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万見
- PDB-2dub: ENOYL-COA HYDRATASE COMPLEXED WITH OCTANOYL-COA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dub
タイトルENOYL-COA HYDRATASE COMPLEXED WITH OCTANOYL-COA
要素2-ENOYL-COA HYDRATASE
キーワードLYASE / HYDRATASE / B-OXIDATION / FATTY ACID DEGRADATION / COA / LIGAND BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta oxidation of lauroyl-CoA to decanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / 3-hydroxypropionyl-CoA dehydratase activity / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / crotonyl-CoA hydratase activity / Branched-chain amino acid catabolism / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity ...Beta oxidation of lauroyl-CoA to decanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / 3-hydroxypropionyl-CoA dehydratase activity / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / crotonyl-CoA hydratase activity / Branched-chain amino acid catabolism / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTANOYL-COENZYME A / Enoyl-CoA hydratase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Engel, C.K. / Wierenga, R.K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of enoyl-CoA hydratase complexed with octanoyl-CoA reveals the structural adaptations required for binding of a long chain fatty acid-CoA molecule.
著者: Engel, C.K. / Kiema, T.R. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of Enoyl-Coenzyme a (Coa) Hydratase at 2.5 Angstroms Resolution: A Spiral Fold Defines the Coa-Binding Pocket
著者: Engel, C.K. / Mathieu, M. / Zeelen, J.P. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
履歴
登録1997年4月28日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
B: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
C: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
D: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
E: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
F: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,50410
ポリマ－169,9296
非ポリマー3,5754
水7,855436
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30860 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area52590 Å2
手法PISA
2
A: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
B: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
C: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
ヘテロ分子

D: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
E: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
F: 2-ENOYL-COA HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,50410
ポリマ－169,9296
非ポリマー3,5754
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y+1/2,-z+3/21
Buried area33190 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area54650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.240, 93.930, 246.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.372575, -0.459915, 0.806018), (-0.40845, 0.861169, 0.302582), (-0.83328, -0.216484, -0.508703)19.62421, -3.6433, 312.66544
2given(-0.370825, -0.406816, -0.834859), (-0.420558, 0.875056, -0.239601), (0.828021, 0.262257, -0.495582)266.18997, 79.6619, 144.9563
3given(0.506413, 0.450402, 0.735312), (0.444545, -0.867054, 0.224939), (0.738868, 0.212967, -0.639311)-118.39311, 106.17987, 177.82094
4given(-0.984507, -0.002313, 0.175331), (0.003334, -0.999979, 0.005529), (0.175315, 0.006028, 0.984494)118.82172, 184.90572, -11.06223
5given(0.199432, 0.417874, -0.886346), (0.40707, -0.858106, -0.312967), (-0.891359, -0.298389, -0.341237)155.55743, 190.96579, 298.80774

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要素

#1: タンパク質
2-ENOYL-COA HYDRATASE / CROTONASE / ENOYL-COA HYDRATASE 1


分子量: 28321.514 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COCRYSTALLIZED WITH OCTANOYL-COA / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIA / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P14604, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物
ChemComp-CO8 / OCTANOYL-COENZYME A / オクタノイル-CoA


分子量: 893.730 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H50N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT BY RIGID-BODY REFINEMENT IN X-PLOR
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN SOLUTION: 4.5 MG/ML PROTEIN IN 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.2, 3 MM EDTA, 1 MM OCTANOYL-COA RESERVOIR SOLUTION: 2.2 M AMMONIUM SULFATE, 200 MM TRIETHANOLAMINE PH 7.5, 1MM ...詳細: PROTEIN SOLUTION: 4.5 MG/ML PROTEIN IN 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.2, 3 MM EDTA, 1 MM OCTANOYL-COA RESERVOIR SOLUTION: 2.2 M AMMONIUM SULFATE, 200 MM TRIETHANOLAMINE PH 7.5, 1MM DTT, 1MM NAN3, 1MM EDTA, 5% (V/V) N-OCTANOYL CRYSTALS GREW BY MIXING 1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION WITH 1 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION
PH範囲: 7.2-7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.2-2.3 Mammonium salfate1reservoir
2200 mMTEA1reservoir
31 mMdithiothreitol1reservoir
41 mM1reservoirNaN3
51 mMEDTA1reservoir
65 %(v/v)n-octanol1reservoir
72.1-2.15 Mammonium salfate1drop
8100 mMTEA1drop
90.5 mMdithiothreitol1drop
100.5 mM1dropNaN3
112 mMEDTA1drop
122.5 %(v/v)n-octanol1drop
132.25 mg/mlprotein1drop
1410 mMpotassium phosphate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9065
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9065 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 68481 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.95 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 96
反射
*PLUS
Num. obs: 69852 / Num. measured all: 275878 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96 % / Num. unique obs: 3307 / Rmerge(I) obs: 0.316

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DUB

1dub


解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED USING THE PROGRAMS X-PLOR AND REFMAC. AFTER STRUCTURE DETERMINATION BY RIGID-BODY REFINEMENT (MODEL: PDB ENTRY 1DUB, WITHOUT LIGAND AND WATER MOLECULES), A SLOW COOL ...詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED USING THE PROGRAMS X-PLOR AND REFMAC. AFTER STRUCTURE DETERMINATION BY RIGID-BODY REFINEMENT (MODEL: PDB ENTRY 1DUB, WITHOUT LIGAND AND WATER MOLECULES), A SLOW COOL SIMULATED ANNEALING PROTOCOL WAS RUN IN X-PLOR. SUBSEQUENT REFINEMENT WAS DONE WITH REFMAC. FOR BOTH PROGRAMS THE SAME REFLECTIONS WERE USED FOR CROSS VALIDATION. AN X-PLOR BULK SOLVENT CORRECTION WAS USED. AT THE END OF REFINEMENT A POSITIONAL REFINEMENT WAS RUN IN X-PLOR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 3465 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-68481 99.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11560 0 228 436 12224
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 68481 / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.18

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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