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- PDB-2bmr: The Crystal Structure of Nitrobenzene Dioxygenase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bmr
タイトルThe Crystal Structure of Nitrobenzene Dioxygenase in complex with 3- nitrotoluene
要素
  • OXYGENASE-ALPHA NBDO
  • OXYGENASE-BETA NBDO
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITROBENZENE DIOXYGENASE / NITROARENE / RIESKE NON-HEME DIOXYGENASE / SUBSTRATE SPECIFICITY IRON-SULFUR / METAL-BINDING / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phenylpropionate catabolic process / : / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 ...Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-NITROTOLUENE / ETHANOL / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / NICKEL (II) ION / Oxygenase-beta NBDO / Oxygenase-alpha NBDO
類似検索 - 構成要素
生物種COMAMONAS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Friemann, R. / Ivkovic-Jensen, M.M. / Lessner, D.J. / Yu, C. / Gibson, D.T. / Parales, R.E. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural insight into the dioxygenation of nitroarene compounds: the crystal structure of nitrobenzene dioxygenase.
著者: Friemann, R. / Ivkovic-Jensen, M.M. / Lessner, D.J. / Yu, C.L. / Gibson, D.T. / Parales, R.E. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2005年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.52023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXYGENASE-ALPHA NBDO
B: OXYGENASE-BETA NBDO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,01022
ポリマ－72,7372
非ポリマー1,27320
水13,097727
1
A: OXYGENASE-ALPHA NBDO
B: OXYGENASE-BETA NBDO
ヘテロ分子

A: OXYGENASE-ALPHA NBDO
B: OXYGENASE-BETA NBDO
ヘテロ分子

A: OXYGENASE-ALPHA NBDO
B: OXYGENASE-BETA NBDO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,03066
ポリマ－218,2106
非ポリマー3,82060
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)121.625, 121.625, 84.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2254-

HOH

21B-2301-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 OXYGENASE-ALPHA NBDO / NITROBENZENE DIOXYGENASE


分子量: 49614.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) COMAMONAS SP. (バクテリア) / 株: JS765
解説: WASTE TREATMENT PLANT IN NEW JERSEY. (SF NISHINO AND JC SPAIN. 1995. APPL. ENVIRON. MICROBIOL.
プラスミド: PDTG927 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RTL4
#2: タンパク質 OXYGENASE-BETA NBDO / NITROBENZENE DIOXYGENASE


分子量: 23122.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) COMAMONAS SP. (バクテリア) / 株: JS765
解説: WASTE TREATMENT PLANT IN NEW JERSEY. (SF NISHINO AND JC SPAIN. 1995. APPL. ENVIRON. MICROBIOL. 61\:2308-2313)
プラスミド: PDTG927 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RTL3

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非ポリマー , 7種, 747分子

#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-3NT / 3-NITROTOLUENE


分子量: 137.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#8: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 %
結晶化詳細: 0.1M MES PH, 6% PEG 8000 (W/V), 5MM NICL2, 50 MM 3-NITROTOLUENE. THE 3-NITROTOLUENE WAS PREPARED FROM A 1M STOCK SOLUTION WHERE 3-NITROTOLUENE HAS BEEN DISOLVED IN ETHANOL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.08748
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月14日
放射モノクロメーター: SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08748 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→60.86 Å / Num. obs: 108450 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BMO

2bmo


解像度: 1.5→52.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.097 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 5562 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.17 105435 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→52.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5049 0 68 727 5844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0215475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9347437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2355698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25223.788264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33715872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7231534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.22708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.23806
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.641.53429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05225398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64132353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4694.52037
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.244 375
Rwork0.227 7375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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