRACTION675899.1
2.07-2.150.45X-RAY DIFFRACTION680399.6
2.25-2.370.27X-RAY DIFFRACTION683899.8
2.52-2.710.18X-RAY DIFFRACTION6885100
2.99-3.420.078X-RAY DIFFRACTION6931100
4.3-250.042X-RAY DIFFRACTION726399.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1btyr.param
X-RAY DIFFRACTION2protein_rep_MDO_7.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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