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万見
- PDB-2ky7: NMR Structural Studies on the Covalent DNA Binding of a Pyrrolobe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ky7
タイトルNMR Structural Studies on the Covalent DNA Binding of a Pyrrolobenzodiazepine-Naphthalimide Conjugate
要素5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3'
キーワードDNA / DNA duplex / Pyrrolobenzodiazepine / PBD-naphthalimide hybrid / DNA-drug complex
機能・相同性Chem-HY2 / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average and energy minimized, model 1
データ登録者Rettig, M. / Langel, W. / Kamal, A. / Weisz, K.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2010
タイトル: NMR structural studies on the covalent DNA binding of a pyrrolobenzodiazepine-naphthalimide conjugate
著者: Rettig, M. / Langel, W. / Kamal, A. / Weisz, K.
履歴
登録2010年5月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6843
ポリマ－6,0862
非ポリマー5981
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210.2 Å2
ΔGint-4.7 kcal/mol
Surface area3968.6 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 20000representative conformers of production runs
代表モデルモデル #1closest to the average and energy minimized

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3'


分子量: 3043.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-HY2 / 2-{2-[4-(3-{[(11aS)-7-methoxy-5-oxo-2,3,5,10,11,11a-hexahydro-1H-pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepin-8-yl]oxy}propyl)piperazin-1-yl]ethyl}-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione


分子量: 597.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H39N5O5
非ポリマーの詳細THE LIGAND HY2 IS REFERRED AS PBD-NAPHTHALIMIDE HYBRID IN THE ARTICLE. THE HY2 IS NEUTRAL BUT ...THE LIGAND HY2 IS REFERRED AS PBD-NAPHTHALIMIDE HYBRID IN THE ARTICLE. THE HY2 IS NEUTRAL BUT BECAME PROTONATED WHEN BOUND TO DNA IN THE BUFFER USED. IN THIS ENTRY, EXTRA HYDROGEN HN16 IS INCLUDED TO THE COMPLEX COORDINATES.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
2222D 1H-1H NOESY
2322D DQF-COSY
2422D 1H-1H TOCSY
2522D-1H-1H ROESY
2622D 31P-1H HETCOR

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3'); 1mM Pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine-Naphthalimide Hybrid; 100mM sodium chloride; 20mM sodium phosphate; 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3'); 1mM Pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine-Naphthalimide Hybrid; 100mM sodium chloride; 20mM sodium phosphate; 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMDNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3')-11
1 mMPyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine-Naphthalimide Hybrid-21
100 mMsodium chloride-31
20 mMsodium phosphate-41
1 mMDNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3')-52
1 mMPyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine-Naphthalimide Hybrid-62
100 mMsodium chloride-72
20 mMsodium phosphate-82
試料状態イオン強度: 0.28 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmrestrained molecular dynamics
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average and energy minimized
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: representative conformers of production runs
計算したコンフォーマーの数: 20000 / 登録したコンフォーマーの数: 5 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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