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- PDB-2gvc: Crystal structure of flavin-containing monooxygenase (FMO)from S.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gvc
タイトルCrystal structure of flavin-containing monooxygenase (FMO)from S.pombe and substrate (methimazole) complex
要素monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FMO / FAD / methimazole / oxygenase / PSI / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / cellular detoxification / FAD binding / monooxygenase activity / NADP binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
: / Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 1-METHYL-1,3-DIHYDRO-2H-IMIDAZOLE-2-THIONE / HYDROGEN PEROXIDE / Thiol-specific monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Eswaramoorthy, S. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Mechanism of action of a flavin-containing monooxygenase.
著者: Eswaramoorthy, S. / Bonanno, J.B. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2006年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: monooxygenase
B: monooxygenase
D: monooxygenase
E: monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,82120
ポリマ－200,7184
非ポリマー4,10316
水9,674537
1
A: monooxygenase
B: monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,41110
ポリマ－100,3592
非ポリマー2,0528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area35430 Å2
手法PISA
2
D: monooxygenase
E: monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,41110
ポリマ－100,3592
非ポリマー2,0528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area35520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.700, 84.450, 113.510
Angle α, β, γ (deg.)107.73, 90.76, 106.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質
monooxygenase


分子量: 50179.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HFE4

-
非ポリマー , 5種, 553分子

#2: 化合物
ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-MMZ / 1-METHYL-1,3-DIHYDRO-2H-IMIDAZOLE-2-THIONE / METHIMAZOLE


分子量: 114.169 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N2S / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 3350, Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→50 Å / Num. all: 112153 / Num. obs: 112153 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Num. unique all: 9155 / % possible all: 75.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1VQW

1vqw


解像度: 2.22→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The side chain atoms of GLU 444 were not modeled due to lack of electron density.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2645 4254 RANDOM
Rwork0.23 --
obs0.23 105205 -
all-105205 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13944 0 272 537 14753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007078
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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