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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ay8 | ||||||
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タイトル | AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 4-(2-THIENYL)BUTYRIC ACID | ||||||
![]() | AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE | ||||||
![]() | AMINOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() aromatic-amino-acid transaminase / L-phenylalanine-2-oxoglutarate transaminase activity / aspartate catabolic process / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Okamoto, A. / Hirotsu, K. / Kagamiyama, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The active site of Paracoccus denitrificans aromatic amino acid aminotransferase has contrary properties: flexibility and rigidity. 著者: Okamoto, A. / Ishii, S. / Hirotsu, K. / Kagamiyama, H. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of Paracoccus Denitrificans Aromatic Amino Acid Aminotransferase: A Substrate Recognition Site Constructed by Rearrangement of Hydrogen Bond Network 著者: Okamoto, A. / Nakai, Y. / Hayashi, H. / Hirotsu, K. / Kagamiyama, H. #2: ![]() タイトル: Paracoccus Denitrificans Aromatic Amino Acid Aminotransferase: A Model Enzyme for the Study of Dual Substrate Recognition Mechanism 著者: Oue, S. / Okamoto, A. / Nakai, Y. / Nakahira, M. / Shibatani, T. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.958293, 0.106448, -0.265223), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42779.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: IFO 12442 / プラスミド: PUC118 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE SEQUENCE OF PIG CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE ...THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE SEQUENCE OF PIG CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.7 / 詳細: pH 5.7 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: micro-seeding | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月21日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 33737 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0675 / Net I/σ(I): 129 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Mean I/σ(I) obs: 16.9 / % possible all: 97.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 107781 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1AY8 解像度: 2.2→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.244 |