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万見
- PDB-2gtm: Mutated Mouse P38 MAP Kinase Domain in complex with Inhibitor PG-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gtm
タイトルMutated Mouse P38 MAP Kinase Domain in complex with Inhibitor PG-892579
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / MAP KINASE P38 / P38
機能・相同性
機能・相同性情報


p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / NLRP1 inflammasome complex assembly / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 ...p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / NLRP1 inflammasome complex assembly / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Myogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / response to muramyl dipeptide / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of ossification / chondrocyte differentiation / fatty acid oxidation / striated muscle cell differentiation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / positive regulation of myoblast fusion / cartilage condensation / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / skeletal muscle tissue development / response to dietary excess / positive regulation of myotube differentiation / cellular response to UV-B / mitogen-activated protein kinase p38 binding / NFAT protein binding / cellular response to lipoteichoic acid / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / response to muscle stretch / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of brown fat cell differentiation / pyroptotic inflammatory response / stress-activated MAPK cascade / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / placenta development / osteoclast differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / cell morphogenesis / DNA damage checkpoint signaling / signal transduction in response to DNA damage / Neutrophil degranulation / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / positive regulation of erythrocyte differentiation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / cellular response to tumor necrosis factor / glucose metabolic process / cellular response to virus / protein maturation / positive regulation of protein import into nucleus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / bone development / response to insulin / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / osteoblast differentiation / spindle pole / kinase activity / MAPK cascade / protein autophosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / protein kinase activity / protein phosphorylation / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LID / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Walter, R.L. / Mekel, M.J. / Evdokimov, A.G. / Pokross, M.E. / Sabat, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: The development of novel C-2, C-8, and N-9 trisubstituted purines as inhibitors of TNF-alpha production.
著者: Sabat, M. / Vanrens, J.C. / Clark, M.P. / Brugel, T.A. / Maier, J. / Bookland, R.G. / Laufersweiler, M.J. / Laughlin, S.K. / Golebiowski, A. / De, B. / Hsieh, L.C. / Walter, R.L. / Mekel, M.J. / Janusz, M.J.
履歴
登録2006年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3012
ポリマ－39,9011
非ポリマー4011
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.876, 73.627, 76.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / CRK1


分子量: 39900.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-LID / 8-(2-CHLOROPHENYLAMINO)-2-(2,6-DIFLUOROPHENYLAMINO)-9-ETHYL-9H-PURINE-1,7-DIIUM / 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE


分子量: 400.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15ClF2N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18%(W/V) PEG 1500, 0.1M MES (pH 6.5), streak seed, 1-3 days to maximum size, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 10.2 / 数: 133433 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.92 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27976 / % possible obs: 97
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.095099.410.0291.279
3.254.0910010.0321.043
2.843.2510010.0480.86
2.582.8410010.0750.895
2.392.5899.910.1170.926
2.252.3999.910.1520.889
2.142.2599.810.1950.85
2.052.1498.210.2630.839
1.972.0590.410.330.808
1.91.9781.610.4470.813
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 29034 / Num. obs: 27929 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.970.44723040.81381.6
1.97-2.050.3325690.80890.4
2.05-2.140.26327810.83998.2
2.14-2.250.19528590.8599.8
2.25-2.390.15228270.88999.9
2.39-2.580.11728760.92699.9
2.58-2.840.07528640.895100
2.84-3.250.04828980.86100
3.25-4.090.03229311.043100
4.09-500.02930671.27999.4

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.482 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.509 / Cor.coef. Io to Ic: 0.204
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å52.705 Å
Translation3 Å52.705 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In house

解像度: 1.9→40.8 Å / 交差検証法: R-free / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.261 1323 5% random
Rwork0.212 --
all0.231 29034 -
obs0.214 27323 -
原子変位パラメータBiso mean: 39.005 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2756 0 28 170 2954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.978
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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