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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gvc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of flavin-containing monooxygenase (FMO)from S.pombe and substrate (methimazole) complex | ||||||
![]() | monooxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FMO / FAD / methimazole / oxygenase / PSI / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / cellular detoxification / FAD binding / NADP binding / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eswaramoorthy, S. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of action of a flavin-containing monooxygenase. 著者: Eswaramoorthy, S. / Bonanno, J.B. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 368.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 299.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABDE
#1: タンパク質 | 分子量: 50179.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 553分子 ![](data/chem/img/PEO.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MMZ.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MMZ.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PEO / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 化合物 | ChemComp-MMZ / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.97 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 3350, Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.22→50 Å / Num. all: 112153 / Num. obs: 112153 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Num. unique all: 9155 / % possible all: 75.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1VQW 解像度: 2.22→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The side chain atoms of GLU 444 were not modeled due to lack of electron density.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→50 Å
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拘束条件 |
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