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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hop | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an E. coli thi-box riboswitch bound to pyrithiamine | ||||||
![]() | thi-box riboswitch | ||||||
![]() | RNA / riboswitch | ||||||
機能・相同性 | Chem-218 / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Edwards, T.E. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of the Thi-Box Riboswitch Bound to Thiamine Pyrophosphate Analogs Reveal Adaptive RNA-Small Molecule Recognition 著者: Edwards, T.E. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 26798.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: in vitro T7 RNA polymerase with 5'cis-hammerhead ribozyme and 5'-trans VS ribozyme | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-218 / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: grown: 30% PEG 2000, 0.2 M NH4Cl, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, 15 mM CaCl2; 0.5 mM PT, 0.5 mM spermine, 100 mM KCl, 3 mM MgCl2; cryo: above with 20% sucrose; 680 x 80 x 80 um xtal., VAPOR ...詳細: grown: 30% PEG 2000, 0.2 M NH4Cl, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, 15 mM CaCl2; 0.5 mM PT, 0.5 mM spermine, 100 mM KCl, 3 mM MgCl2; cryo: above with 20% sucrose; 680 x 80 x 80 um xtal., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→15 Å / Num. all: 3231 / Num. obs: 2978 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 303 / % possible all: 92.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å
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拘束条件 |
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