PDB-2hw5: The crystal structure of human enoyl-coenzyme A (CoA) hydratase s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hw5

タイトル

The crystal structure of human enoyl-coenzyme A (CoA) hydratase short chain 1, ECHS1

要素

Enoyl-CoA hydratase

キーワード

LYASE / fatty acid metabolism / hydratase/isomerase superfamily / Beta-oxidation / CoA / enoyl-CoA hydratase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / Beta oxidation of lauroyl-CoA to decanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / enoyl-CoA hydratase / Branched-chain amino acid catabolism / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Turnbull, A.P. / Salah, E. / Niesen, F. / Debreczeni, J. / Ugochukwu, E. / Pike, A.C.W. / Kavanagh, K. / Gileadi, O. / Gorrec, F. / Umeano, C. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human enoyl-coenzyme A (CoA) hydratase short chain 1, ECHS1
著者: Turnbull, A.P. / Salah, E. / Niesen, F. / Debreczeni, J. / Ugochukwu, E. / Pike, A.C.W. / Kavanagh, K. / Gileadi, O. / Gorrec, F. / Umeano, C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Edwards, A. / ...

履歴

登録	2006年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hw5.cif.gz	289.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hw5.ent.gz	232.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hw5_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hw5_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2hw5_validation.xml.gz	52.8 KB	表示
CIF形式データ	2hw5_validation.cif.gz	71.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/2hw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/2hw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dubS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zai-d 4fjw-2 2qq3-1 6ojm-2 3pzk-2 1mj3-d 4jyl-d 3h81-1 2qq3-2 5z7r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase

B: Enoyl-CoA hydratase

C: Enoyl-CoA hydratase

D: Enoyl-CoA hydratase

E: Enoyl-CoA hydratase

F: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

188 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.554, 97.344, 231.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase / Short chain enoyl-CoA hydratase / SCEH / Enoyl-CoA hydratase 1 分子量: 31077.586 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ECHS1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)R3 / 参照: UniProt: P30084, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-COO / CROTONYL COENZYME A 分子量: 835.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₇O₁₇P₃S

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M sodium formate, 0.1M Bis-Tris propane, 20 % PEG3350, 10 % Ethylene Glycol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月12日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 66696 / Num. obs: 66696 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.55→2.64 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DUB

1dub

解像度: 2.55→29.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 24.35 / SU ML: 0.237 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25165	3359	5 %	RANDOM
R_work	0.21425	-	-	-
all	0.21614	63265	-	-
obs	0.21614	63265	97.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.522 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11455	0	74	0	11529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	11715
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.116	1.969	15858
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.846	3	18676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.821	5	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.973	25.665	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.344	15	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.044	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	7840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	6012
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	5971
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.079	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.2	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.405	1.5	7976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.064	1.5	3208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.684	2	12248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.061	3	4250
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.715	4.5	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	246	-
R_work	0.313	4527	-
obs	-	-	96.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2171	-0.3858	-0.394	1.2845	-0.5149	1.5963	0.0813	0.0841	0.1348	0.0697	-0.0563	0.2471	-0.0983	-0.4204	-0.0251	-0.221	-0.0059	0.0586	-0.1745	-0.0892	-0.0931	-20.1805	74.4585	68.7048
2	1.2646	-0.2467	-0.6638	1.1858	-0.4374	1.9043	0.0487	-0.3639	-0.1158	0.2883	-0.1058	-0.1521	0.212	0.1531	0.0571	-0.0985	-0.1282	0.0086	-0.2066	0.0015	-0.1419	-6.0681	33.4329	80.0081
3	1.7755	-0.4717	-0.5116	0.8826	0.338	1.4735	0.1642	0.1621	0.1119	-0.0722	-0.1489	0.2392	0.064	-0.4921	-0.0153	-0.2083	-0.0776	0.0446	-0.0723	-0.047	-0.0847	-31.3505	43.3246	63.4931
4	1.2636	0.091	-0.4478	0.5614	-0.9359	2.2302	0.0835	-0.2643	0.0912	0.3402	-0.2097	-0.2611	0.0213	0.256	0.1262	-0.0735	-0.0865	-0.0176	-0.1531	-0.0642	-0.0973	1.1796	64.483	90.0113
5	2.2007	0.1536	0.5859	1.2115	-0.2515	2.2467	0.017	-0.5299	-0.1187	0.4739	-0.0126	0.3302	0.1658	-0.6804	-0.0044	0.0658	-0.215	0.2086	0.1297	-0.0235	-0.0509	-33.9085	37.3003	94.8131
6	1.8657	0.1621	0.3013	1.2597	0.3804	1.8788	-0.0031	-0.4424	0.0977	0.5539	-0.1031	0.3002	-0.1407	-0.4128	0.1063	0.0773	-0.0514	0.2056	0.053	-0.1751	-0.0907	-29.0135	70.3318	99.303

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	31 - 290	27 - 286
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	31 - 290	27 - 286
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	31 - 290	27 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	31 - 290	27 - 286
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	31 - 290	27 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	31 - 290	27 - 286

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